Un organismo anaerobio ou anaerobio é un organismo que non require oxíxeno para vivir. Algúns reaccionan negativamente ou mesmo morren en presenza de oxíxeno, outros poden toleralo pero non o usan, e outros viven anaerobicamente en certas condicións e aerobicamente noutras (anaerobios facultativos). Os organismos anaerobios poden ser unicelulares, como certos protozoos (por exemplo, Entamoeba histolytica, Trichomonas vaginalis),[1] ou moitas bacterias,[2] ou multicelulares, como o verme parasito Trichinella spiralis xuvenil[3] ou algúns poliquetos do xénero Nereis, que poden vivir durante longo tempo en anaerobiose grazas ao seu metabolismo adaptado a condicións con diferentes graos de hipoxia[4].
A efectos prácticos distínguense tres categorías de anaerobios:
Na flora humana bacteriana, os organismos anaerobios encóntranse no tracto gastrointestinal, e poden ser obrigados ou facultativos.[8] Algunhas bacterias anaeróbicas producen infeccións ou toxinas clinicamente importantes, como a do tétano.
Como os cultivos microbiolóxicos normais teñen lugar en contacto co aire atmosférico, o cal é un ambiente aerobio, o cultivo de anaerobios supón un problema. Porén, hai varias técnicas que se empregan en microbioloxía para cultivar organismos anaerobios; por exemplo, manexar as bacterias nunha "caixa de luvas" estanca de laboratorio chea de nitróxeno ou utilizar outros contedores selados especiais, ou técnicas como a inxección das bacterias nunha planta dicotiledónea, que é un ambiente con oxíxeno limitado. O Sistema GasPak é un contedor illado que mantén un ambiente anaerobio pola reacción de auga con tabletas de borohidruro de sodio e bicarbonato de sodio para producir gas hidróxeno e dióxido de cabono. O hidróxeno reacciona despois co gas oxíxeno nun catalizador de paladio para producir máis auga, o que elimina o oxíxeno. O problema co método Gaspak é que pode ter lugar unha reacción adversa pola que poden morrer as bacterias, por iso se debe utilizar un medio de caldo de tioglicolato. O tioglicolato proporciona un medio que imita o do método da planta dicotiledónea, o que produce non só un ambiente anaerobio senón tamén todos os nutrientes necesarios para o crecemento das bacterias.
Certos antibióticos poden ser efectivos ou non contra microbios aerobios ou anaerobios dependendo do ambiente intracelular, permeabilidade celular, ou os encimas producidos polo organismo. Propuxéronse algúns mecanismos para explicar por que un anaerobio pode ser sensible ou non a un determinado antibiótico, aínda que hai aspectos que non están claros.
Unha clase de antibióticos β-lactámicos chamados cefamicinas (cefoxitina, cefotetán etc.) son especialmente efectivos contra os anaerobios debido á súa capacidade de manter a súa integridade estrutural en presenza de β-lactamases codificadas en plásmidos ou no cromosoma bacteriano.[9] Aínda que as cefamicinas son normalmente efectivas contra os anaerobios, poden orixinarse resistencias debido á diminución da permeabilidade celular ou á produción de distintas proteínas que se unen á penicilina (PBP).[10]
O metronidazol é outro antibiótico que é efectivo especificamente contra anaerobios, que é unha prodroga con propiedades antimicrobianas que só son efectivas en ambientes anaerobios. Unha vez que está dentro da célula, o metronidazol é metabolizado e reducido parcialmente pola ferredoxina, un importante compoñente que intervén na cadea de transporte de electróns anaeróbica.[11] Os metabolitos de metronidazol incorpóranse ao ADN celular e forman moléculas inestables que inhiben a síntese de proteínas, o que finalmente mata á célula bacteriana.[12] Como o metronidazol require un ambiente reducido como no que viven os anaerobios, non é efectivo contra bacterias aerobias.
Unha importante clase de antbióticos son os aminoglicósidos (estreptomicina, kanamicina etc.) non son efectivos contra as bacterias anaeróbicas a causa da súa incapacidade de chegar ao ribosoma.[11] Os aminoglicósidos non poden entrar en células que non realicen un transporte de electróns dependente do oxíxeno ou nitrato. Por tanto, os aminoglicósidos non poden entrar en células anaeróbicas para inhibir a actividade ribosómica.[12]