LMX1B
|
---|
|
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| LMX1B, LMX1.2, NPS1, LIM homeobox transcription factor 1 beta, FSGS10 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 602575 MGI: 1100513 HomoloGene: 55648 GeneCards: LMX1B
|
---|
|
Пов'язані генетичні захворювання |
---|
nail-patella syndrome, Розлади аутистичного спектру, аутизм[1] |
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • DNA binding • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • зв'язування з іоном металу • GO:0000983 RNA polymerase II general transcription initiation factor activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
|
---|
Клітинна компонента |
• клітинне ядро
|
---|
Біологічний процес |
• multicellular organism development • dopaminergic neuron differentiation • in utero embryonic development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • dorsal/ventral pattern formation • transcription, DNA-templated • neuron differentiation • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 9: 126.61 – 126.7 Mb
| Хр. 2: 33.45 – 33.53 Mb
|
---|
PubMed search |
[2]
| [3] |
---|
Вікідані |
|
LMX1B (англ. LIM homeobox transcription factor 1 beta) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 9-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 402 амінокислот, а молекулярна маса — 44 917[5].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MDIATGPESL | | ERCFPRGQTD | | CAKMLDGIKM | | EEHALRPGPA | | TLGVLLGSDC |
PHPAVCEGCQ | | RPISDRFLMR | | VNESSWHEEC | | LQCAACQQAL | | TTSCYFRDRK |
LYCKQDYQQL | | FAAKCSGCME | | KIAPTEFVMR | | ALECVYHLGC | | FCCCVCERQL |
RKGDEFVLKE | | GQLLCKGDYE | | KEKDLLSSVS | | PDESDSVKSE | | DEDGDMKPAK |
GQGSQSKGSG | | DDGKDPRRPK | | RPRTILTTQQ | | RRAFKASFEV | | SSKPCRKVRE |
TLAAETGLSV | | RVVQVWFQNQ | | RAKMKKLARR | | HQQQQEQQNS | | QRLGQEVLSS |
RMEGMMASYT | | PLAPPQQQIV | | AMEQSPYGSS | | DPFQQGLTPP | | QMPGDHMNPY |
GNDSIFHDID | | SDTSLTSLSD | | CFLGSSDVGS | | LQARVGNPID | | RLYSMQSSYF |
AS |
Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, білків розвитку.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг.
Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК.
Локалізований у ядрі.
|
---|
|
(1) Основні домени |
---|
|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) |
|
---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) |
|
---|
| (1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) |
|
---|
| (1.4) NF-1 |
|
---|
| (1.5) RF-X |
|
---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) |
|
---|
|
| |
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) |
підродина 1 |
|
---|
| підродина 2 |
|
---|
| підродина 3 |
- Стероїдні гормони
- Естроген-зв'язувальні
|
---|
| підродина 4 |
|
---|
| підродина 5 |
|
---|
| підродина 6 |
|
---|
| підродина 0 |
|
---|
|
---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 |
|
---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців |
|
---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер |
|
---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу |
|
---|
| (2.6) WRKY |
|
---|
|
| |
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
|
(3.1) Гомеобокс |
|
---|
| (3.2) Парний бокс |
|
---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль |
|
---|
| (3.4) Фактори теплового шоку |
|
---|
| (3.5) Триптофановий кластер |
|
---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер |
|
---|
|
| |
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
|
(4.1) RHR |
|
---|
| (4.2) STAT |
|
---|
| (4.3) p53 |
|
---|
| (4.4) MADS |
|
---|
| (4.6) TATA |
|
---|
| (4.7) Високомобільна група |
|
---|
| (4.9) Grainyhead |
|
---|
| (4.10) Домен холодового шоку |
|
---|
| (4.11) Runt |
|
---|
|
| |
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
|
(0.2) HMGI(Y) |
|
---|
| (0.3) Pocket домен |
|
---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні |
|
---|
| (0.6) Інші |
|
---|
|
|
|