ARID1A

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1RYU

Ідентифікатори

Символи

ARID1A, B120, BAF250, BAF250a, BM029, C1orf4, ELD, MRD14, OSA1, P270, SMARCF1, hELD, hOSA1, CSS2, AT-rich interaction domain 1A

Зовнішні ІД

OMIM: 603024 MGI: 1935147 HomoloGene: 21216 GeneCards: ARID1A

Пов'язані генетичні захворювання

Coffin-Siris syndrome 2, liver carcinoma^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nuclear receptor binding • nucleosome binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента	• nBAF complex • SWI/SNF complex • нуклеоплазма • npBAF complex • клітинне ядро • SWI/SNF superfamily-type complex • brahma complex
Біологічний процес	• androgen receptor signaling pathway • ремоделювання хроматину • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • cardiac muscle cell differentiation • optic cup formation involved in camera-type eye development • placenta blood vessel development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • toxin transport • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • transcription, DNA-templated • нейробіологія розвитку • cardiac chamber development • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • neural tube closure • nucleosome disassembly • forebrain development • intracellular estrogen receptor signaling pathway • glucocorticoid receptor signaling pathway • formation of primary germ layer • гаструляція • embryo implantation • stem cell population maintenance
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


8289


93760

Ensembl


ENSG00000117713


ENSMUSG00000007880

UniProt


O14497


A2BH40

RefSeq (мРНК)


NM_139135 NM_006015 NM_018450


NM_001080819 NM_001363070

RefSeq (білок)


NP_006006 NP_624361

NP_001074288 NP_001349999 NP_001388200 NP_001388202 NP_001388204
NP_001388205

Локус (UCSC)

Хр. 1: 26.69 – 26.78 Mb

Хр. 4: 133.68 – 133.76 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

ARID1A (англ. AT-rich interaction domain 1A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 285 амінокислот, а молекулярна маса — 242 045^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAAQVAPAAA	SSLGNPPPPP	PSELKKAEQQ	QREEAGGEAA	AAAAAERGEM
KAAAGQESEG	PAVGPPQPLG	KELQDGAESN	GGGGGGGAGS	GGGPGAEPDL
KNSNGNAGPR	PALNNNLTEP	PGGGGGGSSD	GVGAPPHSAA	AALPPPAYGF
GQPYGRSPSA	VAAAAAAVFH	QQHGGQQSPG	LAALQSGGGG	GLEPYAGPQQ
NSHDHGFPNH	QYNSYYPNRS	AYPPPAPAYA	LSSPRGGTPG	SGAAAAAGSK
PPPSSSASAS	SSSSSFAQQR	FGAMGGGGPS	AAGGGTPQPT	ATPTLNQLLT
SPSSARGYQG	YPGGDYSGGP	QDGGAGKGPA	DMASQCWGAA	AAAAAAAAAS
GGAQQRSHHA	PMSPGSSGGG	GQPLARTPQP	SSPMDQMGKM	RPQPYGGTNP
YSQQQGPPSG	PQQGHGYPGQ	PYGSQTPQRY	PMTMQGRAQS	AMGGLSYTQQ
IPPYGQQGPS	GYGQQGQTPY	YNQQSPHPQQ	QQPPYSQQPP	SQTPHAQPSY
QQQPQSQPPQ	LQSSQPPYSQ	QPSQPPHQQS	PAPYPSQQST	TQQHPQSQPP
YSQPQAQSPY	QQQQPQQPAP	STLSQQAAYP	QPQSQQSQQT	AYSQQRFPPP
QELSQDSFGS	QASSAPSMTS	SKGGQEDMNL	SLQSRPSSLP	DLSGSIDDLP
MGTEGALSPG	VSTSGISSSQ	GEQSNPAQSP	FSPHTSPHLP	GIRGPSPSPV
GSPASVAQSR	SGPLSPAAVP	GNQMPPRPPS	GQSDSIMHPS	MNQSSIAQDR
GYMQRNPQMP	QYSSPQPGSA	LSPRQPSGGQ	IHTGMGSYQQ	NSMGSYGPQG
GQYGPQGGYP	RQPNYNALPN	ANYPSAGMAG	GINPMGAGGQ	MHGQPGIPPY
GTLPPGRMSH	ASMGNRPYGP	NMANMPPQVG	SGMCPPPGGM	NRKTQETAVA
MHVAANSIQN	RPPGYPNMNQ	GGMMGTGPPY	GQGINSMAGM	INPQGPPYSM
GGTMANNSAG	MAASPEMMGL	GDVKLTPATK	MNNKADGTPK	TESKSKKSSS
STTTNEKITK	LYELGGEPER	KMWVDRYLAF	TEEKAMGMTN	LPAVGRKPLD
LYRLYVSVKE	IGGLTQVNKN	KKWRELATNL	NVGTSSSAAS	SLKKQYIQCL
YAFECKIERG	EDPPPDIFAA	ADSKKSQPKI	QPPSPAGSGS	MQGPQTPQST
SSSMAEGGDL	KPPTPASTPH	SQIPPLPGMS	RSNSVGIQDA	FNDGSDSTFQ
KRNSMTPNPG	YQPSMNTSDM	MGRMSYEPNK	DPYGSMRKAP	GSDPFMSSGQ
GPNGGMGDPY	SRAAGPGLGN	VAMGPRQHYP	YGGPYDRVRT	EPGIGPEGNM
STGAPQPNLM	PSNPDSGMYS	PSRYPPQQQQ	QQQQRHDSYG	NQFSTQGTPS
GSPFPSQQTT	MYQQQQQNYK	RPMDGTYGPP	AKRHEGEMYS	VPYSTGQGQP
QQQQLPPAQP	QPASQQQAAQ	PSPQQDVYNQ	YGNAYPATAT	AATERRPAGG
PQNQFPFQFG	RDRVSAPPGT	NAQQNMPPQM	MGGPIQASAE	VAQQGTMWQG
RNDMTYNYAN	RQSTGSAPQG	PAYHGVNRTD	EMLHTDQRAN	HEGSWPSHGT
RQPPYGPSAP	VPPMTRPPPS	NYQPPPSMQN	HIPQVSSPAP	LPRPMENRTS
PSKSPFLHSG	MKMQKAGPPV	PASHIAPAPV	QPPMIRRDIT	FPPGSVEATQ
PVLKQRRRLT	MKDIGTPEAW	RVMMSLKSGL	LAESTWALDT	INILLYDDNS
IMTFNLSQLP	GLLELLVEYF	RRCLIEIFGI	LKEYEVGDPG	QRTLLDPGRF
SKVSSPAPME	GGEEEEELLG	PKLEEEEEEE	VVENDEEIAF	SGKDKPASEN
SEEKLISKFD	KLPVKIVQKN	DPFVVDCSDK	LGRVQEFDSG	LLHWRIGGGD
TTEHIQTHFE	SKTELLPSRP	HAPCPPAPRK	HVTTAEGTPG	TTDQEGPPPD
GPPEKRITAT	MDDMLSTRSS	TLTEDGAKSS	EAIKESSKFP	FGISPAQSHR
NIKILEDEPH	SKDETPLCTL	LDWQDSLAKR	CVCVSNTIRS	LSFVPGNDFE
MSKHPGLLLI	LGKLILLHHK	HPERKQAPLT	YEKEEEQDQG	VSCNKVEWWW
DCLEMLRENT	LVTLANISGQ	LDLSPYPESI	CLPVLDGLLH	WAVCPSAEAQ
DPFSTLGPNA	VLSPQRLVLE	TLSKLSIQDN	NVDLILATPP	FSRLEKLYST
MVRFLSDRKN	PVCREMAVVL	LANLAQGDSL	AARAIAVQKG	SIGNLLGFLE
DSLAATQFQQ	SQASLLHMQN	PPFEPTSVDM	MRRAARALLA	LAKVDENHSE
FTLYESRLLD	ISVSPLMNSL	VSQVICDVLF	LIGQS

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, нейрогенез, поліморфізм, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

[ред. | ред. код]

Takeuchi T., Chen B.-K., Qiu Y., Sonobe H., Ohtsuki Y. (1997). Molecular cloning and expression of a novel human cDNA containing CAG repeats. Gene. 204: 71—77. PMID 9434167 DOI:10.1016/S0378-1119(97)00525-8
Lemon B., Inouye C., King D.S., Tjian R. (2001). Selectivity of chromatin-remodelling cofactors for ligand-activated transcription. Nature. 414: 924—928. PMID 11780067 DOI:10.1038/414924a
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
Martens J.A., Winston F. (2003). Recent advances in understanding chromatin remodeling by SWI/SNF complexes. Curr. Opin. Genet. Dev. 13: 136—142. PMID 12672490 DOI:10.1016/S0959-437X(03)00022-4
Kim S., Zhang Z., Upchurch S., Isern N., Chen Y. (2004). Structure and DNA-binding sites of the SWI1 AT-rich interaction domain (ARID) suggest determinants for sequence-specific DNA recognition. J. Biol. Chem. 279: 16670—16676. PMID 14722072 DOI:10.1074/jbc.M312115200
Hurlstone A.F., Olave I.A., Barker N., van Noort M., Clevers H. (2002). Cloning and characterization of hELD/OSA1, a novel BRG1 interacting protein. Biochem. J. 364: 255—264. PMID 11988099

Примітки

[ред. | ред. код]

↑ Захворювання, генетично пов'язані з ARID1A переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11110 (англ.) . Процитовано 28 серпня 2017.((cite web)): Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, O14497 (англ.) . Архів оригіналу за 17 серпня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.

Див. також

[ред. | ред. код]

Хромосома 1

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2
(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)
(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR
підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX
підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ
підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1
підродина 5	LRH-1 SF1
підродина 6	GCNF
підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2
(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4
(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4
(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2
(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5
(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6
(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63
(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF
(4.6) TATA	TBP TBPL1
(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4
(4.9) Grainyhead	TFCP2
(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1
(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1
(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2
(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3
(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма