Ernst Gaupp (Bytom, 13 luglio 1865 – Breslavia, 23 novembre 1916) è stato un anatomista tedesco.
Studiò scienze naturali e medicina a Jena, Königsberg e Breslavia, dove conseguì il dottorato nel 1889. Successivamente lavorò come anatomista a Friburgo in Brisgovia, Königsberg e Breslau (1915).
Gaupp è ricordato per la sua ricerca che riguarda lo sviluppo morfologico del cranio nei vertebrati. È accreditato per aver stabilito le basi e la metodologia, la morfologia e la morfogenesi del cranio. Con Karl Bogislaus Reichert (1811-1883), fu co-inventore della teoria Reichert-Gaupp che coinvolge l'origine degli ossicini nell'orecchio dei mammiferi.[1]
