Giovanni Graciano Pierleoni era arcipreste de Letrán cando accedeu ao papado mediante o pago de 1500 libras de ouro ao papa Bieito IX, que pouco antes expulsara do pontificado a Silvestre III.
O continuo escándalo que vivía a Igrexa naqueles tempos, exemplificado no feito que o ano 1045 se sucederon tres papas e que os tres aínda estivesen vivos, convenceu a Gregorio VI da necesidade dunha profunda reforma, polo cal rodeouse de importantes colaboradores, entre os que destacan o monxe Hildebrand de Toscana, o futuro papa Gregorio VII, a quen nomeou o seu secretario persoal.
As súas ideas reformadoras non puideron ser desenvolvidas ao non contar coa axuda do emperador Henrique III, que malia que tamén era partidario de reformar a Igrexa, non consideraba a Gregorio o Papa adecuado para levala a cabo porque a súa elección estaba manchada por prácticas de simonía.
Esta desconfianza de Henrique III cara a Gregorio, unida ao feito que Bieito IX aínda intentaba recuperar o «solio pontificio» e que Silvestre III tampouco renunciara de forma explícita, trouxérono a deixarse convencer por Odilón de Cluny e polo ermitán Gunter, a convocar un sínodo en Sutri. Alí, valéndose dos privilexios que lle atribuían o Privilegium Othonis, no cal depuxo a Bieito IX e a Silvestre III e obrigou a abdicar a Gregorio VI, que foi desterrado a Colonia onde morreu en novembro do 1047.
