ARID4A

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2LCC, 2MAM, 2YRV

Ідентифікатори

Символи

ARID4A, RBBP-1, RBBP1, RBP-1, RBP1, AT-rich interaction domain 4A

Зовнішні ІД

OMIM: 180201 MGI: 2444354 HomoloGene: 11303 GeneCards: ARID4A

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • DNA binding • histone deacetylase activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента	• transcription repressor complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • клітинна мембрана
Біологічний процес	• histone H3-K9 trimethylation • establishment of Sertoli cell barrier • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of gene expression by genetic imprinting • transcription by RNA polymerase II • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • erythrocyte development • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • Сперматогенез • histone H4-K20 trimethylation • histone H3-K4 trimethylation • transcription, DNA-templated • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • histone deacetylation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • диференціація клітин
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


5926


238247

Ensembl


ENSG00000032219


ENSMUSG00000048118

UniProt


P29374


F8VPQ2

RefSeq (мРНК)


NM_002892 NM_023000 NM_023001


NM_001081195

RefSeq (білок)


NP_002883 NP_075376 NP_075377


NP_001074664

Локус (UCSC)

Хр. 14: 58.3 – 58.37 Mb

Хр. 12: 71.02 – 71.1 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

ARID4A (англ. AT-rich interaction domain 4A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 14-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 257 амінокислот, а молекулярна маса — 142 752^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MKAADEPAYL	TVGTDVSAKY	RGAFCEAKIK	TVKRLVKVKV	LLKQDNTTQL
VQDDQVKGPL	RVGAIVETRT	SDGSFQEAII	SKLTDASWYT	VVFDDGDERT
LRRTSLCLKG	ERHFAESETL	DQLPLTNPEH	FGTPVIAKKT	NRGRRSSLPV
TEDEKEEESS	EEEDEDKRRL	NDELLGKVVS	VVSATERTEW	YPALVISPSC
NDDITVKKDQ	CLVRSFIDSK	FYSIARKDIK	EVDILNLPES	ELSTKPGLQK
ASIFLKTRVV	PDNWKMDISE	ILESSSSDDE	DGPAEENDEE	KEKEAKKTEE
EVPEEELDPE	ERDNFLQQLY	KFMEDRGTPI	NKPPVLGYKD	LNLFKLFRLV
YHQGGCDNID	SGAVWKQIYM	DLGIPILNSA	ASYNVKTAYR	KYLYGFEEYC
RSANIQFRTV	HHHEPKVKEE	KKDLEESMEE	ALKLDQEMPL	TEVKSEPEEN
IDSNSESERE	EIELKSPRGR	RRIARDVNSI	KKEIEEEKTE	DKLKDNDTEN
KDVDDDYETA	EKKENELLLG	RKNTPKQKEK	KIKKQEDSDK	DSDEEEEKSQ
EREETESKCD	SEGEEDEEDM	EPCLTGTKVK	VKYGRGKTQK	IYEASIKSTE
IDDGEVLYLV	HYYGWNVRYD	EWVKADRIIW	PLDKGGPKKK	QKKKAKNKED
SEKDEKRDEE	RQKSKRGRPP	LKSTLSSNMP	YGLSKTANSE	GKSDSCSSDS
ETEDALEKNL	INEELSLKDE	LEKNENLNDD	KLDEENPKIS	AHILKENDRT
QMQPLETLKL	EVGENEQIVQ	IFGNKMEKTE	EVKKEAEKSP	KGKGRRSKTK
DLSLEIIKIS	SFGQNEAGSE	PHIEAHSLEL	SSLDNKNFSS	ATEDEIDQCV
KEKKLKRKIL	GQSSPEKKIR	IENGMEMTNT	VSQERTSDCI	GSEGMKNLNF
EQHFERENEG	MPSLIAESNQ	CIQQLTSERF	DSPAEETVNI	PLKEDEDAMP
LIGPETLVCH	EVDLDDLDEK	DKTSIEDVAV	ESSESNSLVS	IPPALPPVVQ
HNFSVASPLT	LSQDESRSVK	SESDITIEVD	SIAEESQEGL	CERESANGFE
TNVASGTCSI	IVQERESREK	GQKRPSDGNS	GLMAKKQKRT	PKRTSAAAKN
EKNGTGQSSD	SEDLPVLDNS	SKCTPVKHLN	VSKPQKLARS	PARISPHIKD
GEKDKHREKH	PNSSPRTYKW	SFQLNELDNM	NSTERISFLQ	EKLQEIRKYY
MSLKSEVATI	DRRRKRLKKK	DREVSHAGAS	MSSASSDTGM	SPSSSSPPQN
VLAVECR

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

[ред. | ред. код]

Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033
Otterson G.A., Kratzke R.A., Lin A.Y., Johnston P.G., Kaye F.J. (1993). Alternative splicing of the RBP1 gene clusters in an internal exon that encodes potential phosphorylation sites. Oncogene. 8: 949—957. PMID 8455946

Примітки

[ред. | ред. код]

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9885 (англ.) . Архів оригіналу за 15 березня 2016. Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, P29374 (англ.) . Архів оригіналу за 7 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

[ред. | ред. код]

Хромосома 14

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2
(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)
(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR
підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX
підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ
підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1
підродина 5	LRH-1 SF1
підродина 6	GCNF
підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2
(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4
(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4
(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2
(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5
(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6
(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63
(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF
(4.6) TATA	TBP TBPL1
(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4
(4.9) Grainyhead	TFCP2
(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1
(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1
(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2
(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3
(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма