Het Flagshipprogramma is het duurste van de NASA's drie onbemande exploratie programma's. Missies kosten meer dan een miljard dollar en zijn ingewikkelder, langduriger of uitgebreider dan de missies van het Discoveryprogramma en New Frontiers-programma. Een groot verschil met deze twee programma's is dat Flagshipmissies veel meer onder de directie regie en centrale planning NASA's bestuur vallen terwijl Discovery-en-New Frontiers-missies door zelfstandiger externe (Discovery) of interne (New Frontiers) teams de tegen elkaar concurreren voor selectie worden gecoördineerd.
Onder het Flagshipprogramma kwamen tot nog toe de volgende missies tot stand.