ARID2

Ідентифікатори

ARID2, BAF200, p200, AT-rich interaction domain 2, CSS6, SMARCF3

Зовнішні ІД

OMIM: 609539 MGI: 1924294 HomoloGene: 14601 GeneCards: ARID2

Пов'язані генетичні захворювання

Coffin-Siris syndrome 6, liver carcinoma^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • зв'язування з іоном металу • nucleic acid binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента	• клітинна мембрана • клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес	• nucleosome disassembly • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • negative regulation of cell migration • negative regulation of cell population proliferation • heart morphogenesis • homeostatic process • embryonic organ development • cardiac muscle cell proliferation • coronary artery morphogenesis • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


196528


77044

Ensembl


ENSG00000189079


ENSMUSG00000033237

UniProt


Q68CP9


E9Q7E2

RefSeq (мРНК)


NM_152641 NM_001347839


NM_175251

RefSeq (білок)


NP_001334768 NP_689854


NP_780460

Локус (UCSC)

Хр. 12: 45.73 – 45.91 Mb

Хр. 15: 96.19 – 96.3 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

ARID2 (англ. AT-rich interaction domain 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 835 амінокислот, а молекулярна маса — 197 391^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MANSTGKAPP	DERRKGLAFL	DELRQFHHSR	GSPFKKIPAV	GGKELDLHGL
YTRVTTLGGF	AKVSEKNQWG	EIVEEFNFPR	SCSNAAFALK	QYYLRYLEKY
EKVHHFGEDD	DEVPPGNPKP	QLPIGAIPSS	YNYQQHSVSD	YLRQSYGLSM
DFNSPNDYNK	LVLSLLSGLP	NEVDFAINVC	TLLSNESKHV	MQLEKDPKII
TLLLANAGVF	DDTLGSFSTV	FGEEWKEKTD	RDFVKFWKDI	VDDNEVRDLI
SDRNKSHEGT	SGEWIWESLF	HPPRKLGIND	IEGQRVLQIA	VILRNLSFEE
GNVKLLAANR	TCLRFLLLSA	HSHFISLRQL	GLDTLGNIAA	ELLLDPVDFK
TTHLMFHTVT	KCLMSRDRFL	KMRGMEILGN	LCKAEDNGVL	ICEYVDQDSY
REIICHLTLP	DVLLVISTLE	VLYMLTEMGD	VACTKIAKVE	KSIDMLVCLV
SMDIQMFGPD	ALAAVKLIEH	PSSSHQMLSE	IRPQAIEQVQ	TQTHVASAPA
SRAVVAQHVA	PPPGIVEIDS	EKFACQWLNA	HFEVNPDCSV	SRAEMYSEYL
STCSKLARGG	ILTSTGFYKC	LRTVFPNHTV	KRVEDSSSNG	QAHIHVVGVK
RRAIPLPIQM	YYQQQPVSTS	VVRVDSVPDV	SPAPSPAGIP	HGSQTIGNHF
QRTPVANQSS	NLTATQMSFP	VQGVHTVAQT	VSRIPQNPSP	HTHQQQNAPV
TVIQSKAPIP	CEVVKATVIQ	NSIPQTGVPV	SIAVGGGPPQ	SSVVQNHSTG
PQPVTVVNSQ	TLLHHPSVIP	QQSPLHTVVP	GQIPSGTPVT	VIQQAVPQSH
MFGRVQNIPA	CTSTVSQGQQ	LITTSPQPVQ	TSSQQTSAGS	QSQDTVIIAP
PQYVTTSASN	IVSATSVQNF	QVATGQMVTI	AGVPSPQASR	VGFQNIAPKP
LPSQQVSSTV	VQQPIQQPQQ	PTQQSVVIVS	QPAQQGQTYA	PAIHQIVLAN
PAALPAGQTV	QLTGQPNITP	SSSPSPVPAT	NNQVPTAMSS	SSTPQSQGPP
PTVSQMLSVK	RQQQQQHSPA	PPPQQVQVQV	QQPQQVQMQV	QPQQSNAGVG
QPASGESSLI	KQLLLPKRGP	STPGGKLILP	APQIPPPNNA	RAPSPQVVYQ
VASNQAAGFG	VQGQTPAQQL	LVGQQNVQLV	PSAMPPSGGV	QTVPISNLQI
LPGPLISNSP	ATIFQGTSGN	QVTITVVPNT	SFAPATVSQG	NATQLIAPAG
ITMSGTQTGV	GLPVQTLPAT	QASPAGQSSC	TTATPPFKGD	KIICQKEEEA
KEATGLHVHE	RKIEVMENPS	CRRGATNTSN	GDTKENEMHV	GSLLNGRKYS
DSSLPPSNSG	KIQSETNQCS	LISNGPSLEL	GENGASGKQN	SEQIDMQDIK
SDLRKPLVNG	ICDFDKGDGS	HLSKNIPNHK	TSNHVGNGEI	SPMEPQGTLD
ITQQDTAKGD	QLERISNGPV	LTLGGSSVSS	IQEASNAATQ	QFSGTDLLNG
PLASSLNSDV	PQQRPSVVVS	PHSTTSVIQG	HQIIAVPDSG	SKVSHSPALS
SDVRSTNGTA	ECKTVKRPAE	DTDRETVAGI	PNKVGVRIVT	ISDPNNAGCS
ATMVAVPAGA	DPSTVAKVAI	ESAVQQKQQH	PPTYVQNVVP	QNTPMPPSPA
VQVQGQPNSS	QPSPFSGSSQ	PGDPMRKPGQ	NFMCLWQSCK	KWFQTPSQVF
YHAATEHGGK	DVYPGQCLWE	GCEPFQRQRF	SFITHLQDKH	CSKDALLAGL
KQDEPGQAGS	QKSSTKQPTV	GGTSSTPRAQ	KAIVNHPSAA	LMALRRGSRN
LVFRDFTDEK	EGPITKHIRL	TAALILKNIG	KYSECGRRLL	KRHENNLSVL
AISNMEASST	LAKCLYELNF	TVQSKEQEKD	SEMLQ

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

[ред. | ред. код]

Zhang X., Azhar G., Zhong Y., Wei J.Y. (2006). Zipzap/p200 is a novel zinc finger protein contributing to cardiac gene regulation. Biochem. Biophys. Res. Commun. 346: 794—801. PMID 16782067 DOI:10.1016/j.bbrc.2006.05.211
Patsialou A., Wilsker D., Moran E. (2005). DNA-binding properties of ARID family proteins. Nucleic Acids Res. 33: 66—80. PMID 15640446 DOI:10.1093/nar/gki145
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Nagase T., Kikuno R., Nakayama M., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 273—281. PMID 10997877 DOI:10.1093/dnares/7.4.271
Martens J.A., Winston F. (2003). Recent advances in understanding chromatin remodeling by SWI/SNF complexes. Curr. Opin. Genet. Dev. 13: 136—142. PMID 12672490 DOI:10.1016/S0959-437X(03)00022-4

Примітки

[ред. | ред. код]

↑ Захворювання, генетично пов'язані з ARID2 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:18037 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, Q68CP9 (англ.) . Архів оригіналу за 25 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

[ред. | ред. код]

Хромосома 12

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма