Perantara metabolisme ialah molekul yang menjadi bahan pelopor atau metabolit bagi molekul-molekul yang berkepentingan dalam biologi. Walaupun perantaraan ini mempunyai kepentingan langsung yang agak kecil kepada fungsi selular, ia boleh memainkan peranan penting dalam kawal atur alosterik enzim.
Sesetengah boleh berguna dalam mengukur kadar proses metabolik, seperti asid 3,4-dihidroksifenilasetik atau 3-aminoisobutirat. Oleh kerana mereka boleh mewakili titik masuk bukan semula jadi ke dalam laluan metabolik semula jadi, beberapa metabolit (seperti AICA ribonukleotida) menarik minat penyelidik dalam membangunkan terapi baharu.