HMGB1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2LY4, 2RTU, 2YRQ

Ідентифікатори

Символи

HMGB1, HMG1, HMG3, SBP-1, HMG-1, high mobility group box 1, HMGB-1

Зовнішні ІД

OMIM: 163905 HomoloGene: 110676 GeneCards: HMGB1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • bubble DNA binding • DNA polymerase binding • C-X-C chemokine binding • transcription factor binding • phosphatidylserine binding • lipopolysaccharide binding • lyase activity • single-stranded DNA binding • damaged DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • DNA binding, bending • supercoiled DNA binding • DNA binding • four-way junction DNA binding • RAGE receptor binding • chemoattractant activity • RNA binding • double-stranded DNA binding • double-stranded RNA binding • single-stranded RNA binding • cytokine activity • calcium-dependent protein kinase regulator activity • protein kinase activator activity • GO:0001105 transcription coactivator activity • integrin binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • ендосома • мембрана • transcription repressor complex • extracellular region • клітинне ядро • cell surface • клітинна мембрана • нуклеоплазма • хромосома • condensed chromosome • endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment • secretory granule lumen • ficolin-1-rich granule lumen • міжклітинний простір • early endosome • neuron projection • alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex
Біологічний процес	• T-helper 1 cell activation • apoptotic DNA fragmentation • адаптивна імунна відповідь • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of DNA ligation • positive regulation of JNK cascade • cellular response to DNA damage stimulus • apoptotic cell clearance • positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process • positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway • negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly • positive regulation of dendritic cell differentiation • positive regulation of DNA binding • neuron projection development • negative regulation of blood vessel endothelial cell migration • positive regulation of interleukin-12 production • positive regulation of monocyte chemotaxis • activation of innate immune response • DNA ligation involved in DNA repair • вроджений імунітет • inflammatory response • GO:0100026 Репарація ДНК • positive regulation of MAPK cascade • positive regulation of activated T cell proliferation • DNA geometric change • DNA recombination • inflammatory response to antigenic stimulus • positive regulation of interleukin-10 production • процес імунної системи • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • regulation of restriction endodeoxyribonuclease activity • хемотаксис • positive regulation of mismatch repair • negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation • positive regulation of cytosolic calcium ion concentration • T-helper 1 cell differentiation • dendritic cell chemotaxis • автофагія • neutrophil clearance • V(D)J-рекомбінація • positive regulation of apoptotic process • DNA topological change • positive chemotaxis • toll-like receptor signaling pathway • neutrophil degranulation • розвиток ока • myeloid dendritic cell activation • positive regulation of protein phosphorylation • endothelial cell proliferation • plasmacytoid dendritic cell activation • macrophage activation involved in immune response • regulation of tolerance induction • regulation of T cell mediated immune response to tumor cell • base-excision repair • regulation of autophagy • lung development • activation of protein kinase activity • positive regulation of interferon-alpha production • positive regulation of interferon-beta production • positive regulation of interleukin-6 production • positive regulation of tumor necrosis factor production • positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway • positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway • endothelial cell chemotaxis • positive regulation of innate immune response • positive regulation of myeloid cell differentiation • positive regulation of glycogen catabolic process • regulation of protein kinase activity • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • response to glucocorticoid • positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade • positive regulation of wound healing • positive regulation of NIK/NF-kappaB signaling • positive regulation of sprouting angiogenesis • negative regulation of apoptotic cell clearance • regulation of nucleotide-excision repair • regulation of signaling receptor activity • ремоделювання хроматину • positive regulation of autophagy • GO:0007571 розвойовий процес • positive regulation of blood vessel endothelial cell migration • cell chemotaxis • cellular response to lipopolysaccharide • positive regulation of vascular endothelial cell proliferation • negative regulation of interferon-gamma production • positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production • cellular response to interleukin-7
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


3146


321622

Ensembl


ENSG00000189403


ENSDARG00000099175

UniProt


P09429


Q6NX86

RefSeq (мРНК)


NM_001313892 NM_001313893 NM_002128


NM_199555

RefSeq (білок)

NP_001300821 NP_001300822 NP_002119 NP_001350590 NP_001357268
NP_001357269 NP_001357270 NP_001300821.1 NP_001300822.1 NP_002119.1


NP_955849

Локус (UCSC)

Хр. 13: 30.46 – 30.62 Mb

н/д

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

HMGB1 (англ. High mobility group box 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 13-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 215 амінокислот, а молекулярна маса — 24 894^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MGKGDPKKPR	GKMSSYAFFV	QTCREEHKKK	HPDASVNFSE	FSKKCSERWK
TMSAKEKGKF	EDMAKADKAR	YEREMKTYIP	PKGETKKKFK	DPNAPKRPPS
AFFLFCSEYR	PKIKGEHPGL	SIGDVAKKLG	EMWNNTAADD	KQPYEKKAAK
LKEKYEKDIA	AYRAKGKPDA	AKKGVVKAEK	SKKKKEEEED	EEDEEDEEEE
EDEEDEDEEE	DDDDE

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як адаптивний імунітет, імунітет, вроджений імунітет, запальна відповідь, пошкодження ДНК, репарація ДНК, хемотаксис, рекомбінація ДНК, автофагія. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у клітинній мембрані, цитоплазмі, ядрі, мембрані, хромосомах, ендосомах. Також секретований назовні.

Література

[ред. | ред. код]

Wen L., Huang J.K., Johnson B.H., Reeck G.R. (1989). A human placental cDNA clone that encodes nonhistone chromosomal protein HMG-1. Nucleic Acids Res. 17: 1197—1214. PMID 2922262 DOI:10.1093/nar/17.3.1197
Ferrari S., Finelli P., Rocchi M., Bianchi M.E. (1996). The active gene that encodes human high mobility group 1 protein (HMG1) contains introns and maps to chromosome 13. Genomics. 35: 367—371. PMID 8661151 DOI:10.1006/geno.1996.0369
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Yuan F., Gu L., Guo S., Wang C., Li G.M. (2004). Evidence for involvement of HMGB1 protein in human DNA mismatch repair. J. Biol. Chem. 279: 20935—20940. PMID 15014079 DOI:10.1074/jbc.M401931200
DeMarco R.A., Fink M.P., Lotze M.T. (2005). Monocytes promote natural killer cell interferon gamma production in response to the endogenous danger signal HMGB1. Mol. Immunol. 42: 433—444. PMID 15607795 DOI:10.1016/j.molimm.2004.07.023
Bell C.W., Jiang W., Reich C.F., Pisetsky D.S. (2006). The extracellular release of HMGB1 during apoptotic cell death. Am. J. Physiol. 291: C1318—C1325. PMID 16855214 DOI:10.1152/ajpcell.00616.2005

Примітки

[ред. | ред. код]

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:4983 (англ.) . Архів оригіналу за 26 березня 2016. Процитовано 27 лютого 2017.
↑ UniProt, P09429 (англ.) . Архів оригіналу за 7 лютого 2017. Процитовано 27 лютого 2017.

Див. також

[ред. | ред. код]

Хромосома 13

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма