Marek Roots (sündinud 6. jaanuaril 1976 Elvas Tartumaal) on eesti luterlik vaimulik, alates 1. juunist 2024 Viljandi Pauluse koguduse õpetaja ning Viljandi Jaani koguduse abiõpetaja.
Ta lõpetas aastal 1994 Rõngu Keskkooli. Aastatel 1995–2002 õppis Roots usuteadust Tartu Teoloogia Akadeemias. Seejärel jätkas ta ettevalmistust vaimulikutööks EELK Usuteaduse Instituudi pastoraalseminaris.
8. augustil 2003 ordineeriti Roots EELK õpetajaks. Kirikutööle asus ta esmalt Pärnu praostkonna Häädemeeste, Treimani ja Tahkuranna kogudustes. Aastatel 2008–2018 oli ta Keila koguduse õpetaja ning alates 2018. aasta 1. augustist kuni 2024. aasta 26. maini oli Roots Tartu Pauluse koguduse abiõpetaja. Alates 1. jaanuarist 2022 on Marek Roots ühtlasi ka Tartu Luterliku Peetri Kooli kaplan.
24. märtsil 2024 valiti Roots Viljandi Pauluse koguduse õpetajaks, selles ametis alustab ta tööd alates 1. juunist 2024.
2. mail tegi peapiiskop Urmas Viilma otsuse, et Viljandi Jaani koguduse abiõpetaja ametisse määratakse piiskop Marko Tiituse ettepanekul ja Viljandi Jaani koguduse nõukogu 25.04.2024 otsuse alusel alates 1. juunist õpetaja Marek Roots.
Kaitses diplomitöö teemal "Eestikeelsed suured jutlusekogud aastani 1907 (näidetega Rudolf Kallase ja Jakob Hurda suure nädala jutlustest)". Aastal 2008 kaitses EELK Usuteaduse Instituudis magistritöö teemal „Eestikeelne jutlus postillides 1779–1907 (Suure Nädala tekstide näitel)“.
Roots on avaldanud luulekogu "Tuuletund" (Tallinn 2000) ning artikleid ajalehtedes Eesti Kirik ja Postimees. Pikem kirjutis "EELK olustik aastail 1940–1945 Viru praost Jaan Kiiviti aruandeis" ilmus koguteoses "Kristuse täisea mõõtu mööda" (Tallinn 2005).
Ta on ka Eesti Evangeelse Vennastekoguduse eestseisuse liige.
Tema abikaasa on teoloog ja Tartu Pauluse koguduse sekretär, lastetöö juhataja, pühapäevakoolitöö üldkoordinaator ning sihtasutuse Tartu Pauluse Kirik juhataja Pirjo Roots (sündinud 7. juulil 1980). Peres kasvab kolm last.