Een kerkelijk hoogleraar was een hoogleraar aan een theologische faculteit die de dogmatische vakken namens een kerkgenootschap verzorgde.
De functie is ontstaan in 1876 en vastgelegd in de Wet op het Hoger Onderwijs na discussie over de positie van godsgeleerdheid binnen het hoger onderwijs. Op advies van van de commissie-Opzoomer/Hofstede de Groot werd het duplex ordo unius facultatis-model ('duplex ordo') ingevoerd.[1] Hierbij werden de sociaalwetenschappelijke vakken bij de faculteit Godgeleerdheid verzorgd vanuit staatshoogleraren van de universiteit zelf, en werden de systematische vakken dogmatiek, christelijke ethiek en praktische theologie onder de verantwoordelijkheid van de kerkelijk hoogleraren gedoceerd. Deze hoogleraren werden door de kerkgenootschappen aangesteld en betaald, gesubsidieerd vanuit de rijksoverheid. De bepaling uit de Wet op het hoger onderwijs rond kerkelijke hoogleraren is in 2010 vervallen.