ZBED9

Ідентифікатори

ZBED9, Buster4, SCAND3, ZFP38-L, ZNF305P2, ZNF452, dJ1186N24.3, zinc finger BED-type containing 9

Зовнішні ІД

OMIM: 615254 HomoloGene: 62168 GeneCards: ZBED9

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • nucleic acid binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • DNA binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • нуклеоплазма
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • DNA integration • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


114821


н/д

Ensembl


ENSG00000248496 ENSG00000232040


н/д

UniProt


Q6R2W3


н/д

RefSeq (мРНК)


NM_052923 NM_001329616


н/д

RefSeq (білок)


NP_001316545 NP_443155


н/д

Локус (UCSC)

Хр. 6: 28.57 – 28.62 Mb

н/д

PubMed search

^[1]

н/д

Вікідані

Див./Ред. для людей

ZBED9 (англ. Zinc finger BED-type containing 9) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.^[2] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 325 амінокислот, а молекулярна маса — 151 666^[3].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEAVSRVFPA	LAGQAPEEQG	EIIKVKVKEE	DHTWDQESAL	RRNLSYTREL
SRQRFRQFCY	QETPGPREAL	SQLRELCRQW	LNPEIHTKEQ	ILELLVLEQF
LTILPEELQS	WVREHNPESG	EEVVTLLEDL	ERELDEPRQQ	VSQGTYGQEV
SMEEMIPLDS	AKESLGTQLQ	SMEDRMECES	PEPHPLQDNG	SFLWFSMMSQ
SMGGDNLSSL	DTNEAEIEPE	NMREKFFRSL	ARLLENKSNN	TKIFSKAKYC
QLIKEVKEAK	AKAKKESVDY	RRLARFDVIL	VQGNEKLIEA	VNGETDKIRY
YLHSEDLFDI	LHNTHLSIGH	GGRTRMEKEL	QAKYKNITKE	VIMLYLTLCK
PCQQKNSKLK	KVLTSKSIKE	VSSRCQVDLI	DMQLNPDGEY	RFILHYQDLC
TKLTFLRSLK	SKRPTEVAHA	LLDIFTIIGA	PSVLQSDNGR	EFSSQVVSEL
SNIWPELKIV	HGKSQTCQSQ	SSAEQTEDIR	KRIFSWMQTN	NSSHWTEFLW
FIQMSQNQPY	HRSMQQTPCE	SAFSSEAKLG	LSHSQLTEEL	VASLHTENEL
DQADKELENT	LRAQYEENIE	TGTDSSDIEE	NLSVTPKVAE	KSPPESRLRF
LSCVVCEKEC	TGVNSCISCD	GNIHAICGVP	SQHGTEGCGR	QITCSLCYET
STMKRKHDEI	QRSLPVKPSK	MLKPSGTPFS	PDKVGDWMAK	QASLDFFVKK
RHAFSEHSSS	NKRNVNNRSY	PEEGKTKRVH	ASFTRKYDPS	YIEFGFVAVI
DGEVLKPQCI	ICGDVLANEA	MKPSKLKRHL	YSKHKEISSQ	PKEFFERKSS
ELKSQPKQVF	NVSHINISAL	RASYKVALPV	AKSKTPYTIA	ETLVKDCIKE
VCLEMLGESA	AKKVAQVPLS	NDTIARRIQE	LANDMEDQLI	EQIKLAKYFS
LQLDECRDIA	NMIILLVYVR	FEHDDDIKEE	FFFSASLPTN	TTSSELYEAV
KNYIVNKCGL	EFKFCVGVCS	DGAASMTGKH	SEVVTQIKEL	APECKTTHCF
IHRESLAMKK	ISAELNSVLN	DIVKIVNYIK	SNSLNSRLFS	LLCDNMEADH
KQLLLHAEIR	WLSRGKVLSR	MFEIRNELLV	FLQGKKPMWS	QLFKDVNWTA
RLAYLSDIFS	IFNDLNASMQ	GKNATYFSMA	DKVEGQKQKL	EAWKNRISTD
CYDMFHNLTT	IINEVGNDLD	IAHLRKVISE	HLTNLLECFE	FYFPSKEDPR
IGNLWIQNPF	LSSKDNLNLT	VTLQDKLLKL	ATDEGLKISF	ENTASLPSFW
IKAKNDYPEL	AEIALKLLLL	FPSTYLCETG	FSTLSVIKTK	HRNSLNIHYP
LRVALSSIQP	RLDKLTSKKQ	AHLSH

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Література

[ред. | ред. код]

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Nagase T., Kikuno R., Ohara O. (2001). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XXI. The complete sequences of 60 new cDNA clones from brain which code for large proteins. DNA Res. 8: 179—187. PMID 11572484 DOI:10.1093/dnares/8.4.179
Hayward A., Ghazal A., Andersson G., Andersson L., Jern P. (2013). ZBED evolution: repeated utilization of DNA transposons as regulators of diverse host functions. PLoS ONE. 8: E59940—E59940. PMID 23533661 DOI:10.1371/journal.pone.0059940

Примітки

[ред. | ред. код]

↑ Human PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:13851 (англ.) . Процитовано 6 вересня 2017.
↑ UniProt, Q6R2W3 (англ.) . Архів оригіналу за 9 травня 2017. Процитовано 6 вересня 2017.

Див. також

[ред. | ред. код]

Хромосома 6

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма