Khomein (eller Khomeyn, persisk خمين) er ein by som ligg vest i Iran, i provinsen Markazi. Ved folketeljinga i 2006 hadde han 64 788 innbyggjarar.[1] Khomein ligg 160 km frå den større byen Qom og 350 km frå hovudstaden Teheran. Khomein er kjend for produksjon av honning.
Khomein er fødestaden til leiaren for Den iranske revolusjonen og første ayatollaen i Iran, Ruhollah Khomeini.