Eşey kromozomları insanlarda bulunan 23 homolog çiftin biridir. Y kromozomu, 58 milyon baz çifti ve erkek hücrelerindeki toplam DNA'nın %2,5'ini içerir.
Her insan normalde eşey kromozomlarından ikisini bulundurur. Kadınlar X kromozomuyla birlikte X'ten bir tane daha taşırlarken (46, XX), erkekler, X'in yanında Y kromozomunu (46, XY) bulundururlar. Y kromozomu daha kısa olduğundan X kromozomuyla karışmaz.
Y-DNA haplogrubu, Y kromozomundaki DNA'nın (Y-DNA denir) rekombinan olmayan kısımlarında meydana gelen mutasyonlarla tanımlanan bir insan genetiği haplogrup sınıflandırması terimidir. İnsanlarda Y kromozomu, nesil başına yaklaşık iki mutasyon geçirir. Y-DNA haplogrupları, her bir haplogrup için benzersiz olan yüzlerce hatta binlerce mutasyonu paylaşan Y-kromozomu filogenetik ağacının ana dallarını temsil eder.
