Judd Apatow nasce a Flushing, New York, da una famiglia ebrea, e cresce a Syosset, New York. Suo padre, Maury Apatow, è stato un operatore immobiliare, e la madre, Tami (Shad), ha lavorato in un comedy club a Southampton. Apatow ha un fratello maggiore, Robert, e una sorella minore, Mia; il suo nonno materno è il produttore discografico Bob Shad. Quando Apatow ha dodici anni, i suoi genitori divorziano. Robert va a vivere con i suoi nonni materni e Mia va a vivere con la madre. Da bambino Apatow vive soprattutto con suo padre e visita la madre nel fine settimana.
Il senso dell'umorismo di Apatow gli fa conoscere molti amici durante la sua adolescenza; ossessionato dalla commedia, il suo eroe adolescenziale è Steve Martin. Apatow inizia a fare il comico mentre frequenta la Syosset High School, dove tiene un programma chiamato Club Comedy sulla stazione radio della scuola. Si affida ai contatti della madre presso il comedy club per avere accesso ai commedianti; durante questo periodo riesce a fare intervenire, al programma, Steve Allen, Howard Stern, Harold Ramis, John Candy, insieme agli allora sconosciuti Jerry Seinfeld, Steven Wright e Garry Shandling.
Verso l'inizio degli anni novanta è il creatore e sceneggiatore del The Ben Stiller Show, la serie viene sospesa dopo una dozzina di episodi ma ciò nonostante ha modo di farsi conoscere. Negli anni seguenti crea altre serie che hanno avuto un discreto successo negli Stati Uniti (mai esportate in Italia) come The Larry Sanders Show, Freaks and Geeks e Undeclared. Debutta come sceneggiatore cinematografico nel 1995 nel film Pesi massimi.