Perjanjian Lisboa 1859 adalah perjanjian yang ditandatangani antara Portugal dan Belanda pada tanggal 20 April 1859. Perjanjian tersebut menetapkan perbatasan antara Portugis dan koloni Belanda di Pulau Timor antara Timor Portugis dan Timor Belanda. Dimana Indonesia mendapatkan wilayah barat dan Portugis mendapatkan wilayah timur. Portugal juga mengambil wilayah Oecusse-Ambeno menjadi exclave Timor Portugis.
Raja Pedro V dari Portugal diwakili oleh António Maria de Fontes Pereira de Melo, dan Raja William III dari Belanda diwakili oleh Kuasa Usaha Maurits Jan Heldewier.[1]