Nel 1993 entra a far parte del cast di Star Trek: Deep Space Nine, terza serie televisiva live-action del franchise di fantascienza Star Trek, in cui interpreta il personaggio di Jake Sisko[2], scrittore e figlio del Capitano della base spaziale Deep Space Nine, Benjamin Sisko (Avery Brooks) e di Jennifer Sisko (Felecia M. Bell).[3] Cirroc Lofton prende parte a 173 dei 176 episodi della serie, fin dal primo episodio pilota, L'emissario (prima parte) (Emissary: Part 1, 1993), all'ultimo, Quel che si lascia (seconda parte) (Quel che si lascia (seconda parte), 1999). Il personaggio, nell'episodio della quinta stagione, Il visitatore (The Visitor), viene inoltre interpretato, da adulto, dall'attore Tony Todd, che, in The Next Generation e Deep Space Nine, interpreta anche il klingonKurn/Rodek. Sempre per il franchise di Star Trek, Lofton ha inoltre interpretato i personaggi di Sevar, nella webserie fanfictionStar Trek: Of Gods and Men del 2007, e di Jacob, nel film fanfictionStar Trek: Renegades (2015). Riprende il personaggio di Jake Sisko nella miniserie televisiva fanfiction del 2020, diretta da Craig Alan e Matthew Campbell, Alone Together: A DS9 Companion.
Dal 1999 al 2000 interpreta il ruolo ricorrente del nipote del giocatore di football Kenny Lofton, nella serie televisiva The Hoop Life.