Z. Ilir Beqaj u lind në Tiranë, më 18 shkurt 1968. Në vitin akademik 1999 - 2000, ka kryer studimet pasuniversitare për Administrim Ndërmarrje, në Institutin Francez të Menaxhimit pranë Universitetit Politeknik Tiranë.
Ka kryer studimet e larta universitare në Universitetin e Tiranës, në periudhën 1985 - 1990, ku është diplomuar për informatikë.
Në vitet 1990 - 1993 ka punuar në Bankën e Shqipërisë në detyrën e Specialistit të Informatikës e gjithashtu gjatë viteve 1993 - 1994 ka punuar në Njësinë e Informacionit Fiskal po në këtë Bankë. Gjatë periudhës 1994 - 2006, z. Beqaj ka punuar në Institutin e Sigurimeve Shoqërore në detyra të ndryshme. Gjatë viteve 2003-2006, ka punuar në detyrën e Drejtorit të Përgjithshëm të Institutit.
Është zgjedhur Deputet i Kuvendit të Shqipërisë në Qarkun e Shkodrës në legjislaturën 2009 - 2013. Në zgjedhjet e fundit Parlamentare të 2013-s zgjidhet Deputet i Kuvendit të Shqipërisë i Qarkut Durrës.
Prej 2007-s është anëtar i Asamblesë Kombëtare të Partisë Socialiste.
Në periudhën 2007 - 2011 ka kryer detyrën e nënsekretarit për programin në Partinë Socialiste.
Nga viti 2011 është anëtar i Kryesisë së kësaj partie, si dhe Sekretar për programin në Partinë Socialiste.
Ilir Beqaj në vitin 2013 zgjidhet Ministër i Shëndetësisë i Shqipërisë.