Federacija buvo įkurta 1926 m. trijų pagrindinių šalies futbolo sąjungų (Atėnų, Pirėjo ir Salonikų). 1927 m. federacija tapo FIFA nare, 1954 m. federacija buvo viena iš UEFA įkūrėjų. 2004 m. Graikijos vyrų futbolo rinktinė laimėjo 2004 m. Europos futbolo čempionatą.