RARB

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1HRA, 1XAP, 4DM6, 4DM8, 4JYG, 4JYH, 4JYI

Ідентифікатори

Символи

RARB, HAP, MCOPS12, NR1B2, RRB2, RARbeta1, retinoic acid receptor beta, RARbeta

Зовнішні ІД

OMIM: 180220 MGI: 97857 HomoloGene: 68100 GeneCards: RARB

Пов'язані генетичні захворювання

morbid obesity, syndromic microphthalmia^[1]

Реагує на сполуку

adapalene, alitretinoin, tamibarotene, tazarotene, третиноїн^[2]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • zinc ion binding • зв'язування з іоном металу • steroid hormone receptor activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0032403 protein-containing complex binding • retinoid X receptor binding • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • transcription factor binding • nuclear receptor coactivator activity • signaling receptor activity • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity
Клітинна компонента	• цитоплазма • нуклеоплазма • клітинне ядро • RNA polymerase II transcription regulator complex
Біологічний процес	• growth plate cartilage development • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • Нейрогенез • ureteric bud development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of cartilage development • multicellular organism growth • embryonic eye morphogenesis • positive regulation of programmed cell death • negative regulation of apoptotic process • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • retinal pigment epithelium development • transcription, DNA-templated • outflow tract septum morphogenesis • negative regulation of chondrocyte differentiation • retinoic acid receptor signaling pathway • regulation of myelination • retina development in camera-type eye • positive regulation of neuron differentiation • positive regulation of cell population proliferation • positive regulation of apoptotic process • ventricular cardiac muscle cell differentiation • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • bone development • embryonic digestive tract development • striatum development • GO:0072468 сигнальна трансдукція • negative regulation of cell population proliferation • glandular epithelial cell development • steroid hormone mediated signaling pathway • embryonic hindlimb morphogenesis • liver development • multicellular organism development • hormone-mediated signaling pathway • диференціація клітин • response to retinoic acid • response to lipid • gland development • bone morphogenesis • epithelium development • cellular response to retinoic acid
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


5915


218772

Ensembl


ENSG00000077092


ENSMUSG00000017491

UniProt


P10826 Q5QHG3


P22605

RefSeq (мРНК)

NM_000965 NM_001290216 NM_001290217 NM_001290266 NM_001290276
NM_001290277 NM_001290300 NM_016152


NM_001289760 NM_001289761 NM_001289762 NM_011243

RefSeq (білок)

NP_000956 NP_001277145 NP_001277146 NP_001277195 NP_001277205
NP_001277206 NP_001277229 NP_057236 NP_001277146.1 NP_001277205.1 NP_057236.1


NP_001276689 NP_001276690 NP_001276691 NP_035373

Локус (UCSC)

Хр. 3: 24.69 – 25.6 Mb

Хр. 14: 5.65 – 6.04 Mb

PubMed search

^[3]

^[4]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

RARB (англ. Retinoic acid receptor beta) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. ^[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 455 амінокислот, а молекулярна маса — 50 489^[6].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MTTSGHACPV	PAVNGHMTHY	PATPYPLLFP	PVIGGLSLPP	LHGLHGHPPP
SGCSTPSPAT	IETQSTSSEE	LVPSPPSPLP	PPRVYKPCFV	CQDKSSGYHY
GVSACEGCKG	FFRRSIQKNM	IYTCHRDKNC	VINKVTRNRC	QYCRLQKCFE
VGMSKESVRN	DRNKKKKETS	KQECTESYEM	TAELDDLTEK	IRKAHQETFP
SLCQLGKYTT	NSSADHRVRL	DLGLWDKFSE	LATKCIIKIV	EFAKRLPGFT
GLTIADQITL	LKAACLDILI	LRICTRYTPE	QDTMTFSDGL	TLNRTQMHNA
GFGPLTDLVF	TFANQLLPLE	MDDTETGLLS	AICLICGDRQ	DLEEPTKVDK
LQEPLLEALK	IYIRKRRPSK	PHMFPKILMK	ITDLRSISAK	GAERVITLKM
EIPGSMPPLI	QEMLENSEGH	EPLTPSSSGN	TAEHSPSISP	SSVENSGVSQ
SPLVQ

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до рецепторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

[ред. | ред. код]

Benbrook D., Lernherdt E., Pfahl M. (1988). A new retinoic acid receptor identified from a hepatocellular carcinoma. Nature. 333: 669—672. PMID 2836738 DOI:10.1038/333669a0
de The H., Marchio A., Tiollais P., Dejean A. (1987). A novel steroid thyroid hormone receptor-related gene inappropriately expressed in human hepatocellular carcinoma. Nature. 330: 667—670. PMID 2825037 DOI:10.1038/330667a0
Sommer K.M., Chen L.I., Treuting P.M., Smith L.T., Swisshelm K. (1999). Elevated retinoic acid receptor beta(4) protein in human breast tumor cells with nuclear and cytoplasmic localization. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96: 8651—8656. PMID 10411930 DOI:10.1073/pnas.96.15.8651
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Shen S., Kruyt F.A., den Hertog J., van der Saag P.T., Kruijer W. (1991). Mouse and human retinoic acid receptor beta 2 promoters: sequence comparison and localization of retinoic acid responsiveness. DNA Seq. 2: 111—119. PMID 1663808 DOI:10.3109/10425179109039679
Dejean A., Bougueleret L., Grzeschik K.-H., Tiollais P. (1986). Hepatitis B virus DNA integration in a sequence homologous to v-erb-A and steroid receptor genes in a hepatocellular carcinoma. Nature. 322: 70—72. PMID 3014347 DOI:10.1038/322070a0

Примітки

[ред. | ред. код]

↑ Захворювання, генетично пов'язані з RARB переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з Retinoic acid receptor beta переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9865 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.
↑ UniProt, P10826 (англ.) . Архів оригіналу за 22 серпня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.

Див. також

[ред. | ред. код]

Хромосома 3

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма