Di Maracanda, Alexander membunuh Clitus, salah satu komander yang paling dipercayainya yang juga merupakan kawan dan abang angkatnya, dalam sebuah pergaduhan semasa mabuk; tetapi rasa sesal yang berketerlaluan yang ditunjukkan oleh Alexander menyebabkan tenteranya meluluskan sebuah dekri yang menyabitkan Cleitus bersalah kerana penderhakaan selepas kematiannya.
Spitamenes menimbulkan pemberontakan di Sogdiana dan melibatkan Massagetae, salah satu ahli gabungan Scyth. Beliau kemudian mengepung garison Macedon di Maracanda. Alexander Agung menghantar seangkatan tentera di bawah Pharnuches dari Lycia yang dengan cepatnya dimusnahkan, dengan kerugian melebihi 2,000 orang askar infantri serta 300 orang askar berkuda.
Kini memahami bahaya yang diwujudkan oleh musuhnya, Alexander sendiri bergerak untuk membebaskan Maracanda daripada tawanan, hanya untuk mendapat tahu bahawa Spitamenes telah bertolak dari Sogdiana. Spitamenes kemudian menyerang Bactra, tetapi ditangkis dengan banyak kesukaran oleh Artabazus dari Phrygia, satrap (gabenor) Bactria.
Alexander menyerang Oxyartes serta baron-baron Bactria yang tinggal yang bertahan di bukit-bukit Paraetacene (Tadzhikistan kini). Tentera Macedon menawan batuan terjal yang merupakan kubu Oxyartes (Batu Sogdiana). Antara tawanan-tawanannya ialah Roxana, anak perempuan Oxyartes. Dalam perdamaian yang menyusuli pertempuran itu, Alexander berkahwin dengan Roxana. Penentang-penentang Oxyartes yang lain dipujuk atau dihancurkan.
Pada bulan Disember, Spithamenes ditewaskan dengan teruk oleh Coenus, jeneral Alexander. Akibat itu, sekutu-sekutu Spithamenes yang berasa terdesak, membunuh Spithamenes, ketua mereka, dan menghantar kepalanya sebagai hadiah kepada Alexander.