KDM3B

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
4C8D

Ідентифікатори

Символи

KDM3B, 5qNCA, C5orf7, JMJD1B, NET22, lysine demethylase 3B, DIJOS

Зовнішні ІД

OMIM: 609373 MGI: 1923356 HomoloGene: 41145 GeneCards: KDM3B

Онтологія гена
Молекулярна функція	• oxidoreductase activity • antioxidant activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • histone demethylase activity • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • chromatin DNA binding • histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity
Клітинна компонента	• Хроматин • клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес	• cellular oxidant detoxification • response to cisplatin • transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • histone H3-K9 demethylation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


51780


277250

Ensembl


ENSG00000120733


ENSMUSG00000038773

UniProt


Q7LBC6


Q6ZPY7

RefSeq (мРНК)


NM_016604


NM_001081256 NM_029518

RefSeq (білок)


NP_057688


NP_001074725

Локус (UCSC)

Хр. 5: 138.35 – 138.44 Mb

Хр. 18: 34.91 – 34.97 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

KDM3B (англ. Lysine demethylase 3B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 761 амінокислот, а молекулярна маса — 191 581^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MADAAASPVG	KRLLLLFADT	AASASASAPA	AAAASGDPGP	ALRTRAWRAG
TVRAMSGAVP	QDLAIFVEFD	GCNWKQHSWV	KVHAEEVIVL	LLEGSLVWAP
REDPVLLQGI	RVSIAQWPAL	TFTPLVDKLG	LGSVVPVEYL	LDRELRFLSD
ANGLHLFQMG	TDSQNQILLE	HAALRETVNA	LISDQKLQEI	FSRGPYSVQG
HRVKIYQPEG	EEGWLYGVVS	HQDSITRLME	VSVTESGEIK	SVDPRLIHVM
LMDNSAPQSE	GGTLKAVKSS	KGKKKRESIE	GKDGRRRKSA	SDSGCDPASK
KLKGDRGEVD	SNGSDGGEAS	RGPWKGGNAS	GEPGLDQRAK	QPPSTFVPQI
NRNIRFATYT	KENGRTLVVQ	DEPVGGDTPA	SFTPYSTATG	QTPLAPEVGG
AENKEAGKTL	EQVGQGIVAS	AAVVTTASST	PNTVRISDTG	LAAGTVPEKQ
KGSRSQASGE	NSRNSILASS	GFGAPLPSSS	QPLTFGSGRS	QSNGVLATEN
KPLGFSFGCS	SAQEAQKDTD	LSKNLFFQCM	SQTLPTSNYF	TTVSESLADD
SSSRDSFKQS	LESLSSGLCK	GRSVLGTDTK	PGSKAGSSVD	RKVPAESMPT
LTPAFPRSLL	NARTPENHEN	LFLQPPKLSR	EEPSNPFLAF	VEKVEHSPFS
SFASQASGSS	SSATTVTSKV	APSWPESHSS	ADSASLAKKK	PLFITTDSSK
LVSGVLGSAL	TSGGPSLSAM	GNGRSSSPTS	SLTQPIEMPT	LSSSPTEERP
TVGPGQQDNP	LLKTFSNVFG	RHSGGFLSSP	ADFSQENKAP	FEAVKRFSLD
ERSLACRQDS	DSSTNSDLSD	LSDSEEQLQA	KTGLKGIPEH	LMGKLGPNGE
RSAELLLGKS	KGKQAPKGRP	RTAPLKVGQS	VLKDVSKVKK	LKQSGEPFLQ
DGSCINVAPH	LHKCRECRLE	RYRKFKEQEQ	DDSTVACRFF	HFRRLIFTRK
GVLRVEGFLS	PQQSDPDAMN	LWIPSSSLAE	GIDLETSKYI	LANVGDQFCQ
LVMSEKEAMM	MVEPHQKVAW	KRAVRGVREM	CDVCETTLFN	IHWVCRKCGF
GVCLDCYRLR	KSRPRSETEE	MGDEEVFSWL	KCAKGQSHEP	ENLMPTQIIP
GTALYNIGDM	VHAARGKWGI	KANCPCISRQ	NKSVLRPAVT	NGMSQLPSIN
PSASSGNETT	FSGGGGPAPV	TTPEPDHVPK	ADSTDIRSEE	PLKTDSSASN
SNSELKAIRP	PCPDTAPPSS	ALHWLADLAT	QKAKEETKEA	GSLRSVLNKE
SHSPFGLDSF	NSTAKVSPLT	PKLFNSLLLG	PTASNNKTEG	SSLRDLLHSG
PGKLPQTPLD	TGIPFPPVFS	TSSAGVKSKA	SLPNFLDHII	ASVVENKKTS
DASKRACNLT	DTQKEVKEMV	MGLNVLDPHT	SHSWLCDGRL	LCLHDPSNKN
NWKIFRECWK	QGQPVLVSGV	HKKLKSELWK	PEAFSQEFGD	QDVDLVNCRN
CAIISDVKVR	DFWDGFEIIC	KRLRSEDGQP	MVLKLKDWPP	GEDFRDMMPT
RFEDLMENLP	LPEYTKRDGR	LNLASRLPSY	FVRPDLGPKM	YNAYGLITAE
DRRVGTTNLH	LDVSDAVNVM	VYVGIPIGEG	AHDEEVLKTI	DEGDADEVTK
QRIHDGKEKP	GALWHIYAAK	DAEKIRELLR	KVGEEQGQEN	PPDHDPIHDQ
SWYLDQTLRK	RLYEEYGVQG	WAIVQFLGDA	VFIPAGAPHQ	VHNLYSCIKV
AEDFVSPEHV	KHCFRLTQEF	RHLSNTHTNH	EDKLQVKNII	YHAVKDAVGT
LKAHESKLAR	S

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

[ред. | ред. код]

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Примітки

[ред. | ред. код]

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:1337 (англ.) . Процитовано 5 вересня 2017.
↑ UniProt, Q7LBC6 (англ.) . Архів оригіналу за 11 жовтня 2016. Процитовано 5 вересня 2017.

Див. також

[ред. | ред. код]

Хромосома 5

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма