NR1D1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1A6Y, 1GA5, 1HLZ, 3N00

Ідентифікатори

Символи

NR1D1, EAR1, THRA1, THRAL, ear-1, hRev, nuclear receptor subfamily 1 group D member 1, REVERBA, REVERBalpha

Зовнішні ІД

OMIM: 602408 MGI: 2444210 HomoloGene: 23324 GeneCards: NR1D1

Реагує на сполуку

SR-9009, SR-9011^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • zinc ion binding • зв'язування з іоном металу • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • steroid hormone receptor activity • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity • core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • heme binding • transcription corepressor binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • E-box binding • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • transcription factor binding • nuclear receptor coactivator activity • signaling receptor activity
Клітинна компонента	• цитоплазма • cell projection • dendritic spine • нуклеоплазма • дендрит (нейробіологія) • клітинне ядро • ядерні тільця • RNA polymerase II transcription regulator complex
Біологічний процес	• диференціація клітин • regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • ритмічний процес • circadian temperature homeostasis • positive regulation of bile acid biosynthetic process • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • circadian regulation of gene expression • regulation of fat cell differentiation • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • regulation of lipid metabolic process • glycogen biosynthetic process • regulation of circadian rhythm • циркадний ритм • proteasomal protein catabolic process • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • response to leptin • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • cellular response to lipopolysaccharide • regulation of type B pancreatic cell proliferation • negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway • steroid hormone mediated signaling pathway • intracellular receptor signaling pathway • cholesterol homeostasis • multicellular organism development • hormone-mediated signaling pathway • response to lipid • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • negative regulation of cold-induced thermogenesis • protein destabilization • regulation of circadian sleep/wake cycle • negative regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling • negative regulation of inflammatory response • negative regulation of astrocyte activation • cellular response to interleukin-1 • cellular response to tumor necrosis factor • negative regulation of neuroinflammatory response • negative regulation of microglial cell activation
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


9572


217166

Ensembl


ENSG00000126368


ENSMUSG00000020889

UniProt


P20393


Q3UV55

RefSeq (мРНК)


NM_021724


NM_145434

RefSeq (білок)


NP_068370


NP_663409

Локус (UCSC)

Хр. 17: 40.09 – 40.1 Mb

Хр. 11: 98.66 – 98.67 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

NR1D1 (англ. Nuclear receptor subfamily 1 group D member 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 614 амінокислот, а молекулярна маса — 66 805^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MTTLDSNNNT	GGVITYIGSS	GSSPSRTSPE	SLYSDNSNGS	FQSLTQGCPT
YFPPSPTGSL	TQDPARSFGS	IPPSLSDDGS	PSSSSSSSSS	SSSFYNGSPP
GSLQVAMEDS	SRVSPSKSTS	NITKLNGMVL	LCKVCGDVAS	GFHYGVHACE
GCKGFFRRSI	QQNIQYKRCL	KNENCSIVRI	NRNRCQQCRF	KKCLSVGMSR
DAVRFGRIPK	REKQRMLAEM	QSAMNLANNQ	LSSQCPLETS	PTQHPTPGPM
GPSPPPAPVP	SPLVGFSQFP	QQLTPPRSPS	PEPTVEDVIS	QVARAHREIF
TYAHDKLGSS	PGNFNANHAS	GSPPATTPHR	WENQGCPPAP	NDNNTLAAQR
HNEALNGLRQ	APSSYPPTWP	PGPAHHSCHQ	SNSNGHRLCP	THVYAAPEGK
APANSPRQGN	SKNVLLACPM	NMYPHGRSGR	TVQEIWEDFS	MSFTPAVREV
VEFAKHIPGF	RDLSQHDQVT	LLKAGTFEVL	MVRFASLFNV	KDQTVMFLSR
TTYSLQELGA	MGMGDLLSAM	FDFSEKLNSL	ALTEEELGLF	TAVVLVSADR
SGMENSASVE	QLQETLLRAL	RALVLKNRPL	ETSRFTKLLL	KLPDLRTLNN
MHSEKLLSFR	VDAQ

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, рецепторів, активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, диференціація клітин, ацетилювання. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза, ДНК, гемом. Локалізований у цитоплазмі, ядрі, клітинних відростках.

Література

[ред. | ред. код]

Lazar M.A., Jones K.E., Chin W.W. (1990). Isolation of a cDNA encoding human Rev-ErbA alpha: transcription from the noncoding DNA strand of a thyroid hormone receptor gene results in a related protein that does not bind thyroid hormone. DNA Cell Biol. 9: 77—83. PMID 1971514 DOI:10.1089/dna.1990.9.77
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Coste H., Rodriguez J.C. (2002). Orphan nuclear hormone receptor Rev-erbalpha regulates the human apolipoprotein CIII promoter. J. Biol. Chem. 277: 27120—27129. PMID 12021280 DOI:10.1074/jbc.M203421200
Yin L., Lazar M.A. (2005). The orphan nuclear receptor Rev-erbalpha recruits the N-CoR/histone deacetylase 3 corepressor to regulate the circadian Bmal1 gene. Mol. Endocrinol. 19: 1452—1459. PMID 15761026 DOI:10.1210/me.2005-0057
Wang J., Yin L., Lazar M.A. (2006). The orphan nuclear receptor Rev-erb alpha regulates circadian expression of plasminogen activator inhibitor type 1. J. Biol. Chem. 281: 33842—33848. PMID 16968709 DOI:10.1074/jbc.M607873200
Yin L., Wang J., Klein P.S., Lazar M.A. (2006). Nuclear receptor Rev-erbalpha is a critical lithium-sensitive component of the circadian clock. Science. 311: 1002—1005. PMID 16484495 DOI:10.1126/science.1121613

Примітки

[ред. | ред. код]

↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з Nuclear receptor subfamily 1 group D member 1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:7962 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.
↑ UniProt, P20393 (англ.) . Архів оригіналу за 4 серпня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.

Див. також

[ред. | ред. код]

Хромосома 17

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма