Studiò lettere nella sua città natale e quindi si trasferì a Roma, dove divenne un pittore piuttosto noto grazie ad un maestro come Andrea Sacchi, col quale studiò sia l'arte antica sia quella rinascimentale. Sacchi ben presto si accorse delle sue grandi qualità naturali, sorrette anche da una solida base culturale sia scientifica che umanistica, e da una grande curiosità per innumerevoli aspetti della cultura.
Ritornato a Messina entrò a far parte della locale Accademia della Fucina, intraprese studi di numismatica e iniziò a collezionare i fossili osservati durante i suoi spostamenti nei paesi siciliani e calabresi dove era chiamato a dipingere. Le tumultuose vicende politiche della sua città (che nel 1674 si ribellò alla dominazione spagnola, chiedendo aiuto al re di FranciaLuigi XIV) lo spinsero a rimanervi, solo per brevi periodi; nel 1678, in seguito al fallimento della rivolta antispagnola, fu infatti costretto a spostarsi in un primo momento a Torino ospite di Vittorio Amedeo II di Savoia per il quale dipinse le "allegorie" della "Fortezza" e ella "Giustizia" presenti oggi a Palazzo Reale, oltre alle ritrovate 4 opere a Palazzo Graneri :"i quattro filosofi" ( Omero, Eraclito, Epicuro e Tolomeo)(3), scegliendo infine di stabilirsi definitivamente a Roma, dove divenne socio della prestigiosa Accademia di San Luca, godendo nei suoi ultimi anni di vita di una certa agiatezza.
Agostino Scilla è stato uno dei fondatori della moderna paleontologia.
Come scrive nella sua opera principale, La vana speculazione disingannata dal senso. Lettera responsiva circa i corpi marini che pietrificati si truovano in vari luoghi terrestri[1]:
«Conchiglie, echini, istrici, denti (che glossopetre si dicono)[...] e tant'altri innumerabili corpi che alcuni ha giudicato esser generazione di puro sasso ed ischerzo di natura, sono stati animali e corpi di quella specie non solamente, ma corpi e animali proprissimi del mare[...].»
Nell'opera, pubblicata nel 1670 (un anno dopo il De solido di Stenone, che sostiene tesi simili e Scilla non mostra di conoscere) vengono confutate sia la tesi della crescita dei metalli nelle miniere sia l'idea (sostenuta in particolare da Athanasius Kircher e accettata da molti contemporanei) che i fossili siano creati dalla natura come simboli dotati di significato.
Scilla afferma di credere nel Diluvio, ma insiste anche sulla molteplicità delle inondazioni e degli altri sconvolgimenti che hanno prodotto l'attuale conformazione delle terre.
Lo scetticismo verso le speculazioni filosofiche, chiaro sin dal titolo, è argomentato nell'opera: la scienza, secondo Scilla, dovrebbe limitarsi a descrivere la realtà così come viene mostrata dai sensi: cosa che egli fa esaminando i fossili con la sua acuta vista di pittore e riproducendoli con la sua arte (i disegni costituiscono una parte non secondaria dell'opera).
Il libro ebbe una notevole risonanza europea. Leibniz lo citò nella sua Protogaea sive de prima facie Telluris, composta nel 1691-1692. William Wotton nel 1695 presentò una sintesi dell'opera alla Royal Society e l'anno successivo ne pubblicò un riassunto in inglese. La diffusione europea fu anche facilitata dalle traduzioni in latino apparse a Roma nel 1752 e 1756.
XVII secolo, Immacolata, dipinto, opera commissionata nella chiesa di Gesù e Maria delle Trombe e documentata nella chiesa del Conservatorio detto il Serraglio.[15]
1667, Sant'Ilarione tra le braccia della morte o Sant'Ilarione moribondo, dipinto, opera documentata nella chiesa di Sant'Orsola in seguito nella chiesa di San Gioacchino.[16]
^Agostino Scilla, La vana speculazione disingannata dal senso, a cura di Marco Segala, introduzione di Paolo Rossi, Firenze, Giunti, 1996. Edizione originale disponibile su archive.org.
^Pagina 67, Giuseppe Maria Capodieci, "Tavole delle cose più memorabili della storia di Siracusa avanti Gesù Cristo" [1], Messina, Giuseppe Fiumara, 1821.
^Pagina 66, Giuseppe Maria Capodieci, "Tavole delle cose più memorabili della storia di Siracusa avanti Gesù Cristo" [2], Messina, Giuseppe Fiumara, 1821.
Romano, Marco, Historical Biology (2013): ‘The vain speculation disillusioned by the sense’: the Italian painter Agostino Scilla (1629–1700) called ‘The Discoloured’, and the correct interpretation of fossils as ‘lithified organisms’ that once lived in the sea, Historical Biology: An International Journal of Paleobiology, DOI: 10.1080/08912963.2013.825257