Muzaffer Baki Aksoy (d. 18 Mart 1915, İbradı, Antalya - ö. 19 Aralık 2001, İstanbul), Türk hekim.
1915'te doğdu. Eski milletvekillerinden Numan Aksoy'un oğlu Muammer Aksoy'un abisidir. 1934 yılında İstanbul Erkek Lisesi'ni, 1940 yılında İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi'ni bitirdi. Şişli Çocuk ve Vakıf Gureba hastanelerinde iç hastalıkları uzmanlığı yaptı. Uzman statüsü kazandığı 1947 yılından 1957'ye kadar Mersin Devlet Hastanesi'nde çalıştı. 1952'de hematolojide uzmanlık için ABD'ye giderek Boston'da 'Blood' dergisinin kurucusu ve başyazarı William Dameshek'in klinik ve laboratuvarında kan alanında çalışmalar yaptı. 'Anti-fetal serum üretimi' üzerine yaptığı çalışmalar sonucunda yazdığı makalesi, 1955'te İsviçre'de bir bilim dergisinde yayımlandığında uluslararası tıp topluluğunda büyük yankı yarattı. Aksoy'un ayakkabıcılar üzerindeki istatistiki çalışmaları sonucunda benzen'in lösemiye yol açtığı gerçeği ortaya çıktı.
1961'de doçent, 1966'da profesör oldu. 1985 yılında emekliye ayrıldı. Benzen kullanan kundura üreticilerinde kansere yakalanma sıklığı üzerine yazarak yayımladığı makale üzerine ABD hükûmetinin açtığı davaya birinci derece tanık olarak çağrıldı. Bu dava sonucunda ABD'de sekiz saatlik çalışma süresince maruz kalınacak benzen oranı 10'dan 1 ppm'e düşürüldü. Emekli olmasına karşın çalışmayı bırakmayan Muzaffer Aksoy, haftada birer gün Esnaf Hastanesi ve İstanbul Tıp Fakültesi hastanelerine giderek görev yaptı. Akdeniz anemisi üzerine araştırmalar yaparken yeni bir hemoglobin türü bularak buna Hemoglobin İstanbul adını verdi.
Uluslararası alanda 150'den fazla makalesi olan Aksoy adına İstanbul Tabip Odası tarafından "Meslek Hastalıkları ve İşçi Sağlığı Ödülü" adlı bir ödül oluşturulmuştur. Kendi adına yazılmış, "Bilime Adanmış Bir Ömür: Muzaffer Aksoy" adlı bir kitap bulunmaktadır. 2015 Nobel Kimya Ödülü'nü alan Aziz Sancar'ın Nobel konuşmasında teşekkür ettiği dört akıl hocasından biri olmuştur.[1]