Kidonija (latinski: Cydonia je bio važni grad-država u sjeverozapadnom dijelu grčkog otoka Krete. Njegovi ostaci su u blizini suvremenog grada Khania. Prema legendi ju je osnovao Kidon, sin Hermesa i Akalalide, kćeri kralja Minosa.
Kidonijci se spominju u XII knjizi Eneide, gdje ih Vergilije opisuje kao izvrsne strijelce.