De Tempel van Amon besloeg een oppervlakte van 123 ha en bestaat uit talrijke bijkapellen, pylonen en hoven. De tempel heeft een oriëntatie naar het oosten en behoorde tot het complex van Karnak. Dit complex was opgericht voor de triade van Thebe waarvan Amon de belangrijkste god was. Deze tempel stond dan ook centraal in de site van Karnak.
De eerste constructies dateren van het Middenrijk, waar er sporen zijn teruggevonden van Amenemhat I en Senoeseret I. In de tempel is er bijna voortdurend bijgebouwd en bijna elke farao heeft zo wel zijn bijdrage tot het complex geleverd .
Amenhotep I herstelde de oude tempel en hij liet er talrijke kapellen en een toegangspoort bijbouwen. Thoetmosis I zorgde voor een uitbreiding van de tempel en liet verschillende obelisken plaatsen. Thoetmosis II bouwde daar nog een pyloon bij. Hatsjepsoet was erg actief in haar bouwprogramma, mede als legitimatie voor haar macht. Ze maakte talrijke bijkapellen en plaatste twee obelisken. Ze liet ook heel wat verbouwingen uitvoeren. Thoetmosis III bouwde de tempel verder uit: ook hij liet obelisken uitkappen en nieuwe pylonen bouwen, maar zijn belangrijkste bijdrage was de bouw van de Akhmenu (Oud Egyptisch voor Huis van het licht) met de zogenaamde 'Botanische tuin'. Amenhotep III liet talrijke beelden overkomen en begon met de bouw van de zuilenzaal. Onder Achnaton verloor de tempel veel invloed en zijn opvolger Toetanchamon bouwde ook niet veel bij. Onder Seti I en Ramses II werd de hypostyle zaal of grote zuilenzaal afgewerkt. In het voorhof werden onder andere nog een colonnade van Taharka en zijkapellen van Seti II en Ramses III gebouwd.
Het complex was aldus bijna volgebouwd, maar er bestond nog een zijingang die van noord naar zuid liep. Deze had vier pylonen. Deze waren gebouwd door Hatsjepsoet, Thoetmosis III, Amenhotep III en Horemheb. Onder de Ramessiden werd er vooral gerestaureerd en werden reliëfs geplaatst. De grote bouwwerken van de 18e dynastie waren afgelopen. Onder Sjosjenq I en Osorkon II werd er ook nog bijgebouwd en de vermelde zuil van Taharka werd opgericht. Het belang van Thebe en Karnak was echter sterk achteruitgegaan. De verschrikkelijke aardbeving van 27 v.Chr. en het gebrek aan interesse van de Romeinen zorgden ervoor dat Karnak al snel een puinhoop werd.
In het tempelcomplex is veel gebouwd in de loop der tijden. De stijl die overheerst is die van het vroege Nieuwe Rijk. Er staat een hele scala aan bouwwerken en onderdelen in het tempelcomplex, globaal gezien kan men onderscheid maken tussen de west-oost as en de zuid-noord as. De west-oost as is de oudste route waar aan het einde de Achmenoe bevindt. De zuid-noord as is de route die naar de Moet-tempel toe gaat.
De west-oost as loopt vanaf de ingang naar de Achmenoe van Thoetmosis III. Onderweg zijn er een aantal bouwwerken te zien, waaronder pylonen en open plekken.
De grote zuilenzaal of hypostyle zaal is een van de indrukwekkendste delen van het tempelcomplex en had een grootte van 53 × 103 m. De zaal telde 134 zuilen die ongeveer 15 meter hoog zijn. De aanleg is begonnen onder Amenhotep III die er 14 zuilen plaatste. De grote werken vangen echter aan onder Seti I en Ramses II. De zaal diende voor grote feesten, maar ze was ook één grote propagandamachine. Er zijn talrijke bas- en hoogreliëfs die de veldslagen van deze farao's uitbeelden. Van historisch belang is de uitbeelding van de Slag bij Kadesh waarbij Ramses II de overwinning claimde en ons zo 3000 jaar bedroog. Deze reliëfs zijn onder de latere Ramessiden gerestaureerd.
Achmenoe (Oud-Egypt.:Huis van het licht) was de zuilenzaal die Thoetmosis III liet bouwen in het 23e en 24e jaar van zijn regering. De zuilenzaal wordt ook wel de feestzaal genoemd omdat ze waarschijnlijk gebouwd was bij het Sed-festival van Thoetmosis. De Achmenoe bestond uit 5 delen
De zuid-noord as loopt vanaf de 3e tot 4e pyloon naar de tempel van Moet. Ook hier zijn weer verschillende bouwwerken te bewonderen. De meeste van die bouwwerken zijn helaas teloor gegaan waardoor dit niet meer voor het publiek open is.
Men deed in de 19e eeuw een grote vondst in Karnak: in de grond werden 750 beelden en 17.000 andere artefacten ontdekt. De reden dat deze hier waren begraven was waarschijnlijk vanwege opruimingen in de tempelburcht bij restauraties en verbouwingen. Mogelijk was er een teveel aan beelden gekomen en moesten er worden opgeborgen. Een andere reden kan ook zijn geweest dat men bepaalde kostbaarheden voor vijandige invallen wou behoeden. De ondergrondse opberging vond plaats in de Ptolemaeïsche periode. De opgraving was tijdens een periode van hoog water en zo werd de cachette vergeten.
Binnen de muren van het tempelcomplex zijn er ook andere gebouwen naast de Amon-tempel. Dit zijn allen religieuze gebouwen ter ere van een god. Er zijn ook kleinere tempeltjes zie hiervoor: tempel van Chonsoe, Opet en Ptah
Ten noorden van het hof van het middenrijk bestaat het heilig meer. Dit meer symboliseerde het oerwater of Noen; daaruit werd volgens de mythen de wereld geschapen. Het water is afkomstig uit de Nijl en speelde een rol in de rituelen die de priesters uitvoerden. Naast het meer stond een gebouw, het magazijn waar de priesters van Amon zetelden en waar goederen opgeslagen waren.
Deze tempel staat ten oosten van de Karnak tempel. Het is gebouwd onder Ramses II en wordt ook wel genoemd De tempel van het horende oor.
In dit gedeelte staan allerlei oude gebouwen, barken en monumenten. Ze komen uit het middenrijk en begin Nieuwe Rijk.