L'armée souhaite gouverner le pays pendant deux années et Ahmed Awad Ibn Auf prend les rênes du pays. Son adjoint est le général Kamal Abdelmarouf, chef d'état-major[1], tout en promettant la mise en place d'un gouvernement civil[2]. Alors que les manifestations se poursuivent, il démissionne le lendemain, le général Abdel Fattah Abdelrahmane al-Burhan lui succède[3].
Finalement, après le massacre de Khartoum, l'opposition consent à ce que l'armée dirige un Conseil de souveraineté pendant 21 mois (ce qui fait deux ans au pouvoir à partir d'avril), mais qu'un gouvernement civil soit formé.
Le , le Conseil militaire de transition (CMT) et le Forces de la liberté et du changement (FLC) ont signé la forme écrite de l'accord de Transition démocratique soudanaise[4],[5]. La Coordination générale des déplacés du Darfour s'est opposée à l'accord verbal du [6], et le Front révolutionnaire du Soudan (en)[7], les Forces du Consensus national (en)[8] et le Syndicat des journalistes soudanais (en) se sont opposés à l'accord écrit du [9]. Le , le projet de déclaration constitutionnelle a été initialement signé par Ahmed Rabee pour le FLC et par le chef adjoint du TMC, Mohamed Hamdan Dogolo[10],[11] en présence de médiateurs éthiopiens et de l'Union africaine[12], et il a été signé plus formellement par Rabee et Hemetti le 17 août en présence de chefs d'État et de gouvernement internationaux[13].