Vilhelm Ludwig Peter Thomsen (25. januar 1842–12. mai 1927) var ein dansk språkforskar og epigraf. Thomsen er blant anna kjent for arbeidet sitt med å dechiffere dei tyrkiske Orkhon-inskripsjonane frå det 8. århundret i Orkhon-elvedalen i Mongolia. Dette arbeidet vart utført i konkurranse med den russiske språkforskaren Vasilij Radlov (Wilhelm Radloff), som var grunnleggjaren av turkologien. Thomsen vart òg kjent for sina studium av opphavet av dei russiske og dei finske språka.