Estonian Air er det nasjonale flyselskapet i Estland. Selskapet har base i Tallinn. Flyselskapet driv rutetrafikk og chartertrafikk mellom Tallinn og mange byar i Europa.
Flyselskapet vart etablert av den estiske staten 1. desember 1991, kort tid etter at Estland vart sjølvstendig. Selskapet vart starta på restane av den estiske avdelinga av Aeroflot. I 1996 vart selskapet delvis privatisert. I dag er selskapet eigd av SAS (49 %), den estiske staten (34 %) og Cresco (17 %). I januar 2005 hadde selskapet 302 tilsette.
Estonian Air baserte seg i byrjinga på russiske fly som Aeroflot hadde brukt. I 1995 leigde selskapet inn to Boeing 737-fly, og i 1996 to Fokker 50-fly. Sidan då har selskapet berre brukt vestlegbygde fly. I mars 2006 hadde Estonian Air ein flåte på 5 Boeing 737-500-fly.