Dari Phrada, Alexander Agung meneruskan kemaraannya ke negara Paropamisadae selepas merentasi lembah Sungai Helmand dan Arachosia, serta menyeberangi gunung-gunung ke tapak Kabul kini. Di Paropamisadae, beliau mengasaskan Alexandria oleh Caucasus.
Di Bactria, Bessus memulakan sebuah pemberontakan kebangsaan di kawasan-kawasan kesatrapan timur dengan menggunakan gelaran Raja Artaxerxes IV dari Parsi.
Merentasi Hindu Kush ke arah utara menuju Genting Khawak, Alexander membawa angkatan tenteranya, walau mengalami kekurangan makanan, ke Drapsaka. Setelah tentera Alexander bergerak ke bahagian rusuk tentera Besseus, Bessus melarikan diri ke Sungai Oxus di seberang sana.
Mara ke arah barat menuju Bactra (Zariaspa), Alexander melantik Artabazus dari Phrygia sebagai satrap (gabenor) Bactria.
Merentasi Oxus, Alexander menghantar jeneralnya, Ptolemy, untuk mengejar Bessus (Artaxerxes IV). Pada waktu itu, Bessus digulingkan oleh Spitamenes dari Sogdia dan selepas ditangkap dan dibelasah, beliau dihantar kepada Ptolemy di Bactria dengan harapan untuk memujuk Alexander. Besus kemudian menjalani hukuman mati di khalayak ramai di Ecbatana dan dengan kematiannya, tentangan Parsi terhadap Alexander Agung tamat.
Dari Maracanda, Alexander mara merentasi Cyropolis ke Sungai Jaxartes yang merupakan sempadan Empayar Parsi. Di sana, beliau mematahkan tentangan nomad-nomad Scyth dengan menggunakan tarbil dan selepas menewaskan mereka dalam sebuah pertempuran di tebing utara sungai itu, tentera Alexander mengejar mereka masuk ke kawasan pedalaman. Di tapak Khojent moden di Jaxartes, Alexander mengasasakan sebuah kota yang digelarnya Alexandria Eschate yang membawa maksud "paling jauh."