Thermoproteota (anteriormente Crenarchaeota) — grupo mais conhecida de Archaea e o mais abundante nos ecossistemas marinhos. Foram anteriormente considerados de sulfobactérias por causa de sua dependência em relação ao enxofre e são importantes como fixadores de carbono. Existem espécies hipertermófilas em fontes hidrotermais, mas alguns grupos são os organismos mais abundantes em profundidades inferiores a 100 m.
"Aigarchaeota" — filo proposto a partir do genoma da espécie candidata Caldiaarchaeum, subterrânea, encontrada nas profundezas de uma mina de ouro no Japão. Sequências genómicas deste grupo também foram encontradas em ambientes geotérmicos, terrestres e marinhos.
"Geoarchaeota" — organismos termofílicos que vivem em ambientes ácidos reduzindo o ferro férrico. Alternativamente, foi proposto que este e o grupo anterior realmente pertencem ao filo Nitrososphaerota.
Nitrososphaerota (anteriormente Thaumarchaeota) — inclui organismos mesófilos ou psicrófilos (médias e baixas temperaturas), de metabolismo quimiolitoautotrófico oxidante de amónia (nitrificantes) que podem desempenhar um papel importante em ciclos bioquímicos, como os ciclos do azoto e do carbono.
"Bathyarchaeota" — abundante nos sedimentos do fundo do mar com escassez de nutrientes. Pelo menos algumas linhagens apresentam homoacetogénese, um tipo de metabolismo até então considerado exclusivo das bactérias.
"Korarchaeota" — encontrados em ambientes hidrotermais e em baixa abundância, parecem diversificados em diferentes níveis filogenéticos de acordo com a temperatura, salinidade (água doce ou marinha) e geografia.
A hipótese do eócito proposta na década de 1980 por James Lake sugere que os eucariotas emergiram dentro dos eócitos procarióticos.[12] Neste contexto, uma evidência que suporta uma estreita relação entre TACK e eucariotas é a presença de um homólogo da RNA polimerase subunidade Rbp-8 em Thermoproteota, mas não em Euryarchaea.[13]
↑Guy, Lionel; Ettema, Thijs J.G. (2011). «The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes». Trends in Microbiology. 19 (12): 580–587. doi:10.1016/j.tim.2011.09.002
. PMID 6587394. doi:10.1073/pnas.81.12.3786