Mesto Bratislava v roku 1996 ukončilo prenájom budovy odborom dopravného podniku a zadarmo ju prenajalo Stoke.
Zhruba od polovice deväťdesiatych rokov čelila Stoka problémom hlavne s nedostatkom peňazí a výraznejšej podpory od mesta a štátu.
V roku 1997 bola v priestoroch Stoky otvorená krčma, z ktorej sa financovala činnosť divadla.
V roku 2000 sa súbor rozpadol. Odišiel Jozef Chmel, Vlado Zboroň, Ľubo Burgr, Zuzana Piussi, Ingrid Hrubaničová a neskôr Laco Kerata. Z pôvodných členov ostal Blaho Uhlár, Erika Lásková a Lucia Piussi. Divadlo prijalo nových členov. V divadle začala pravidelne vystupovať hudobná skupina Živé kvety.
V roku 2006 divadlo Stoka prišlo o priestory na Pribinovej ulici.