Makassarsundet (indonesiska: Selat Makasar) är ett sund mellan öarna Borneo och Sulawesi i Indonesien. I norr gränsar sundet till Celebessjön och i söder till Javasjön. Floden Mahakam på Borneo mynnar ut i sundet. Sundet är en del av Wallacelinjen.
Sundet är 800 kilometer långt och mellan 130 och 370 kilometer brett.[1] Djupet är som mest närmare 3000 meter.[2]
Hamnar som ligger längs sundet är Balikpapan på Borneo, och Makassar och Palu i Sulawesi.
Makassarsundet är en vanlig rutt för oceangående fartyg som är för stora för att passera genom Malackasundet.