Bagian dari seri artikel mengenai |
Pandemi Covid-19 |
---|
|
Portal COVID-19 |
Varian Beta SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai garis keturunan B.1.351 atau 501.V2, adalah varian dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19. Varian ini termasuk varian yang dianggap penting. Ia ditemukan pertama kali di Teluk Nelson Mandela,[2] Provinsi Eastern Cape, Afrika Selatan, pada Oktober 2020[3] dan dilaporkan oleh departemen kesehatan negara tersebut pada 18 Desember 2020.[4] Analisis filogeografi menunjukkan bahwa varian ini telah muncul di daerah Teluk Nelson Mandela sejak Juli atau Agustus 2020.[5]
Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) melabeli varian ini sebagai varian Beta bukan untuk menggantikan nama ilmiah, melainkan sebagai nama yang dipakai secara umum di ruang publik.[6] WHO menganggapnya sebagai varian yang diwaspadai (variant of concern).[7]
Tim genomik yang dipimpin oleh KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP) di Universitas KwaZulu-Natal menemukan varian baru ini.[8] Varian ini ditemukan dengan pengurutan keseluruhan genom. Urutan genomik garis keturunan ini dikumpulkan ke pangkalan data urutan GISAID.[9]
Peneliti dan pihak berwenang melaporkan bahwa prevalensi varian ini lebih tinggi di antara orang muda dengan tanpa keadaan kesehatan tertentu dan sering menyebabkan penyakit serius dalam beberapa kasus dibandingkan varian lain.[10][11] Departemen Kesehatan Afrika Selatan juga menyatakan bahwa varian ini mungkin menjadi mendorong gelombang kedua pandemi di negaranya karena varian ini menyebar lebih cepat daripada varian lain sebelumnya.[4][10]
Gen | Nukleotida | Asam amino |
---|---|---|
ORF1ab | C1059T | T265I |
G5230T | K1655N | |
C8660T | H2799Y | |
C8964T | S2900L | |
A10323G | K3353R | |
G13843T | D4527Y | |
C14408T1 | P4715L1 | |
C17999T | T5912I | |
Bulir | C21614T | L18F |
A21801C | D80A | |
A22206G | D215G | |
G22299T | R246I | |
G22813T | K417N | |
G23012A | E484K | |
A23063T | N501Y | |
A23403G1 | D614G1 | |
G23664T | A701V | |
ORF3a | G25563T | Q57H |
C25904T | S171L | |
E | C26456T | P71L |
N | C28887T | T205I |
Sumber: Tegally dkk. (2021),[5] Extended Data Fig. 5 | ||
Catatan: N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[12] 1Muncul dalam induk garis keturunan B.1. |
Mutasi pada SARS-CoV-2 cukup sering: lebih dari empat ribu mutasi telah dideteksi hanya pada bulir proteinnya menurut Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19.[13]
Varian ini terdiri dari 31 mutasi: 19 mutasi tak bersinonim, 2 mutasi hapus, dan 10 mutasi bersinonim,[5] yaitu 21 mutasi yang mengubah protein dan 10 mutasi yang tidak berdampak.[14]
Ilmuwan mencatat bahwa varian ini bisa lebih mudah menempel pada sel manusia karena tiga mutasi dalam domain pengikat reseptor (RBD) pada bulir virus, yaitu N501Y,[4][15] K417N, dan E484K.[16][17] Dua di antaranya, E484K dan N501Y, ada dalam motif pengikat reseptor (RBM) dari domain pengikat reseptor (RBD).[5][18] Mutasi N501Y juga ada dalam varian Alpha dan Gamma.
Perubahan asam amino E484K, sebuah mutasi domain pengikat reseptor (RBD), dilaporkan berhubungan dengan kaburnya dari antibodi penetral yang bisa berdampak buruk terhadap efikasi vaksin Covid-19 yang bergantung pada protein bulir.[19][20] Mutasi bulir E484K dikaitkan dengan kasus reinfeksi dengan varian Beta di Brazil yang diyakini para peneliti sebagai kasus reinfeksi pertama untuk varian ini.[21] Peluang perubahan dalam antigenisitas disebut sebagai "mutasi kabur" dari antibodi monoklonal yang mampu menetralkan protein bulir varian SARS-CoV-2.[22][23]
Kasus menurut negara (Diperbarui per 21 Juli 2021) GISAID[24] | ||
---|---|---|
Negara | Kasus terkonfirmasi | Tanggal Koleksi |
Angola | 401 | 22 April 2021 |
Argentina | 1 | 24 April 2021 |
Aruba | 4 | 10 April 2021 |
Australia | 73 | 28 Juni 2021 |
Austria | 260 | 8 Juni 2021 |
Bahrain | 1 | 9 April 2021 |
Bangladesh | 56 | 16 Juni 2021 |
Belgia | 1.075 | 14 Juni 2021 |
Bosnia dan Herzegovina | 1 | 11 Februari 2021 |
Botswana | 342 | 27 Juni 2021 |
Brasil | 6 | 5 April 2021 |
Brunei | 1 | 20 Januari 2021 |
Bulgaria | 2 | 9 Juni 2021 |
Kamboja | 1 | 31 Mei 2021 |
Kamerun | 9 | 1 Maret 2021 |
Kanada | 860 | 21 Juni 2021 |
Cile | 4 | 22 Mei 2021 |
Cina | 89 | 4 Juni 2021 |
Kolombia | 1 | 13 April 2021 |
Kosta Rika | 12 | 4 Mei 2021 |
Pantai Gading | 1 | 6 Maret 2021 |
Kroasia | 41 | |
Republik Ceko | 71 | 10 Juni 2021 |
Republik Demokratik Kongo | 30 | 20 April 2021 |
Denmark | 121 | 29 Juni 2021 |
Djibouti | 22 | 9 April 2021 |
Guinea Khatulistiwa | 43 | 1 April 2021 |
Estonia | 37 | 23 April 2021 |
Eswatini | 26 | 23 Maret 2021 |
Finlandia | 1,123 | 21 Mei 2021 |
Prancis | 2.149 | 23 Juni 2021 |
Guyana Prancis | 2 | 7 April 2021 |
Gabon | 4 | 21 Februari 2021 |
Georgia | 1 | 23 Mei 2021 |
Jerman | 2.231 | 19 Juni 2021 |
Ghana | 17 | 8 April 2021 |
Yunani | 19 | 29 April 2021 |
Guadeloupe | 4 | 25 Mei 2021 |
Guam | 3 | 28 April 2021 |
Guinea Bissau | 1 | 1 Februari 2021 |
India | 208 | 14 Juni 2021 |
Indonesia | 10 | 2 Juni 2021 |
Iran | 2 | 3 April 2021 |
Irak | 1 | 26 Februari 2021 |
Irlandia | 69 | 19 April 2021 |
Israel | 240 | 28 Mei 2021 |
Italia | 69 | 1 Juni 2021 |
Jepang | 89 | 13 Juni 2021 |
Yordania | 2 | 18 April 2021 |
Kenya | 178 | 31 Mei 2021 |
Kuwait | 1 | 21 Juni 2021 |
Latvia | 9 | 13 Mei 2021 |
Lesotho | 14 | 18 Januari 2021 |
Lituania | 11 | 9 April 2021 |
Luksemburg | 744 | 22 Mei 2021 |
Malawi | 312 | 16 April 2021 |
Malaysia | 161 | 10 Juni 2021 |
Malta | 3 | 1 Juni 2021 |
Martinik | 2 | 28 April 2021 |
Mauritius | 7 | 12 Maret 2021 |
Mayotte | 32 | 31 Januari 2021 |
Meksiko | 20 | 16 Mei 2021 |
Mozambik | 328 | 22 April 2021 |
Namibia | 9 | |
Belanda | 693 | 27 Mei 2021 |
Selandia Baru | 31 | 25 Juni 2021 |
Makedonia Utara | 1 | 10 Maret 2021 |
Norwegia | 362 | 11 Juni 2021 |
Pakistan | 35 | 5 Juni 2021 |
Panama | 2 | 12 Januari 2021 |
Filipina | 1,213 | 8 April 2021 |
Polandia | 45 | 7 Juni 2021 |
Portugal | 99 | 2 Juni 2021 |
Qatar | 650 | 18 Mei 2021 |
Reuni | 400 | 19 Juni 2021 |
Rumania | 7 | 26 Mei 2021 |
Rusia | 23 | 12 Juni 2021 |
Rwanda | 39 | 15 Juni 2021 |
Arab Saudi | 3 | 15 April 2021 |
Singapura | 100 | 25 Juni 2021 |
Sint Maarten | 1 | 24 Maret 2021 |
Slovakia | 31 | 27 Mei 2021 |
Slovenia | 31 | 6 April 2021 |
Somalia | 1 | |
Afrika Selatan | 6.154 | 21 Juni 2021 |
Korea Selatan | 19 | 17 April 2021 |
Sudan Selatan | 3 | 24 April 2021 |
Spanyol | 588 | 18 Juni 2021 |
Sri Lanka | 4 | 26 Maret 2021 |
Suriname | 5 | 31 Maret 2021 |
Swedia | 2,322 | 17 Juni 2021 |
Swiss | 225 | 22 Juni 2021 |
Taiwan | 3 | 26 April 2021 |
Thailand | 40 | 25 Mei 2021 |
Togo | 2 | 5 Februari 2021 |
Tunisia | 1 | 24 April 2021 |
Turki | 912 | 24 Mei 2021 |
Uganda | 13 | 2 April 2021 |
Uni Emirat Arab | 6 | 27 April 2021 |
Britania Raya | 812 | 24 Juni 2021 |
AS | 2.454 | 28 Juni 2021 |
Zambia | 161 | 28 April 2021 |
Zimbabwe | 331 | 26 Februari 2021 |
Dunia (103 negara) | Jumlah: 28.380 | Total per 21 Juli 2021 |
Pada 23 Desember 2020, Menteri Kesehatan Britania Raya, Matt Hancock, mengumumkan bahwa dua orang yang berkunjung dari Afrika Selatan ke Britania Raya terinfeksi dengan varian Beta (varian 501.V2).[25]
Pada 3 Mei 2021, varian ini telah masuk ke Indonesia.[26] Per 4 Juli 2021, terdapat tujuh kasus di Indonesia yang terkena varian Beta.[27]
N501Y...has been found in other countries, including Australia
Varian tersebut terbagi atas dua kategori, yakni varian yang diperhatikan (variant of interest [VoI]) dan varian yang diwaspadai (variant of concern [VoC]).
This variant was first observed in samples from October, and since then more than 300 cases with the 501.V2 variant have been confirmed by whole genome sequencing (WGS) in South Africa
Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick.
I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role.
Chief among those is another receptor-binding-domain mutation, called E484K, that de Oliveira’s team has identified in the 501Y.V2 variant.
<ref>
tidak sah;
tidak ditemukan teks untuk ref bernama CovLineages1Jul
The South African variant ‘501.V2’ is characterised by N501Y, E484K and K417N mutations in the S protein – so it shares the N501Y mutation with the UK variant, but the other two mutations are not found in the UK variant. Similarly, the South African variant does not contain the 69-70del mutation that is found in the UK variant.
| |||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||