Klasifikace eukaryot od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a dosud není plně stabilní. Stále ve větší míře se prosazuje fylogenetický přístup, tedy snaha respektovat v klasifikačních systémech skutečnou příbuznost jednotlivých skupin, nikoliv pouze podobné znaky. Různé aktuální studie používají vzájemně odlišné klasifikační systémy, jen málokteré z nich si kladou za cíl pokrýt celkový rozsah eukaryotní domény. Níže uvedené systémy proto nejsou závazné, ale jsou uvedeny jako příklady dvou možných, ale přitom šířeji aplikovaných v mezinárodních projektech. Oba jsou zaměřeny zejména na jednobuněčná eukaryota (protista) a systémy pro klasické mnohobuněčné říše ponechávají na specializovaných projektech (třebaže nemusejí vzájemně navazovat, co se týká klasifikační úrovně a zahrnutí nepřirozených skupin a incertae sedis); podobně i na wikipedii se jimi zabývají samostatné články Klasifikace rostlin, Klasifikace hub a Klasifikace živočichů.
Druhý systém, zachovávající taxonomické úrovně, vytvořil a průběžně upravoval Thomas Cavalier-Smith, přičemž se snažil implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba má základ již v r. 1998, ale v aktuální podobě je takřka zcela tvořena novým zněním daným postupnými dílčími úpravami systému až k r. 2022. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše Plantae (rozšířenou na celý přirozený klad ve smyslu Archaeplastida), Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa), a nově seskupené říše protistů – (parafyletickou) Protozoa a (pravděpodobně polyfyletickou) Chromista, přičemž oběma názvům přiřazuje poněkud jiný rozsah, než měly v době svého zavedení.
Fylogenetické stromy na konci článku shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.
České názvosloví je založené na databázi BioLib.[1]
Systém dle Adla a kol.
Založeno na systému Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes[2], který v r. 2019 přepracoval Sina M. Adl s kolektivem z předchozích klasifikací protistů z r. 2005[3] a 2012 [4][5]. Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických úrovní jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé taxonomické ranky (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). V co největší míře se snaží vyhnout nepřirozeným skupinám, proto obsahuje značný počet incertae sedis (v následujícím přehledu uváděny vždy na začátku dané skupiny, aby se vyloučilo jejich mylnému přiřazení k poslední podskupině).
Systém se ve své poslední revizi se stal primární úvodní referencí pro taxonomické studie vyvíjené v rámci mezinárodní taxonomické iniciativy „UniEuk“ s cílem implementace v INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) a ENA (European Nucleotide Archive).[2][6]
Skupiny, u kterých se sice předpokládá monofylie, ale jejich potenciální nepřirozenost není dosud spolehlivě vyloučena, jsou označeny (P). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.
Pro přehlednost je systém redukován na 8 nejvyšších úrovní a jsou vypuštěny úrovně rodů a druhů, pokud nejsou reprezentanty monotypických taxonů vyšší úrovně nebo jsou takovým taxonům postaveny na roveň.
Craspedida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
Salpingoecidae Kent 1880–1882, emend. sensu Nitsche et al. 2011
Acanthoecida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
Acanthoecidae Norris 1965, emend. sensu Nitsche et al. 2011
Stephanoecidae Leadbeater 2011
Metazoa Haeckel 1874, emend. Adl et al. 2005 [Animalia Linnaeus 1758; Eumetazoa Bütschli 1910] – živočichové (nejsou uvedeny kmeny tkáňovců; celkový podrobnější systém najdete v článku Klasifikace živočichů)
Porifera Grant 1836 [Parazoa Sollas 1884] – houbovci, (živočišné) houby
Aphelidea Gromov 2000 [=Aphelidida Gromov 2000; =Aphelidiomyceta Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycota Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycotina Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycetes Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiaceae Tedersoo et al. 2018] – afelidie
Cryptomycota M. D. M. Jones & T. A. Richards 2011 [=Rozellida Lara et al. 2010, emend Karpov & Aleoshin 2014; =Rozellomycota Doweld 2013; =Rozellosporidia Karpov et al. 2017; =Rozellomycotina Tedersoo et al. 2018]
Blastocladiales Petersen 1909 [=Blastocladiineae Petersen 1909; Blastocladiomycota T. Y. James 2007; Blastocladiomycetes T. Y. James 2007]
Chytridiomycota Doweld 2001, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007 – chytridiomycety
Chytridiomycetes de Bary 1863, emend. Cavalier-Smith 1998, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007
Caulochytriales Doweld 2014
Chytridiales Cohn 1879, emend. Schröter 1892, emend. D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 2001, emend. Letcher & Powell 2006, emend. Mozl.-Standr. 2009, emend. Vélez et al. 2011
Cladochytriales Mozl.-Standr. 2009
Gromochytriales Karpov & Aleoshin 2014
Lobulomycetales D. R. Simmons 2009, emend. D. R. Simmons 2012
Mesochytriales Doweld 2013
Polychytriales Longcore & D.R. Simmons 2012
Polyphagales Doweld 2014
Rhizophydiales Letcher 2006, emend. Letcher 2008
Rhizophlyctidales Letcher 2008
Spizellomycetales D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 1983
Synchytriales Doweld 2014, emend. Longcore, DR Simmons & Letcher 2016
Dikarya Hibbett et al. 2007 emend. Hibbett et al. 2018
Incertae sedis Dikarya: Entorrhizomycetes Begerow et al., 2007 [=Entorrhizaceae R. Bauer & Oberw. 1997; =Entorrhizales R. Bauer & Oberwinkler 1997; =Entorrhizomycetes Begerow et al. 2007; =Entorrhizomycota R. Bauer et al. 2015; =Entorrhizomycotina Tedersoo et al. 2018]
PneumocystisP. Delanoë & Delanoë 1912 [=Pneumocystidales O. E. Eriksson 1994; =Pneumocystidomycetes Eriksson & Winka 1997; =Pneumocystidaceae]
SchizosaccharomycesLindner, 1893 [=Schizosaccharomycetaceae Beij. ex Klöcker 1905; Schizosaccharomycetales O. E. Eriksson et al. 1993; =Schizosaccharomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997] – kvasinkotvaré
Taphrinales Gäumann & C. W. Dodge 1928 [=Taphrinomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997]
PucciniomycotinaR. Bauer et al. 2006 [=Urediniomycetes Swann & Taylor 1995]
Agaricostilbomycetes R. Bauer et al. 2006
Atractiellales Oberwinkler & Bandoni 1982 [=Atractiellomycetes R. Bauer et al. 2006]
Classiculales R. Bauer et al. 2003 [=Classiculomycetes R. Bauer et al. 2006]
CryptomycocolaxOberwinkler & R. Bauer 1990 [=Cryptomycocolacaceae Oberw. & R. Bauer 1990; =Cryptomycocolacales Oberwinkler & R. Bauer 1990; =Cryptomycocolacomycetes R. Bauer et al. 2006]
Cystobasidiomycetes R. Bauer et al. 2006
Microbotryomycetes R. Bauer et al. 2006
MixiaKramer 1959 [=Mixiaceae C.L. Kramer 1987; =Mixiales R. Bauer et al. 2006; Mixiomycetes R. Bauer et al. 2006]
MalasseziaBaill. 1889 [=Malasseziales R.T. Moore 1980; =Malasseziaceae Denchev & R.T. Moore 2009; =Malasseziomycetes Boekhout et al. 2014]
Moniliella Stolk & Dakin, 1966 [=Moniliellaceae Q.M. Wang et al. 2014; =Moniliellales Q.M. Wang, et al. 2014; =Moniliellomycetes Q.M. Wang et al. 2014]
Archaeosporales C. Walker & A. Schüßler 2001 [=Archaeosporomycetes Sieverding et al. 2011]
Glomeromycetes Cavalier-Smith 1998, emend. Oehl et al. 2011
Diversisporales C. Walker & A. Schüßler 2001
Glomerales J. B. Morton & Benny 1990
ParaglomusJ.B. Morton & D. Redecker 2001 [=Paraglomeraceae J. B. Morton & D. Redecker 2001; =Paraglomerales C. Walker & A. Schüßler 2001; =Paraglomeromycetes Oehl et al. 2011]
Mortierellaceae A. Fischer 1892 [Mortierellales Cavalier-Smith 1998; =Mortierellomycotina Kerst et al. 2011; =Mortierellomycetes Doweld 2014; =Mortierellomycota Tedersoo et al. 2018]
Mucoromycotina Benny 2007
Endogonales Moreau ex R. K. Benjamin 1979 [=Endogonomycetes Doweld 2014]
Mucorales Fritz 1832, emend. Schröter 1897 [=Mucoromycetes Doweld 2014] (P)
Neocallimastigaceae Heath 1983, emend. Barr 1989 [=Neocallimastigales J. L. Li et al. 1993, =Neocallymastigacetes M. J. Powell 2007, =Neocallimastigomycota M. J. Powell 2007]
Systém vznikl již v r. 1998[13] (i když koncepci 6 říší, z toho 5 eukaryotických, publikoval Cavalier-Smith poprvé již v r. 1981[14]), nadále aktualizovány ale byly (až do r. 2022, kdy vyšla, již po autorově smrti, poslední revize podložená vedle genomických dat také podrobnou analýzou přechodových struktur mezi cytoskeletem a bičíky) pouze jeho části věnované protistním eukaryotům.[15][16][17][18][19][20][21][22][23][24][7][25][26][12][27]. Vychází z aktualizovaných představ o evoluci eukaryot a navrhuje nové členění protistů, přitom zachovává tradiční říše Plantae (rozšířenou na celý přirozený klad ve smyslu Archaeplastida), Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa, tedy bez prvoků). Soustředí se však na jednobuněčná eukaryota a nezabývá se podrobnou klasifikací hlavních skupin mnohobuněčných (Metazoa/Animalia, Rhodophyta, Chloroplastida/Viridiplantae a Neomycota/Dikarya u hub). Systém je založen na hypotéze, že kořen fylogenetického stromu se nachází mezi skupinou Euglenozoa a ostatními exkaváty.
Klasifikační systém Cavaliera-Smithe se stal základem protistního a chromistního systému v řídicí klasifikaci živých organismů použité pro projekty Catalogue of Life a Species 2000.[28][29][30]
Systém připouští jako taxony i parafyletické skupiny (značeny (P)). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.
Pro přehlednost je systém redukován na vyšší taxonomické úrovně (nejníže do úrovně podřádu).
Třída Metchnikovellea Weiser, 1977 [=Rudimicrosporea Sprague, 1977]
Animalia
Klasifikace (mnohobuněčných) živočichů, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998[13], je značně zastaralá a proto zde není uvedena (podrobnější aktuální systém, na kterém se Cavalier Smith také podílel, najdete v článku Klasifikace živočichů).
Říše Animalia Linnaeus, 1758 emend. Cavalier-Smith, 1995 [=Metazoa Haeckel, 1874] – živočichové
Klasifikace rostlin, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998[13], byla značně zastaralá a je zde proto uvedena v rozsahu obecnější verze z r. 2004[15], pokrývající pouze nejvyšší taxony, ale aktualizované a revidované (doplněné o Pararhoda) poslední verzí z r. 2022[27] (podrobný systém s úplným zahrnutím vyšších rostlin, na kterém se však Cavalier-Smith nepodílel, najdete v článku Klasifikace rostlin).
Třída Sarcomonadea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 em. 2018
Podtřída Paracercomonada Cavalier-Smith, 2018
Řád Paracercomonadida Cavalier-Smith, 2018
Podtřída Pediglissa Cavalier-Smith, 2018
Řád Cercomonadida Poche, 1913 em. Cavalier-Smith, 2018
Řád Glissomonadida Howe et al., 2009
Podřád Allapsina Cavalier-Smith, 2018
Podřád Sandonina Cavalier-Smith, 2018
Podřád Pansomonadina Vickerman in Vickerman et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2018
Třída Imbricatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018
Podtřída Placonuda Cavalier-Smith in Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
Nadřád Nudisarca Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
Řád Variglissida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014
Řád Marimonadida Cavalier-Smith & Bass in Howe et al. 2011
Nadřád Euglyphia Cavalier-Smith, 2018
Řád Euglyphida Copeland, 1956 em. Cavalier-Smith, 1987
Řád Zoelucasida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014 (X)
Nadřád Discomonada Cavalier-Smith, 2018
Řád Discomonadida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014
Podtřída Placoperla Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
Nadřád Placofila Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
Řád Thaumatomonadida Shirkina, 1987
Řád Discocelida Cavalier-Smith, 1997
Nadřád Perlatia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
Řád Spongomonadida Hibberd, 1983
Řád Perlofilida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012 (X)
Podtřída Krakenia Cavalier-Smith, 2018
Řád Krakenida Dumack et al., 2017 ex Cavalier-Smith, 2018
Třída Thecofilosea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. 2012
Podtřída Ventricleftia Cavalier-Smith, 2018
Řád Ventricleftida Cavalier-Smith in Howe et al., 2011
Podtřída Eothecia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
Řád Matazida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
Řád Ebriida Deflandre, 1936
Řád Cryomonadida Cavalier-Smith, 1993
Podtřída Phaeodaria Haeckel, 1879
Řád Eodarida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
Řád Opaloconchida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
Podtřída Tectosia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
Řád Tectofilosida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 (nepatří sem dříve zahrnovaná Amphitremida, protože se nejedná o Rhizaria, Cercozoa, ale o Heterokonta/Stramenopiles, Labyrinthulea)
Podřád Fiscullina Cavalier-Smith, 2018
Kmen Retaria Cavalier-Smith, 1999 em. 2018
Podkmen Endomyxa Cavalier-Smith, 2002
Nadtřída Marimyxia Cavalier-Smith, 2018
Třída Gromiidea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018 (P)
Řád Gromiida Claparède & Lachmann, 1856
Řád Reticulosida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018
Třída Ascetosporea Sprague 1979 stat. n. Cavalier-Smith, 2002
Řád Claustrosporida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 (X)
Řád Haplosporida Caullery & Mesnil, 1889 orth. em. Lühe, 1900
Řád Mikrocytida Hartikainen et al., 2014
Řád Paradinida Cavalier-Smith in Bass et al., 2009
Řád Paramyxida Chatton, 1911
Nadtřída Proteomyxia Lankester 1885 ex Cavalier-Smith, 2018
Třída Vampyrellidea Cavalier-Smith, 2018
Řád Vampyrellida West 1901 ex Cavalier-Smith, 2018 [=Aconchulinida De Saedeleer 1934]
Nadtřída Endohelia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015
Třída Endohelea Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012 em. Cavalier-Smith, 2022
Řád Microhelida Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012
Řád Axomonadida Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012
Kmen HaptistaCavalier-Smith, 2003 stat. n. 2015
Podkmen Haptophytina Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015 [≈HaptophytaHibberd ex Cavalier-Smith, 1986][43]
Třída Coccolithophyceae Casper, 1972 ex Rothmaler, 1951 [=Prymnesiophyceae Hibberd em. Cavalier-Smith, 1996] – kokolitky
Třída Pavlovophyceae Cavalier-Smith, 1986
Třída Rappephyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao & Lewis, 2015 – rappemonády
Podkmen HeliozoaHaeckel 1866 stat. n. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 2015
Třída CentroheleaKühn, 1926 ex Cavalier-Smith, 1993 [=Centroheliozoa Dürrschmidt & Patterson 1987] – centrohelidní slunivky
Fylogenetické stromy
Níže uvedený fylogenetický strom doményEukaryota vychází z internetového projektu “Tree of Life”[44] a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2020) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2019, případně systém T. Cavaliera-Smithe k r. 2018. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.
Protože výše uvedené systémy nemusí vždy plně odrážet fylogenetickou strukturu (v jednom kvůli slabosti fylogenetických hypotéz překypují incertae sedis na různých úrovních, druhý připouští nepřirozené taxony) a navzájem se liší, vychází strom i z dalších zdrojů a v některých aspektech se liší:
Jsou zobrazeny i klady vyšší úrovně, tedy sdružení velkých skupin do přirozených „superskupin“ Amorphea[4] (resp. Podiata, zahrnující navíc téměř všechna bývalá Apusozoa kromě ankyromonád[21][45]) a Diaphoretickes[4] (obdobná dříve zavedené skupině Corticata[46][47]).
Nejsou naopak zobrazeny ještě nadřazenější hypotetické klady Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády) [48], neboť o pozici kořene eukaryotického fylogenetického stromu není dosud přesvědčivě rozhodnuto.
Excavata nejsou zobrazena jako klad, protože je zpochybněna jejich monofylie, třebaže ji některé dřívější studie potvrzovaly,[49][47] ale jako tři samostatné vývojové linie Discoba, Metamonada a Malawimonas.[2][pozn. 6]
Strom respektuje přirozené umístění rhizarií dovnitř dřívějších chromalveolát (skupina Harosa=Sar: Stramenopila+Alveolata+Rhizaria),[4][50][51] namíslo skupiny Hacrobia[52][53][54][50] s nedostatečně potvrzenou přirozeností[pozn. 7] uvádí pouze její 2 hlavní vývojové větve – Cryptista a Haptista (s určitou průkazností monofyletismu),[24][2] a to podle aktuálních (2020) představ o jejich přirozeném postavení, tedy Cryptista jako sesterskou skupinu k Archaeplastida a Haptista jako sesterskou k TSAR.[57][58]
Závorka (P) označuje větve, pro které je monofylie prokázaná zatím velmi nedostatečně, může se tedy jednat o skupiny parafyletické či (výjimečně) polyfyletické.
Výše uvedený strom nemá (úmyslně) vyznačen kořen (tj. posledního společného předka eukaryot, LECA), protože názory na jeho umístění se liší.[121][48]
V současnosti ho nejcitovanější hypotézy kladou dovnitř exkavát:
LECA
Diphoda
Metamonada
Discoba
Hemimastigophora=Spironemida
Diaphoretickes≈Corticata
Opimoda
(P)
Malawimonas
Ancyromonadida=Planomonadida
Podiata
CRuMs
Amorphea
Nadějnými se ukázaly analýzy založené na předpokladu vzniku mitochondrie z endosymbiotické α proteobakterie jako relativně pozdní evoluční inovace eukaryot a tedy oprávněnosti využití genů moderních α proteobakterií jako dobré outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze.[122] Taková analýza z r. 2015 za použití aktuálních metod fylogenomiky poskytla velmi silnou podporu pro pozici kořene eukaryotické fylogeneze jakožto místa, kde se větev vedoucí od α proteobakteriání outgroup připojuje k eukaryotickému „podstromu“, dovnitř exkavát, a to tak, že jednou přirozenou eukaryotickou větví je klad Opimoda (Podiata a malawimonády), druhou klad Diphoda (Diaphoretickes a Discoba).[123] Metamonády, třetí hlavní exkavátní klad nemohly být do analýz zahrnuty, protože ve svých genomech obsahují minimum genů α proteobakteriáního původu. Studie publikovaná o rok dříve, využívající k určení pozice eukaryotického kořene jakékoliv eubakteriální geny, které se do eukaryot dostaly (zřejmě procesem horizontálního přenosu) ještě před existencí jejich posledního společného předka, klade kořen mezi Discoba a ostatní exkaváty, tedy potvrzuje klad Diphoda a ke kladu Opimoda navíc přidává metamonády.[124] Ve studii však byly odhaleny některé metodické chyby, které takovému postavení metamonád ubírají na věrohodnosti[48], nová studie z r. 2016 již metamonády přiřazuje na bázi Diphoda.[125][pozn. 25] Eukaryotický kořen by proto měl ležet mezi Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes, Hemimastigophora a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády), jak ukazuje první schéma vpravo.
Dosud nevyvrácenou je též hypotéza Thomase Cavaliera-Smithe s eukaryotickým kořenem mezi krásnoočky (Euglenozoa) a ostatními exkaváty,[18][12] vizte druhé schéma vpravo (Varisulca jsou CRuMs doplněná o ankyromonády/planomonády[21][34]). Hlavní argument hypotézy je založen na proteinu Tom40, který je kritický pro import jaderně kódovaných proteinů do mitochondrie a je přítomen u všech eukaryot právě s výjimkou skupiny Euglenozoa. Ukázalo se však, že protein ATOM, který plní u krásnooček obdobnou funkci, je divergentním homologem proteinu Tom40, který je tak pravděpodobně společný pro všechny mitochondrie[126] a k oddělení krásnooček tedy nemuselo dojít před jeho vznikem.
Dle starší překonané hypotézy bylo uvažováno umístění eukaryotického kořene v metamonádách[127]; k podobné pozici došla i nová (2023) hypotéza, která předpokládá sériálovou endosymbiózu mitochondrie: nejprve došlo k endosymbióze γ- a/nebo δ-proteobakterie, ze které vznikly mitochondriím podobné organely jako hydrogenozomy a mitozomy, ty byly později (po oddělení linií Parabasalia, Fornicata a Preaxostyla) nahrazeny endosymbiotickou α-proteobakterií schopnou buněčného dýchání, ze které vznikla mitochondrie.[128]
Jako spíše překonané je možno považovat umístění eukaryotického kořene uvnitř Discoba na větvi k jakobidům[129].
Určitou analytickou podporu nalezly některé další hypotézy, umísťující kořen do jiných míst eukaryotického stromu:
Z analýzy vzácných genomových změn představovaných výjimečnými substitucemi nebo inzercemi či delecemi v sekvencích proteinů homologických napříč eukaryoty a prokaryoty, provedené v r. 2009, vyplynula pozice eukaryotického kořene na bázi skupiny Archaeplastida.[130] Tato studie ale trpěla velmi omezeným samplingem a otazníky panovaly i ohledně použité metodologie; obdobná analýza s lepším samplingem pro podporu této hypotézy od té doby dosud provedena nebyla.[48]
Hypotéza s kořenem mezi Opisthokonta a ostatními skupinami[118] byla podpořena novější analýzou, která mezi fylogenetickými stromy pro sérii eukaryotických genových rodin hledala takovou podobu zakořeněné eukaryotické fylogeneze, jež minimalizuje nutný počet genových duplikací a ztrát v evoluční historii analyzovaných genových rodin,[131] i novější (2022) fylogenomickou analýzou 2 786 genů ve 158 eukaryotických liniích.[132] Některé aspekty fylogenetického stromu plynoucího z této analýzy jsou však v přímém rozporu s dobře doloženými příbuzenskými vztahy eukaryot.[48]
Jiným argumentem byla rozdílnost bikontního a unikontního uspořádání cytoskeletu a jeho genetický základ, spolu s předpokladem jednobičíkatého předka. Odtud vycházela hypotetická pozice na bázi superskupiny Amorphea (mezi původními Bikonta a Unikonta)[133]. Argumenty však padly současně s prokázáním nepřirozenosti takového základního dělení eukaryot.[123] Ke stejnému umístění kořene dospěla i první analýza využívající jako outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze genů z dnešních α proteobakterií[120], ovšem tato analýza trpěla nedostatečným samplingem (mnoho důležitých eukaryotických skupin bylo reprezentováno chabě nebo chybělo úplně) a nepřesvědčivými hodnotami statistické podpory získaných výsledků.[48]
Odkazy
Poznámky
↑ abDo barevných řas v širším smyslu byla navíc řazena fotosyntetizující Alveolata, Rhizaria a Cryptista a jednalo se tak o polyfyletickou skupinu Chromophyta patřící do rostlin, nyní nepoužívanou.[11]
↑ abTřídy Filasterea a Ichthyosporea (vč. dříve samostatné třídy Corallochytrea) sdružoval Cavalier-Smith do nadtřídy Filosporidia,[34] která se však ukázala jako nepřirozená.[35]
↑Zamýšlená komplexnější revize podříše Eomycota (po vyčlenění Opisthosporidia do říše Protozoa) zůstala nedokončená, pouze naznačený je záměr zjednodušeného členění na pouhé 2 kmeny po 3 třídách:[27]
Kmen Chytridiomycota
Třída Parachytriomycetes
Třída Chytridiomycetes
Třída Allomycetes
Kmen Zygomycota
Třída Glomomycetes
Třída Mucoromycetes
Třída Zoomycetes
↑Chromista jsou podle nových fylogenetických studií pravděpodobně polyfyletickou skupinou[4][38][39][40], i když některé nové studie podporují jejich přirozenost[24].
↑Na základě fylogenetické analýzy bylo v r. 2014 navrženo vyčlenit rod Colponema resp. třídu Colponemea na úroveň samostatného alveolátního kmene Colponemidia.[41]
↑Uvnitř exkavát pravděpodobně leží kořen eukaryot; pro jeho přesnou pozici existuje více vzájemně se vylučujících hypotéz.[48][12]
↑Podle starších a pravděpodobně překonaných fylogenetických analýz tvořila Hacrobia společnou přirozenou skupinu s Archaeplastida (společné označení Plastidophila)[51]. Podle jiných studií mohou tvořit společnou skupinu se skupinou „SAR”[50][24] – tedy Chromalveolata v širším slova smyslu (obsahující Rhizaria), či Chromista v širším slova smyslu dle Cavaliera-Smithe (resp. TSAR – včetně telonemid). Třetí pravděpodobnou možností, na kterou ukazují novější analýzy, je nepřirozenost hacrobií jako celku a umístění skrytěnek, katablefarid a pikozoí na bázi (nebo dovnitř[55]) archaeplastid a haptofyt, centrohelidních slunivek a telonemid na bázi holofyletických TSAR.[38][56].
↑Alternativní umístění hemimastigofor/spironemid je na bázi větve tvořené skupinami Haptista a SAR/TSAR[59][60], kde může tvořit přirozenou skupinu se sesterskými Centroplasthelida nebo bazálněji postavenou superskupinou Provora (dříve reprezentovanou jen rodem Ancoracysta)[61][62][60]
↑Zatímco dříve byla Picobiliphyta řazena do příbuzenstva skrytěnek, v novějších analýzách vycházejí Picozoa jako vnitřní větev Archeaplastida sesterská k ruduchám (zpravidla bez zahrnutí Rhodelphidia do analýzy) nebo k ruduchám + Rhodelphidia[68][69], případně jako skupina sesterská k celým Archaeplastida.[24][55][59][61][62]
↑Zatímco dříve byly (zejména z důvodů morfologie plastidů) za jednoznačnou bazální větev vývojového stromu rostlin považována Glaucophyta, z novějších studií zpravidla vycházejí bazálněji ruduchy resp. Rhodaria.[70][71][59][67] Jako klad však byla vyloučena bývalá Biliphyta, sdružující Glaucophyta a Rhodaria.[27]
↑Některé dřívější studie studie kladly Palpitomonas na bázi rostlin (Archaeplastida)[72] nebo na bázi hacrobií.[73]
↑Studie z r. 2016 klade Cryptista dovnitř Archaeplastida, jako sesterskou skupinu kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.[55] Novější studie z r. 2019 ukazuje, že je asi parafylie Archaeplastid artefaktem způsobeným tzv. přitahováním dlouhých větví.[67]
↑Ačkoli naprostá většina studií do r. 2015 potvrzuje nebo předpokládá monofylii skupiny Archeaplastida, existují i výjimky, které ji zpochybňují, např. fylogenetická studie jaderných genů s pomalou evolucí[76] vyvozuje, že Rhodophyta a Glaucophyta by mohly být bazálními větvemi k superskupině Viridiplantae+Hacrobia+„SAR”. Také podle nové studie z r. 2016 jsou Archaeplastida parafyletická - uvnitř nich se totiž odvětvují Cryptista: bazální větví jsou ruduchy, Cryptista jsou pak sesterskou skupinou kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.[55] Novější studie z r. 2019 a 2021 ukazují, že je asi parafylie Archaeplastid artefaktem způsobeným tzv. přitahováním dlouhých větví.[67][61][62] Monofylii Archaeplastida podporují i nové studie z r. 2020, zaměřené na vývoj plastidů, které podrobně analyzují rozpory dřívějších studií.[57][58]
↑pouhé dva dosud (r. 2022) popsané rody – Arpakorses a Telonema, druh Telonema antarctica někdy vyčleňován jako Lateronema antarctica do samostatného rodu Lateronema[80]
↑Některé dřívější studie studie kladly rod Telonema do příbuzenstva haptofyt, jako sesterskou skupinu centrohelidních slunivek.[52] Později byl řazen do příbuzenstva skrytěnek, např. jako sesterská skupina Picozoa.[24]
↑V některých novějších analýzách se Haptista jeví polyfyletická, přičemž Haptophyta leží uvnitř TSAR jako sesterská k telonemidům, centrohelidní slunivky jsou postavená bazálněji a mohou tvořit přirozenou skupinu se sesterskými Hemimastigophora a bazálněji postaveným rodem Ancoracysta[61][62]
↑Analýza z r. 2024 naznačuje možné bazálnější postavení Provora, reprezentovaných v ní však pouze rodem Ancoracysta, jako sesterské skupiny ke kladu Hemimastigophora + Meteora.[63]
↑dříve byli Parabasalia považováni za sesterskou skupinu fornikát, se kterými tvořili společnou skupinu Trichozoa[89]
↑Některé analýzy řadí ankyromonády dovnitř skupiny CRuMs (v tom případě nazývané Varisulca) jako sesterskou skupinu mantamonád.[21][34]
↑Některé molekulární fylogenetické studie vyčleňují Breviatea (Breviata spolu se sesterskými rody Pygsuia a Subulatomonas a několika environmentálními vzorky), dříve řazená do Amoebozoa, jako bazální klad apusomonád nebo jako samostatný základní klad podiát.[95][96]
↑Podle fylogenetické studie zahrnující nově popsaný rod Txikispora vycházejí Filasterea, i když s relativně nízkou podporou, jako sesterská skupina plísňovek (Ichthyosporea), a Filozoa jsou tak nepřirozenou skupinou.[101]
↑Podle některých molekulárních fylogenetických studií je Syssomonas sesterskou skupinou filozoí a linie ke Corallochytrium se odvětvuje bazálněji,[98] případně tvoří společný klad Teretosporea s plísňovkami (Ichthyosporea) jakožto jejich sesterská skupina.[103] Studie z r. 2023 přidala třetí hypotézu a jako nejpravděpodobnější považuje Pluriformea nejbazálnější větví kladu Holozoa.[104]
↑Přirozené vnitřní uspořádání tohoto kladu není dosud (r. 2024) rozhodnuté. Tři nejpravděpodobnjší hypotézy jsou:[104] 1. nejbazálněji se odvětvují Pluriformea jakožto sesterská skupina ke společnému kladu Ichthyosporea (plísňovky) a Filozoa; 2. Pluriformea a Ichthyosporea se odvětvují jako společný klad Teretosporea; 3. nejbazálněji se odvětvují Ichthyosporea (plísňovky) jakožto sesterská skupina ke společnému kladu Pluriformea a Filozoa. Nejasné je i postavení rodu Tunicaraptor.[105][106] Navíc byla v environmentálních vzorcích identifikována další odlišná vnitřní linie bez popsaného kultivovaného druhu, pracovně zvaná MASHOL.[108]
↑Tato skupina je pozůstatkem původního kmene Apusozoa[117][118]
po vyčlenění skupiny Discocelida a Hemimastigida do Rhizaria: Filosa[119] a apusomonád do Obazoa.[116] Naposledy byly z přirozeného kladu zbylého z Apusozoa, do té doby nazývaného Varisulca[21][34], vyřazeny ankyromonády/planomonády.[71] Skupina Diphyllatea/Collodictyonida bývala někdy řazena na bázi měňavkovců.[94][116]
↑ abNovější studie z r. 2018, zaměřená na postavení skupiny Hemimastigophora, klade metamonády společně s ankyromonádami jakožto sesterskou skupinou na bázi Opimoda; statistická podpora pro to však byla nízká.[59] K podobnému výsledku dospěla studie z r. 2021, zaměřená však na postavení rostlin a skrytěnek,[61][62] i studie z r. 2022, zaměřená na linie blízké haptistům a Sar.[60]
↑Některé studie řadily Malawimonas buď do CRuMs/Varisulca jako sesterskou skupinu k Diphyllatea/Collodictyonida,[34][45] nebo dovnitř Amorphea.[120] Jiné analýzy s vypuštěním rychle proměnných úseků a taxonů s dlouhými větvemi však ukazují na oprávněnost nadále považovat malawimonády za blízké metamonádám.[45]
↑ abcdADL, Sina, et al. Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes. S. 4–119. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 26. září 2018. Svazek 66, čís. 1, s. 4–119. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. PDF [2]. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.12691. PMID30257078. (anglicky)
↑Sina M. Adl, Alastair G. B. Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, O. Roger Anderson, John A. Barta, Samual S. Bowser, Guy Bragerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov, Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thoams A. Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel, Max F. J. R. Taylor. The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 2005, roč. 52, čís. 5, s. 399–451. Dostupné online [cit. 2020-02-25]. Dostupné také na: [3].
↑ Erratum. S. 321. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 11. březen 2013. Svazek 60, čís. 3, s. 321. Opravy k předchozí referenci. Dostupné online. PDF [5]. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.12033. (anglicky)
↑BERNEY, Cédric, et al. UniEuk: Time to Speak a Common Language in Protistology!. S. 407–411. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 24. březen 2017. Svazek 64, čís. 3, s. 407–411. Dostupné online. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.12414. (anglicky)
↑ abcdCAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; LEWIS, Rhodri. 187-gene phylogeny of protozoan phylum Amoebozoa reveals a new class (Cutosea) of deep-branching, ultrastructurally unique, enveloped marine Lobosa and clarifies amoeba evolution. S. 275–296. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 18. březen 2016. Svazek 99, s. 275–296. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev. 2016.03.023. PMID27001604. (anglicky)
↑BASS, David; CZECH, Lucas; WILLIAMS, Bryony A. P.; BERNEY, Cédric; DUNTHORN, Micah; MAHÉ, Frederic; TORRUELLA, Guifré, STENTIFORD, Grant D.; WILLIAMS, Tom A. Clarifying the Relationships between Microsporidia and Cryptomycota. S. 773–782. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 28. duben 2018. Svazek 65, čís. 6, s. 773–782. Dostupné online. Dostupné také na: [6]. Dále dostupné na: [7]. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.12519. PMID29603494. (anglicky)
↑ abcTEDERSOO, Leho; SÁNCHEZ-RAMÍREZ,, Santiago; KÕLJALG, Urmas; BAHRAM, Mohammad; DÖRING, Markus; SCHIGEL, Dmitry; MAY, Tom, RYBERG, Martin; ABARENKOV, Kessy. High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses. S. 135–159. Fungal Diversity [online]. Springer Netherlands, 16. květen 2018. Svazek 90, čís. 1, s. 135–159. Dostupné online. ISSN1878-9129. DOI10.1007/s13225-018-0401-0. (anglicky)
↑TORRUELLA, Guifré; GRAU-BOVÉ, Xavier; MOREIRA, David; KARPOV, Sergey A.; BURNS, John A.; SEBÉ-PEDRÓS, Arnau; VÖLCKER, Eckhard, LÓPEZ-GARCÍA, Purificación. The aphelid-like phagotrophic origins of fungi. BioRχiv [online]. 17. srpen 2018. Online před tiskem. Dostupné online. DOI10.1101/233882. (anglicky)
↑ČIHAŘ, Jiří, a kol. Příroda v ČSSR. Ilustrace ZPĚVÁK, Jaromír. 1. vyd. Praha: Práce, 1976. 384 s. Dostupné online. 24-110-76. Kapitola (III) Systematický přehled rostlin a živočichů – Rostliny, s. 40.
↑ abcdefCAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO,, Ema E.; LEWIS, Rhodri. Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organisation of sister phyla Cercozoa and Retaria. S. 1517–1574. Protoplasma [online]. Springer Nature, 17. duben 2018. Svazek 255, čís. 5, s. 1517–1574. Dostupné online. Dostupné také na: [8]. Dále dostupné na: [9]. ISSN1615-6102. DOI10.1007/s00709-018-1241-1. PMID29666938. (anglicky)
↑ abcdefghijCAVALIER-SMITH, Thomas. Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa. S. 115–178. European Journal of Protistology [online]. 19. říjen 2012. Svazek 49, čís. 2, s. 115–178. Dostupné online. ISSN0932-4739. DOI10.1016/j.ejop.2012.06.001. (anglicky)
↑CAVALIER-SMITH, Thomas; SCOBLE, Josephine Margaret. Phylogeny of Heterokonta: Incisomonas marina, a uniciliate gliding opalozoan related to Solenicola (Nanomonadea), and evidence that Actinophryida evolved from raphidophytes. S. 328–353. European Journal of Protistology [online]. 4. prosinec 2012. Svazek 49, čís. 3, s. 328–353. Dostupné online. ISSN0932-4739. DOI10.1016/j.ejop.2012.09.002. (anglicky)
↑CAVALIER-SMITH, Thomas. Gregarine site-heterogeneous 18S rDNA trees, revision of gregarine higher classification, and the evolutionary diversification of Sporozoa. S. 472–495. European Journal of Protistology [online]. 30. čeren 2014. Svazek 50, čís. 5, s. 472–495. Dostupné online. ISSN0932-4739. DOI10.1016/j.ejop.2014.07.002. (anglicky)
↑ abcdefghiCAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; LEWIS, Rhodri. Multiple origins of Heliozoa from flagellate ancestors: New cryptist subphylum Corbihelia, superclass Corbistoma, and monophyly of Haptista, Cryptista, Hacrobia and Chromista. S. 331–362. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Srpen 2015. Svazek 93, s. 331–362. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2015.07.004. PMID26234272. (anglicky)
↑ abCAVALIER-SMITH, Thomas. Kingdom Chromista and its eight phyla: a new synthesis emphasising periplastid protein targeting, cytoskeletal and periplastid evolution, and ancient divergences. S. 297–357 + příloha ESM 1, s. 11-18. Protoplasma [online]. Springer Nature, 5. září 2017. Svazek 255, čís. 1, s. 297–357 + příloha ESM 1, s. 11-18. Dostupné online. Dostupné také na: [19]. PDF (příloha ESM 1) [20]. ISSN1615-6102. DOI10.1007/s00709-017-1147-3. PMID28875267. (anglicky)
↑ In: ROSKOV, Y., NICOLSON, D.; BAILLY, N.; KIRK, P. M.; BOURGOIN, T., DeWALT R.E., DECOCK W., NIEUKERKEN E. van, ZARUCCHI J., PENEV L. Species 2000 & ITIS Catalogue of Life. [s.l.]: Species 2000: Naturalis, Leiden, the Netherlands, 2019. [www.catalogueoflife.org/col Dostupné online]. ISSN2405-8858. Kapitola Classification. (anglicky)
↑RUGGIERO, Michael A.; GORDON, Dennis P.; ORRELL, Thomas M., BAILLY, Nicolas; BOURGOIN, Thierry; BRUSCA, Richard C.; CAVALIER-SMITH, Thomas; GUIRY, Michael D.; KIRK, Paul M. Correction: A Higher Level Classification of All Living Organisms. PLoS ONE [online]. 11. červen 2015. Svazek 10, čís. 6: e0130114. Dostupné online. PPT [23]. PNG [24]. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0130114. PMID26068874. (anglicky)
↑HARDING, Tommy; BROWN, Matthew W.; PLOTNIKOV, Andrey; SELIVANOVA, Elena; PARK, Jong Soo; GUNDERSON, John H.; BAUMGARTNER, SILBERMAN, Jeffrey D.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Amoeba Stages in the Deepest Branching Heteroloboseans, Including Pharyngomonas: Evolutionary and Systematic Implications. S. 272–286. Protist [online]. 27. září 2012. Svazek 164, čís. 2, s. 272–286. Dostupné online. DOI10.1016/j.protis.2012.08.002. PMID23021907. (anglicky)
↑ abKANG, Seungho; TICE, Alexander K.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D.; PÁNEK, Tomáš; ČEPIČKA, Ivan; KOSTKA, Martin, KOSAKYAN, Anush; ALCÂNTARA, Daniel M. C.; ROGER, Andrew J.; SHADWICK, Lora L.; SMIRNOV, Alexej; KUDRJAVCEV, Alexander; LAHR, Daniel J. G.; BROWN, Matthew W. Between a Pod and a Hard Test: The Deep Evolution of Amoebae. S. 2258–2270. Molecular Biology and Evolution [online]. Oxford University Press, 15. květen 2017. Svazek 34, čís. 9, s. 2258–2270. Dostupné online. Dostupné také na: [25]. Dále dostupné na: [26]. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msx162. PMID28505375. (anglicky)
↑ abTEKLE, Yonas I.; ANDERSON, O. Roger; KATZ, Laura A.; MAURER-ALCALÁ, Xyrus X.; ROMERO, Mario Alberto Cerón; MOLESTINA, Robert. Phylogenomics of ‘Discosea’: A new molecular phylogenetic perspective on Amoebozoa with flat body forms. S. 144–154. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Elsevier Inc., 22. březen 2016. Svazek 99, s. 144–154. Dostupné online. Dostupné také na: [27]. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2016.03.029. PMID27015898. (anglicky)
↑ abcdeCAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; SNELL, Elizabeth A., Berney, Cédric; Fiore-Donno, Anna Maria; Lewis, Rhodri. Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 21. srpen 2014, svazek 81, s. 71–85. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2014.08.012. PMID25152275. (anglicky)
↑ abHEHENBERGER, Elisabeth; TICHONĚNKOV, Denis Viktorovič; KOLÍSKO, Martin; DEL CAMPO, Javier; ESAULOV, Anton S.; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Novel Predators Reshape Holozoan Phylogeny and Reveal the Presence of a Two-Component Signaling System in the Ancestor of Animals. S. 2043–2050.e6. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 22. červen 2017. Svazek 27, čís. 13, s. 2043–2050.e6. Dostupné online. ISSN0960-9822. DOI10.1016/j.cub.2017.06.006. PMID28648822. (anglicky)
↑KARPOV, Sergey A.; MAMKAEVA, Maria A.; NASSONOVA, Elena, LILJE, Osu; GLEASON, Frank H. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia. S. 1–11. Frontiers in Microbiology [online]. 28. březen 2014. Svazek 5, čís. 112, s. 1–11. Dostupné online. DOI10.3389/fmicb.2014.00112. (anglicky)
↑WIJAYAWARDENE, Nalin N.; HYDE, Kevin D., Al-Ani L. K. T., Tedersoo L., Haelewaters D., Rajeshkumar K. C., Zhao R. L., Aptroot A., Leontyev D. V., Saxena R. K., Tokarev Y. S., Dai D. Q., Letcher P. M., Stephenson S. L., Ertz D., Lumbsch H. T., Kukwa M., Issi I. V., Madrid H., Phillips A. J. L., Selbmann L., Pfliegler W. P., Horváth E., Bensch K., Kirk P. M., Kolaříková K., Raja H. A., Radek R., Papp V., Dima B., Ma J., Malosso E., Takamatsu S., Rambold G., Gannibal P. B., Triebel D., Gautam A. K., Avasthi S., Suetrong S., Timdal E., Fryar S. C., Delgado G., Réblová M., Doilom M., Dolatabadi S., Pawłowska J., Humber R. A., Kodsueb R., Sánchez-Castro I., Goto B. T., Silva D. K. A., de Souza F. A., Oehl F., da Silva G. A., Silva I. R., Błaszkowski J., Jobim K., Maia L. C., Barbosa F. R., Fiuza P. O., Divakar P. K., Shenoy B. D., Castañeda-Ruiz R. F., Somrithipol S., Lateef A. A., Karunarathna S. C., Tibpromma S., Mortimer P. E., Wanasinghe D. N., Phookamsak R., Xu J., Wang Y., Tian F., Alvarado P., Li D. W., Kušan I., Matočec N., Maharachchikumbura S. S. N., Papizadeh M., Heredia G., Wartchow F., Bakhshi M., Boehm E., Youssef N., Hustad V. P., Lawrey J. D., Santiago A. L. C. M. A., Bezerra J. D. P., Souza-Motta C. M., Firmino A. L., Tian Q., Houbraken J., Hongsanan S., Tanaka K., Dissanayake A. J., Monteiro J. S., Grossart H. P., Suija A., Weerakoon G., Etayo J., Tsurykau A., Vázquez V., Mungai P., Damm U., Li Q. R., Zhang H., Boonmee S., Lu Y. Z., Becerra A. G., Kendrick B., Brearley F. Q., Motiejūnaitė J., Sharma B., Khare R., Gaikwad S., Wijesundara D. S. A., Tang L. Z., He M. Q., Flakus A., Rodriguez-Flakus P., Zhurbenko M. P., McKenzie E. H. C., Stadler M., Bhat D. J., Liu J. K., Raza M., Jeewon R., Nassonova E. S., Prieto M., Jayalal R. G. U., Erdoğdu M., Yurkov A., Schnittler M., Shchepin O. N., Novozhilov Y. K., Silva-Filho A. G. S., Liu P., Cavender J. C., Kang Y., Mohammad S., Zhang L. F., Xu R. F., Li Y. M., Dayarathne M. C., Ekanayaka A. H., Wen T. C., Deng C. Y., Pereira O. L., Navathe S., Hawksworth D. L., Fan X. L., Dissanayake L. S., Kuhnert E., Grossart H. P., Thines M. Outline of Fungi and fungus-like taxa. S. 1060–1456. Mycosphere [online]. Innovative Institute for Plant Health, Zhongkai University of Agriculture and Engineering, 18. březen 2020 [cit. 2020-09-05]. Svazek 11, čís. 1:8, s. 1060–1456. Dostupné online. ISSN2077-7019. DOI10.5943/mycosphere/11/1/8. (anglicky)
↑ abcdeBURKI, Fabien; OKAMOTO, Noriko; POMBERT, Jean-François, KEELING, Patrick J. The evolutionary history of haptophytes and cryptophytes: phylogenomic evidence for separate origins. S. 2246–2254. Proceedings of the Royal Society B [online]. 7. červen 2012 [cit. 2012-05-29]. Svazek 279, čís. 1736, s. 2246–2254. Dostupné online. ISSN1471-2954. DOI10.1098/rspb.2011.2301. (anglicky)
↑BAURAIN, Denis; BRINKMANN, Henner; PETERSEN, Jörn, RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara; STECHMANN, Alexandra; DEMOULIN, Vincent; ROGER, Andrew J.; BURGER, Gertraud; LANG, B. Franz; PHILIPPE, Hervé. Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles. S. 1698–1709. Molecular Biology and Evolution [online]. 1.. březen 2010. Svazek 27, čís. 7, s. 1698–1709. Dostupné online. PDF [28]. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msq059. PMID20194427. (anglicky)
↑STILLER, John W.; HUANG, Jinling; DING, Qin, TIAN, Jing; GOODWILLIE, Carol. Are algal genes in nonphotosynthetic protists evidence of historical plastid endosymbioses?. S. 1–16. BMC Genomics [online]. 20. říjen 2009. Svazek 10, čís. 484, s. 1–16. Dostupné online. PDF [29]. ISSN1471-2164. DOI10.1186/1471-2164-10-484. PMID19843329. (anglicky)
↑TIKHONENKOV, Denis V.; JANOUŠKOVEC, Jan; MYLNIKOV, Alexander P., MIKHAILOV, Kirill V.; SIMDYANOV, Timur G.; ALEOSHIN, Vladimir V.; KEELING, Patrick J. Description of Colponema vietnamica sp.n. and Acavomonas peruviana n. gen. n. sp., Two New Alveolate Phyla (Colponemidia nom. nov. and Acavomonidia nom. nov.) and Their Contributions to Reconstructing the Ancestral State of Alveolates and Eukaryotes. S. 1–16. PLoS ONE [online]. 16. duben 2014. Svazek 9, čís. 4: e95467, s. 1–16. Dostupné online. DOI10.1371/journal.pone.0095467. (anglicky)
↑WEGENER PARFREY, Laura; GRANT, Jessica; TEKLE, Yonas I., Lasek Nesselquist, Erica; Morrison, Hilary G.; Sogin, Mitchell L.; Patterson, David J.; Katz, Laura A. Broadly Sampled Multigene Analyses Yield a Well Resolved Eukaryotic Tree of Life. S. 518–533. Systematic biology [online]. 23. červenec 2010. Svazek 59, čís. 5, s. 518–533. Dostupné online. PDF [30]. ISSN1076-836X. DOI10.1093/sysbio/syq037. PMID20656852. (anglicky)
↑EDVARDSEN, Bente; EIKREM, Wenche, GREEN, J. C.; ANDERSEN, Robert A.; MOON-van der STAAY, Seung Yeo; MEDLIN, Linda K. Phylogenetic reconstructions of the Haptophyta inferred from 18s ribosomal DNA sequences and available morphological data. S. 19–35. Phycologia [online]. 4. únor 2000. Svazek 39, čís. 1, s. 19–35. Dostupné online. PDF [31]. ISSN0031-8884. DOI10.2216/i0031-8884-39-1-19.1. (anglicky)
↑ abcHEISS, Aaron A.; KOLISKO, Martin; EKELUND, Fleming; BROWN, Matthew W.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Combined morphological and phylogenomic re-examination of malawimonads, a critical taxon for inferring the evolutionary history of eukaryotes. S. 1–13. Royal Society Open Science [online]. Royal Society, 4. duben 2018. Svazek 5, čís. 4: 171707, s. 1–13. Dostupné online. Dostupné také na: [32]. ISSN2054-5703. DOI10.1098/rsos.171707. PMID29765641. (anglicky)
↑ abBURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; PAWLOWSKI, Jan. Phylogenomics reveals a new ‘megagroup’ including most photosynthetic eukaryotes. S. 366–369. Biology Letters [online]. 23. srpen 2008 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 4, s. 366–369. Dostupné online. PDF [33]. ISSN1744-957X. DOI10.1098/rsbl.2008.0224. PMID18522922. (anglicky)
↑ abcdHAMPL, Vladimír; HUG, Laura; LEIGH, Jessica W., Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 10. březen 2009, svazek 106, čís. 10, s. 3859–3864. Dostupné online [cit. 2009-12-10]. DOI10.1073/pnas.0807880106. (anglicky)Archivováno 12. 2. 2020 na Wayback Machine.
↑ abcdefgELIÁŠ, Marek. Potíže s kořenem. S. 270–273. Vesmír [online]. 4. květen 2017 [cit. 2017-08-22]. Roč. 96, čís. 2017/5, s. 270–273. Dostupné v archivu pořízeném dne 2017-08-22. ISSN1214-4029.
↑SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Excavata and the origin of amitochondriate eukaryotes; ve sborníku Organelles, Genomes, and Eukaryote Phylogeny: An Evolutionary Synthesis in the Age of Genomics. Příprava vydání Robert P. Hirt, David S. Horner. Boca Raton, Florida, USA: CRC Press,, 2004. (Systematics Association special volume; sv. 68). Dostupné online. ISBN0-415-29904-7. Sekce I, s. 27–54. (anglicky)
↑ abcdBURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski. Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups. S. 1–6, e790. PLoS ONE [online]. 29. srpen 2007 [cit. 2009-10-08]. Svazek 2, čís. 8, s. 1–6. Dostupné online. PDF [34]. DOI10.1371/journal.pone.0000790. (anglicky)
↑ abcKIM, Eunsoo; GRAHAM, Linda E. EEF2 Analysis Challenges the Monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata. S. 1–10, e2621. PLoS ONE [online]. 9. červenec 2008 [cit. 2009-10-08]. Svazek 3, čís. 7, s. 1–10. Dostupné online. PDF [35]. DOI10.1371/journal.pone.0002621. (anglicky)
↑ abcdOKAMOTO, Noriko, Chitchai Chantangsi, Aleš Horák, Brian S. Leander, Patrick J. Keeling. Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid Roombia truncata gen. et sp. nov., and Establishment of the Hacrobia Taxon nov. S. 1–11, e7080. PLoS ONE [online]. 17. září 2009 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 9, s. 1–11. Dostupné online. PDF [36]. DOI10.1371/journal.pone.0007080. (anglicky)
↑KEELING, Patrick J. Chromalveolates and the Evolution of Plastids by Secondary Endosymbiosis. The Journal of Eukaryotic Microbiology. 19. září 2008, svazek 56, čís. 1, s. 1–8. Dostupné online [cit. 2009-10-05]. DOI10.1111/j.1550-7408.2008.00371.x. (anglicky)
↑ abcBURKI, Fabien; INAGAKI, Yuji, Jon Bråte, John M. Archibald, Patrick J. Keeling, Thomas Cavalier-Smith, Miako Sakaguchi, Tetsuo Hashimoto, Ales Horak, Surendra Kumar, Dag Klaveness, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski, Kamran Shalchian-Tabrizi. Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates. S. 231–238. Genome Biology and Evolution [online]. 13. srpen 2009 [cit. 2009-10-05]. Roč. 2009, s. 231–238. Dostupné online. PDF [37]. ISSN1759-6653. DOI10.1093/gbe/evp022. (anglicky)
↑ abcdBURKI, Fabien; KAPLAN, Maia; TIKHONENKOV, Denis V., ZLATOGURSKY, Vasily; MINH, Bui Quang; RADAYKINA, Liudmila V.; SMIRNOV, Alexey; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista. Proceedings of the Royal Society B [online]. 27. leden 2016. Svazek 283, čís. 1823. Dostupné online. ISSN1471-2954. DOI10.1098/rspb.2015.2802. PMID26817772. (anglicky)
↑ abSTRASSERT, Jürgen F. H.; JAMY, Mahwash; MYLNIKOV, Alexander P.; TIKHONENKOV, Denis V.; BURKI, Fabien. New phylogenomic analysis of the enigmatic phylum Telonemia further resolves the eukaryote tree of life. S. 757–765. Molecular Biology and Evolution [online]. Oxford University Press, 22. leden 2019. Svazek 34, čís. 4, s. 757–765. Dostupné online. Dostupné také na: [38]. Dále dostupné na: [39]. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msz012. (anglicky)
↑ abcdIRISARRI, Iker; STRASSERT, Jürgen F. H.; BURKI, Fabien. Phylogenomic Insights into the Origin of Primary Plastids. bioRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 4. srpen 2020 [cit. 2020-12-02]. Dostupné online. DOI10.1101/2020.08.03.231043. (anglicky)
↑ abcdSTRASSERT, Jürgen F. H.; IRISARRI, Iker; WILLIAMS, Tom A.; BURKI, Fabien. A molecular timescale for the origin of red algal-derived plastids. bioRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 21. srpen 2021 [cit. 2020-12-02]. Dostupné online. DOI10.1101/2020.08.20.259127. (anglicky)
↑ abcdefLAX, Gordon; EGLIT, Yana; EME, Laura; BERTRAND, Erin M.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes. S. 410–414. Nature [online]. Springer Nature Publishing AG, 14. listopad 2018. Svazek 564, čís. 7736, s. 410–414. Dostupné online. Dostupné také na: [40]. ISSN1476-4687. DOI10.1038/s41586-018-0708-8. PMID30429611. (anglicky)
↑ abcdTIKHONENKOV, Denis V.; MIKHAILOV, Kirill V.; GAWRYLUK, Ryan M. R.; BELYAEV, Artem O.; MATHUR, Varsha; KARPOV, Sergey A.; ZAGUMYONNYI, Dmitry G. Microbial predators form a new supergroup of eukaryotes. Nature [online]. Springer Nature Limited, 2022-12-07 [cit. 2022-12-09]. Online před tiskem. ISSN1476-4687. DOI10.1038/s41586-022-05511-5. PMID36477531. (anglicky)
↑ abcdefgYAZAKI, Euki; YABUKI, Akinori; IMAIZUMI, Ayaka; KUME, Keitaro; HASHIMOTO, Tetsuo; INAGAKI, Yuji. The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris. Open Biology [online]. The Royal Society, 13. duben 2022 [cit. 2022-07-18]. Svazek 12, čís. 4: 210376. Dostupné online. Dostupné také na: [41]. ISSN2046-2441. DOI0.1098/rsob.210376. PMID35414259. (anglicky)
↑ abEGLIT, Yana; SHIRATORI, Takashi; JERLSTRÖM-HULTQVIST, Jon; WILLIAMSON, Kelsey; ROGER, Andrew J.; ISHIDA, Ken-Ichiro; SIMPSON, Alastair G.B. Meteora sporadica, a protist with incredible cell architecture, is related to Hemimastigophora. S. 451–459.e6. Current Biology [online]. Cell Press, 2024-01 [cit. 2024-02-05]. Roč. 34, čís. 2, s. 451–459.e6. Dostupné online. ISSN1879-0445. DOI10.1016/j.cub.2023.12.032. PMID38262350. (anglicky)
↑GALINDO, Luis Javier; LÓPEZ-GARCÍA, Purificación; MOREIRA, David. First Molecular Characterization of the Elusive Marine Protist Meteora sporadica. Protist [online]. Elsevier GmbH, 2022-08 [cit. 2022-09-06]. Roč. 173, čís. 4: 125896. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2022.125896. PMID35841658. (anglicky)
↑SEENIVASAN, Ramkumar; SAUSEN, Nicole; MEDLIN, Linda K., MELKONIAN, Michael. Picomonas judraskeda Gen. Et Sp. Nov.: The First Identified Member of the Picozoa Phylum Nov., a Widespread Group of Picoeukaryotes, Formerly Known as ‘Picobiliphytes’. S. 1–18. PLoS ONE [online]. 26. březen 2013. Svazek 8, čís. 3: e59565, s. 1–18. Dostupné online. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0059565. (anglicky)
↑NOT, Fabrice; VALENTIN, Klaus; ROMARI, Khadidja, Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin. Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes. Science. 12. leden 2007, svazek 315, čís. 5809, s. 253 – 255. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN1095-9203. DOI10.1126/science.1136264. (anglicky)
↑ abcdeGAWRYLUK, Ryan M. R.; TIKHONENKOV, Denis V.; HEHENBERGER, Elisabeth; HUSNIK, Filip; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Non-photosynthetic predators are sister to red algae. Nature [online]. Springer Nature Publishing AG, 17. červenec 2019. Online před tiskem. Dostupné online. Dostupné také na: [42]. ISSN1476-4687. DOI10.1038/s41586-019-1398-6. PMID31316212. (anglicky)
↑SCHÖN, Max Emil, et al. Picozoa are archaeplastids without plastid. ResearchGate [online]. 2021-04-14 [cit. 2022-01-04]. Preprint. Dostupné online. DOI10.1101/2021.04.14.439778. (anglicky)
↑SCHÖN, Max Emil; ZLATOGURSKY, Vasily; SINGH, Roha P.; POIRIER, Camille; WILKEN, Susanne; MATHUR, Varsha; STRASSERT, Jürgen F. H. Single cell genomics reveals plastid-lacking Picozoa are close relatives of red algae. Nature Communications [online]. Springer Nature Limited, 2021-11-17 [cit. 2022-01-04]. Svazek 12: 6651. Dostupné online. Dostupné také na: [43]. ISSN2041-1723. DOI10.1038/s41467-021-26918-0. PMID34789758. (anglicky)
↑ abJANOUŠKOVEC, Jan; TIKHONENKOV, Denis V.; BURKI, Fabien; HOWE, Alexis T.; ROHWER, Forest L.; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. A New Lineage of Eukaryotes Illuminates Early Mitochondrial Genome Reduction. S. 3717–3724.e5. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 22. listopad 2017. Svazek 27, čís. 23, s. 3717–3724.e5. Dostupné online. Dostupné také na: [44]. ISSN0960-9822. DOI10.1016/j.cub.2017.10.051. PMID29174886. (anglicky)
↑ abcdBROWN, Matthew W.; HEISS, Aaron A.; KAMIKAWA, Ryoma; INAGAKI, Yuji; YABUKI, Akinori; TICE, Alexander K.; SHIRATORI, Takashi, ISHIDA, Ken-Ichiro; HASHIMOTO, Tetsuo; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super-Group. S. 427–433. Genome Biology and Evolution [online]. Oxford University Press, 19. leden 2018. Svazek 10, čís. 2, s. 427–433. Dostupné online. Dostupné také na: [45]. Dále dostupné na: [46]. ISSN1759-6653. DOI10.1093/gbe/evy014. PMID29360967. (anglicky)
↑YABUKI, Akinori; INAGAKI, Yuji; ISHIDA, Ken-ichiro. Palpitomonas bilix gen. et sp. nov.: A Novel Deep-branching Heterotroph Possibly Related to Archaeplastida or Hacrobia. Protist. 24. duben 2010, svazek 161, čís. 4, s. 523–538. Dostupné online [cit. 2011-01-04]. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2010.03.001. PMID20418156. (anglicky)
↑RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara, Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang. Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes. S. 1325–1330. Current Biology [online]. 26. červenec 2005 [cit. 2009-10-08]. Svazek 15, čís. 14, s. 1325–1330. Dostupné online. DOI10.1016/j.cub.2005.06.040. (anglicky)
↑NOZAKI, Hisayoshi; MARUYAMA, Shinichiro; MATSUZAKI, Motomichi, Takashi Nakada, Syou Kato, Kazuharu Misawa. Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes. Molecular Phylogenetics and Evolution. 19. srpen 2009, svazek 53, čís. 3, s. 872–880. DOI10.1016/j.ympev.2009.08.015. (anglicky)
↑KIM, Eunsoo; HARRISON, James W.; SUDEK, Sebastian, Meredith D. M. Jones, Heather M. Wilcox,
Thomas A. Richards, Alexandra Z. Worden, John M. Archibald. Newly identified and diverse plastid-bearing branch on the eukaryotic tree of life. S. 1496–1500. PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America) [online]. 4. leden 2011 [cit. 2011-01-26]. Svazek 108, čís. 4, s. 1496–1500. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2015-09-24. PDF [47]. ISSN0027-8424. DOI10.1073/pnas.1013337108. (anglicky)
↑KAWACHI, Masanobu; NAKAYAMA, Takuro; KAMIKAWA, Ryoma, et al. Rappemonads are haptophyte phytoplankton. S. P2395-2403.E4. Current Biology [online]. 2021-03-26 [cit. 2021-08-17]. Svazek 31, čís. 11, s. P2395-2403.E4. Dostupné online. Dostupné také na: [48]. ISSN0960-9822. DOI10.1016/j.cub.2021.03.012. PMID33773100. (anglicky)
↑YABUKI, Akinori; CHAO, Ema E.; ISHIDA, Ken-Ichiro, CAVALIER-SMITH Thomas. Microheliella maris (Microhelida ord. n.), an Ultrastructurally Highly Distinctive New Axopodial Protist Species and Genus, and the Unity of Phylum Heliozoa. S. 356–388. Protist [online]. 7. prosinec 2011. Svazek 163, čís. 3, s. 356–388. Abstrakt. Dostupné online. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2011.10.001. (anglicky)
↑TIKHONENKOV, Denis V.; JAMY, Mahwash; BORODINA, Anastasia S.; BELYAEV, Artem O.; ZAGUMYONNYI, Dmitry G.; PROKINA, Kristina I.; MYLNIKOV, Alexander P. On the origin of TSAR: morphology, diversity and phylogeny of Telonemia. S. 210325. Open Biology [online]. The Royal Society Publishing, 2022-03 [cit. 2023-02-02]. Roč. 12, čís. 3, s. 210325. Dostupné online. Dostupné také na: [49]. ISSN2046-2441. DOI10.1098/rsob.210325. PMID35291881. (anglicky)
↑GAJADHAR, Alvin A.; MARQUARDT, William C.; HALL, Roger, John Gunderson, Edgardo V. Ariztia-Carmona, Mitchell L. Sogin. Ribosomal RNA sequences of Sarcocystis muris, Theileria annulata and Crypthecodinium cohnii reveal evolutionary relationships among apicomplexans, dinoflagellates, and ciliates. Molecular and Biochemical Parasitology. Březen 1991, svazek 45, čís. 1, s. 147–154. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN0166-6851. DOI10.1016/0166-6851(91)90036-6. (anglicky)
↑BURKI, Fabien; PAWLOWSKI, Jan. Monophyly of Rhizaria and Multigene Phylogeny of Unicellular Bikonts. Molecular Biology and Evolution. 7. červenec 2006, roč. 23, čís. 10, s. 1922–1930. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msl055. (anglicky)
↑PAWLOWSKI, Jan; BURKI, Fabien. Untangling the Phylogeny of Amoeboid Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 11. listopad 2008, svazek 56, čís. 1, s. 16–25. Dostupné online [cit. 2009-10-29]. DOI10.1111/j.1550-7408.2008.00379.x. (anglicky)
↑SIERRA, Roberto; PAWLOWSKI, Jan, et al. Deep relationships of Rhizaria revealed by phylogenomics: a farewell to Haeckel’s Radiolaria. S. 53–59. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 29. prosinec 2012. Svazek 67, čís. 1, s. 53–59. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2012.12.011. (anglicky)
↑YABUKI, Akinori; NAKAYAMA, Takeshi; YUBUKI, Naoji, HASHIMOTO Tetsuo, ISHIDA Ken-Ichiro, INAGAKI Yuji. Tsukubamonas globosa n. gen., n. sp., A Novel Excavate Flagellate Possibly Holding a Key for the Early Evolution in “Discoba”. S. 319–331. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 13. květen 2011. Svazek 58, čís. 4, s. 319–331. Abstrakt. Dostupné online. ISSN1550-7408. DOI10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x. (anglicky)
↑KAMIKAWA, Ryoma; KOLISKO, Martin; NISHIMURA, Yuki, YABUKI, Akinori; BROWN, Matthew W.; ISHIKAWA, Sohta A.; ISHIDA, Ken-ichiro; ROGER, Andrew J.; HASHIMOTO, Tetsuo; INAGAKI, Yuji. Gene-content evolution in discobid mitochondria deduced from the phylogenetic
position and complete mitochondrial genome of Tsukubamonas globosa. S. 306–315. Genome Biology and Evolution [online]. 21. leden 2014. Svazek 6, čís. 2, s. 306–315. Dostupné online. PDF [50]. ISSN1759-6653. DOI10.1093/gbe/evu015. PMID24448982. (anglicky)
↑LARA, Enrique; CHATZINOTAS, Antonis; SIMPSON, Alastair G. B. Andalucia (n. gen.) — the Deepest Branch Within Jakobids (Jakobida; Excavata),
Based on Morphological and Molecular Study of a New Flagellate from Soil. S. 112–120. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 25. leden 2006 [cit. 2011-01-04]. Svazek 53, čís. 2, s. 112–120. Dostupné online. PDF [51]. ISSN1550-7408. DOI10.1111/j.1550-7408.2005.00081.x. (anglicky)
↑STAIRS, Courtney W.; ČEPIČKA, Ivan; TÁBORSKÝ, Petr; SALOMAKI, Eric D.; KOLISKO, Martin; PÁNEK, Tomáš; EME, Laura. Anaeramoebae are a divergent lineage of eukaryotes that shed light on the transition from anaerobic mitochondria to hydrogenosomes. S. 5605–5612. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 2021-10-27 [cit. 2022-02-24]. Svazek 31, čís. 24, s. 5605–5612. Dostupné online. Dostupné také na: [52]. ISSN0960-9822. DOI10.1016/j.cub.2021.10.010. (anglicky)
↑CAVALIER-SMITH, Thomas. The excavate protozoan phyla Metamonada Grassé emend. (Anaeromonadea, Parabasalia, Carpediemonas, Eopharyngia) and Loukozoa emend. (Jakobea, Malawimonas): their evolutionary affinities and new higher taxa. S. 1741–1758. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Microbiology Society, 1. listopad 2003. Svazek 53, čís. 6, s. 1741–1758. Dostupné online. ISSN1466-5034. DOI10.1099/ijs.0.02548-0. PMID14657102. (anglicky)
↑CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; STECHMANN, Alexandra, Brian Oates, Sergei Nikolaev. Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastructural Affinity with Micronuclearia podoventralis and Deep Divergences within Planomonas gen. nov.. Protist. 21. říjen 2008, svazek 159, čís. 4, s. 535–562. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2008.06.002. (anglicky)
↑GLÜCKSMAN, Edvard; CAVALIER-SMITH, Thomas, Elizabeth A. Snell, Cédric Berney, Ema E. Chao, David Bass. The Novel Marine Gliding Zooflagellate Genus Mantamonas (Mantamonadida ord. n.: Apusozoa). Protist. Duben 2011, svazek 162, čís. 2, s. 207–221. Dostupné online [abstrakt]. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2010.06.004. (anglicky)
↑ZHAO, Sen; BURKI, Fabien; BRÅTE, Jon, KEELING Patrick J., KLAVENESS Dag, SHALCHIAN-TABRIZI Kamran. Collodictyon — An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes. Molecular Biology and Evolution. 6. leden 2012, svazek 29, čís. 6, s. 1557–1568. Dostupné online [cit. 2012-05-17]. PDF [53]. ISSN0737-4038. DOI10.1093/molbev/mss001. (anglicky)
↑ abcZHAO, Sen; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; KLAVENESS, Dag. Sulcozoa revealed as a paraphyletic group in mitochondrial phylogenomics. S. 462–468. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 23. srpen 2013. Svazek 69, čís. 3, s. 462–468. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2013.08.005. PMID23973893. (anglicky)
↑KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica; WEGENER PARFREY, Laura, Anastasia Gant,
Charles J. O’Kelly, O. Roger Anderson, Robert E. Molestina, Thomas Nerad. Subulatomonas tetraspora nov. gen. nov. sp. is a Member of a Previously Unrecognized Major Clade of Eukaryotes. Protist. 1. červenec 2011, svazek 162, čís. 5, s. 762–773. Dostupné online. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2011.05.002. (anglicky)
↑HEISS, Aaron A.; WALKER, Giselle; SIMPSON, Alastair G.B. The flagellar apparatus of Breviata anathema, a eukaryote without a clear supergroup affinity. S. 354–372. European Journal of Protistology [online]. Srpen 2013. Svazek 49, čís. 3, s. 354–372. Dostupné online. ISSN0932-4739. DOI10.1016/j.ejop.2013.01.001. (anglicky)
↑BROWN, Matthew W.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D. Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, Fonticula alba, Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta. S. 2699–2709. Molecular Biology and Evolution [online]. 19. srpen 2009. Svazek 26, čís. 12, s. 2699–2709. Dostupné online. PDF [54]. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msp185. (anglicky)
↑ abARROYO, Alicia S.; LÓPEZ-ESCARDÓ, David; KIM, Eunsoo; RUIZ-TRILLO, Iñaki; NAJLE, Sebastián R. Novel Diversity of Deeply Branching Holomycota and Unicellular Holozoans Revealed by Metabarcoding in Middle Paraná River, Argentina. S. 1–17. Frontiers in Ecology and Evolution [online]. Frontiers Media S.A., 12. červenec 2018. Svazek 6, čís. 99, s. 1–17. Dostupné online. Dostupné také na: [55]. ISSN2296-701X. DOI10.3389/fevo.2018.00099. (anglicky)
↑GABALDÓN, Toni; VÖLCKER, Eckhard; TORRUELLA, Guifré. On the Biology, Diversity and Evolution of Nucleariid Amoebae (Amorphea, Obazoa, Opisthokonta1. Protist [online]. Elsevier GmbH, 2022-08 [cit. 2022-10-19]. Svazek 173, čís. 4: 125895. Dostupné online. Dostupné také na: [57]. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2022.125895. PMID35841659. (anglicky)
↑ abURRUTIA, Ander; MITSI, Konstantina; FOSTER, Rachel; ROSS, Stuart; CARR, Martin; WARD, Georgia M.; AERLE, Ronny van. Txikispora philomaios n. sp., n. g., a micro-eukaryotic pathogen of amphipods, reveals parasitism and hidden diversity in Class Filasterea. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 2021-11-02 [cit. 2022-02-02]. Roč. 2021: e12875. Online před tiskem. Dostupné online. preprint [58]. preprint [59]. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.12875. PMID34726818. (anglicky)
↑REYNOLDS, Nicole K.; SMITH, Matthew E.; TRETTER, Eric D.; GAUSE, Justin; HEENEY, Dustin; CAFARO, Matías J.; SMITH, James F., NOVAK, Stephen J.; BOURLAND, William A.; WHITE, Merlin M. Resolving relationships at the animal-fungal divergence: A molecular phylogenetic study of the protist trichomycetes (Ichthyosporea, Eccrinida). S. 447–464. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 20. únor 2017. Svazek 109, s. 447–464. Dostupné online. Dostupné také na: [60]. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2017.02.007. PMID28219758. (anglicky)
↑ abcTORRUELLA, Guifré; MENDOZA, Alex de, et al. Phylogenomics Reveals Convergent Evolution of Lifestyles in Close Relatives of Animals and Fungi. S. 2404–2410. Current Biology [online]. 10. září 2015. Svazek 25, čís. 18, s. 2404–2410. Dostupné online. Dostupné také na: [61]. ISSN0960-9822. DOI10.1016/j.cub.2015.07.053. PMID26365255. (anglicky)
↑ abcLIU, Hongyue; STEENWYK, Jacob L.; ZHOU, Xiaofan; SCHULTZ, Darrin T.; KOCOT, Kevin M.; SHEN, Xing-Xing; ROKAS, Antonis. A genome-scale Opisthokonta tree of life: toward phylogenomic resolution of ancient divergences. bioRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 2023-09-21 [cit. 2024-06-17]. Preprint. Dostupné online. DOI10.1101/2023.09.20.556338. (anglicky)
↑ abTIKHONENKOV, Denis V.; MIKHAILOV, Kirill V.; HEHENBERGER, Elisabeth; KARPOV, Sergei A.; PROKINA, Kristina I.; ESAULOV, Anton S.; BELYAKOVA, Olga I. New Lineage of Microbial Predators Adds Complexity to Reconstructing the Evolutionary Origin of Animals. S. 4500–4509.e5. Current Biology [online]. Cell Press, 2020-11 [cit. 2023-09-04]. Roč. 30, čís. 22, s. 4500–4509.e5. ISSN1879-0445. DOI10.1016/j.cub.2020.08.061. PMID32976804. (anglicky)
↑ abROS-ROCHER, Núria; PÉREZ-POSADA, Alberto; LEGER, Michelle M.; RUIZ-TRILLO, Iñaki. The origin of animals: an ancestral reconstruction of the unicellular-to-multicellular transition. Open Biology [online]. Royal Society Pub., 2021-02 [cit. 2023-09-04]. Roč. 11, čís. 2. Dostupné online. ISSN2046-2441. DOI10.1098/rsob.200359. PMID33622103. (anglicky)
↑Yu Liu; STEENKAMP, Emma T.; BRINKMANN, Henner, Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang. Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and
Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. S. 1–31. BMC Evolutionary Biology [online]. 25. listopad 2009 [cit. 2009-12-02]. 9 svazek, čís. 272, s. 1–31. Dostupné online. ISSN1471-2148. DOI10.1186/1471-2148-9-272. (anglicky)
↑ARROYO, Alicia S.; LANNES, Romain; BAPTESTE, Eric; RUIZ-TRILLO, Iñaki. Gene Similarity Networks Unveil a Potential Novel Unicellular Group Closely Related to Animals from the Tara Oceans Expedition. S. 1664–1678. Genome Biology and Evolution [online]. Oxford University Press, 2020-09-01 [cit. 2024-06-17]. Roč. 12, čís. 9, s. 1664–1678. Dostupné online. ISSN1759-6653. DOI10.1093/gbe/evaa117. PMID32533833. (anglicky)
↑BALDAUF, Sandra L.; PALMER, Jeffrey D. Animals and fungi are each other's closest relatives: congruent evidence from multiple proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 15. prosinec 1993, svazek 90, čís. 24, s. 11 558 – 11 562. Dostupné online [PDF, cit. 2009-10-08]. (anglicky)
↑RUIZ-TRILLO, Iñaki; ROGER, Andrew J., Gertraud Burger, Michael W. Gray, B. Franz Lang. A Phylogenomic Investigation into the Origin of Metazoa. Molecular Biology and Evolution. 9. leden 2008, roč. 25, čís. 4, s. 664–672. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msn006. (anglicky)
↑SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; MINGE, Marianne A.; ESPELUND, Mari, Russell Orr, Torgeir Ruden, Kjetill S. Jakobsen, Thomas Cavalier-Smith. Multigene Phylogeny of Choanozoa and the Origin of Animals. S. 1–7, e2098. PLoS ONE [online]. 7. květen 2008 [cit. 2009-10-08]. Svazek 3, čís. 5, s. 1–7. Dostupné online. PDF [62]. (anglicky)
↑SHADWICK, Lora L.; SPIEGEL, Frederick W.; SHADWICK, John D. L., Matthew W. Brown, Jeffrey D. Silberman. Eumycetozoa = Amoebozoa?: SSUrDNA Phylogeny of Protosteloid Slime Molds and Its Significance for the Amoebozoan Supergroup. S. 1–13, e6754. PLoS ONE [online]. 25. srpen 2009 [cit. 2009-10-08]. Svazek 4, čís. 8, s. 1–13. Dostupné online. PDF [63]. (anglicky)
↑FIORE-DONNO, Anna Maria; NIKOLAEV, Sergey I.; NELSON, Michaela, Jan Pawlowski, Thomas Cavalier-Smith, Sandra L. Baldauf. Deep Phylogeny and Evolution of Slime Moulds (Mycetozoa). S. 55–70. Protist [abstrakt]. 5. srpen 2009 [cit. 2010-01-05]. Svazek 161, čís. 1, s. 55–70. Dostupné online. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2009.05.002. (anglicky)
↑LAHR, Daniel J. G.; GRANT, Jessica, NGUYEN Truc, Jian Hua Lin, KATZ Laura A. Comprehensive Phylogenetic Reconstruction of Amoebozoa Based on Concatenated Analyses of SSUrDNA and Actin Genes. S. 1–17, e22780. PLoS ONE [online]. 28. červenec 2011. Svazek 6, čís. 7, s. 1–17. Dostupné online. PDF [64]. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0022780. (anglicky)
↑ abcBROWN, Matthew W.; SHARPE, Susan C.; SILBERMAN, Jeffrey D., HEISS, Aaron A.; LANG, B. Franz; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Phylogenomics demonstrates that breviate flagellates are related to opisthokonts and apusomonads. S. 1–9. Proceedings of the Royal Society B [online]. 28. srpen 2013. Svazek 280, čís. 1769:20131755, s. 1–9. Dostupné online. PDF [65]. ISSN1471-2954. DOI10.1098/rspb.2013.1755. PMID23986111. (anglicky)
↑CAVALIER-SMITH, Thomas; LEWIS, Rhodri; CHAO, Ema E., OATES Brian, BASS David. Morphology and Phylogeny of Sainouron acronematica sp. n. and the Ultrastructural Unity of Cercozoa. S. 591–620. Protist [abstrakt]. 21. říjen 2008 [cit. 2010-01-07]. Svazek 159, čís. 4, s. 591–620. Dostupné online. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2008.04.002. (anglicky)
↑ abDERELLE, Romain; LANG, B. Franz. Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins. Molecular Biology and Evolution. 1. prosinec 2011, svazek 29, čís. 4, s. 1277–1289. Dostupné online [abstrakt, cit. 2012-03-21]. ISSN0737-4038. DOI10.1093/molbev/msr295. (anglicky)
↑FRITZ-LAYLIN, Lillian K.; PROCHNIK, Simon E., Michael L. Ginger, Joel B. Dacks, Meredith L. Carpenter, Mark C. Field, Alan Kuo, Alex Paredez, Jarrod Chapman, Jonathan Pham, Shengqiang Shu, Rochak Neupane, Michael Cipriano, Joel Mancuso, Hank Tu, Asaf Salamov, Erika Lindquist, Harris Shapiro, Susan Lucas, Igor V. Grigoriev, W. Zacheus Cande, Chandler Fulton, Daniel S. Rokhsar, Scott C. Dawson. The Genome of Naegleria gruberi Illuminates Early Eukaryotic Versatility. S. 631–642. Cell [online]. 4. březen 2010 [cit. 2010-03-08]. Svazek 140, čís. 5, s. 631–642. Dostupné online. PDF [66]. DOI10.1016/j.cell.2010.01.032. (anglicky)
↑PITTIS, Alexandros A.; GABALDÓN, Toni. Late acquisition of mitochondria by a host with chimaeric prokaryotic ancestry. S. 101–104. Nature [online]. 3. únor 2016. Svazek 531, čís. 7592, s. 101–104. Dostupné online. ISSN1476-4687. DOI10.1038/nature16941. (anglicky)
↑ abDERELLE, Romain; TORRUELLA, Guifré; KLIMEŠ, Vladimír; BRINKMANN, Henner; KIM, Eunsoo; VLČEK, Čestmír; LANG,, B. Franz, ELIÁŠ, Marek. Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root. S. E693–E699. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 17. únor 2015. Svazek 112, čís. 7, s. E693–E699. Dostupné online. ISSN1091-6490. DOI10.1073/pnas.1420657112. (anglicky)
↑HE, Ding; FIZ-PALACIOS, Omar; FU, Cheng-Jie; FEHLING, Johanna; TSAI, Chun-Chieh; BALDAUF, Sandra L. An Alternative Root for the Eukaryote Tree of Life. S. 465–470. Current Biology [online]. 17. únor 2014. Svazek 24, čís. 4, s. 465–470. Dostupné online. ISSN0960-9822. DOI10.1016/j.cub.2014.01.036. (anglicky)
↑KARNKOWSKA, Anna; VACEK, Vojtěch; ZUBÁČOVÁ, Zuzana; TREITLI, Sebastian C.; PETRŽELKOVÁ, Romana; EME, Laura; NOVÁK, Lukáš, ŽÁRSKÝ, Vojtěch; BARLOW, Lael D.; HERMAN, Emily K.; SOUKAL, Petr; HROUDOVÁ, Miluše; DOLEŽAL, Pavel; STAIRS, Courtney W.; ROGER, Andrew J.; ELIÁŠ, Marek; DACKS, Joel B.; VLČEK, Čestmír; HAMPL, Vladimír. A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle. S. 1274–1284. Current Biology [online]. 12. květen 2016. Svazek 26, čís. 10, s. 1274–1284. Dostupné online. ISSN0960-9822. DOI10.1016/j.cub.2016.03.053. (anglicky)
↑ŽÁRSKÝ, Vojtěch; TACHEZY, Jan; DOLEŽAL, Pavel. Tom40 is likely common to all mitochondria. S. R479–R481. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 19. červen 2012. Svazek 22, čís. 12, s. R479–R481. Dostupné online. ISSN0960-9822. DOI10.1016/j.cub.2012.03.057. (anglicky)
↑ARISUE, Nobuko0; HASHIMOTO, Tetsuo. Root of the Eukaryota Tree as Inferred from Combined Maximum Likelihood Analyses of Multiple Molecular Sequence Data. Molecular Biology and Evolution. 20. říjen 2004, roč. 22, čís. 3, s. 409–420. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msi023. (anglicky)
↑AL JEWARI, Caesar; BALDAUF, Sandra L. An excavate root for the eukaryote tree of life. Science Advances [online]. American Association for the Advancement of Science, 2023-04-26 [cit. 2023-05-18]. Roč. 9, čís. 17. Dostupné online. ISSN2375-2548. DOI10.1126/sciadv.ade4973. PMID37115919. (anglicky)
↑CAVALIER-SMITH, Thomas. Flagellate megaevolution: the basis for eukaryote diversification. In: Green JC, Leadbeater BSC. The Flagellates. London: Taylor and Francis, 2000. S. 361–390. (anglicky)
↑ROGOZIN, Igor B.; BASU, Malay Kumar; CSÜRÖS, Miklós, KOONIN, Eugene V. Analysis of Rare Genomic Changes Does Not Support the Unikont–Bikont Phylogeny and Suggests Cyanobacterial Symbiosis as the Point of Primary Radiation of Eukaryotes. S. 99–113. Genome Biology and Evolution [online]. 25. květen 2009 [cit. 2010-07-21]. Svazek 1, s. 99–113. Dostupné v archivu pořízeném dne 2010-08-20. pdf [67]. ISSN1759-6653. DOI10.1093/gbe/evp011. (anglicky)
↑KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica R.; WEGENER PARFREY, Laura, GORDON BURLEIGH J. Turning the Crown Upside Down: Gene Tree Parsimony Roots the Eukaryotic Tree of Life. S. 653–660. Systematic Biology [online]. 14. únor 2012. Svazek 61, čís. 4, s. 653–660. Dostupné online. ISSN1076-836X. DOI10.1093/sysbio/sys026. (anglicky)
↑CERÓN-ROMERO, Mario A; FONSECA, Miguel M; DE OLIVEIRA MARTINS, Leonardo; POSADA, David; KATZ, Laura A. Phylogenomic Analyses of 2,786 Genes in 158 Lineages Support a Root of the Eukaryotic Tree of Life between Opisthokonts and All Other Lineages. Genome Biology and Evolution [online]. Oxford University Press, 2022-08-03 [cit. 2022-09-22]. Svazek 14, čís. 8: evac119. Dostupné online. Dostupné také na: [68]. ISSN1759-6653. DOI10.1093/gbe/evac119. PMID35880421. (anglicky)
.jpg)
_d1_1.jpg)
.JPG)
.JPG)
_Qu%C3%A9l_95684.jpg)
.jpg)
