Le terme shogun, ou shogoun[1], du japonais shōgun (将軍 /ɕo̞ːɡɯᵝɴ/), signifie « général » ; il s'agit de l'abréviation de seii-taishōgun (征夷大将軍), que l'on peut traduire par « grand général pacificateur des barbares ». Néanmoins, après avoir été attribué à Minamoto no Yoritomo, il devint un titre indiquant souvent le dirigeant de facto du Japon (dictateur militaire), alors même que l'empereur restait le dirigeant de jure (en quelque sorte le gardien des traditions). Le titre de seii taishōgun fut par la suite abandonné lors de la constitution au XIXe siècle du kazoku, c'est-à-dire de la noblesse japonaise.
Il s'agit originellement d'un titre donné, au début de l'époque de Heian, aux commandants militaires de rang princier pour la durée des campagnes contre les Emishi (蝦夷), peuple indigène qui refusa de se soumettre au pouvoir impérial du prince Yamamoto. Le plus fameux de ces shoguns était Sakanoue no Tamuramaro (坂上田村麻呂), qui soumit les Emishi au nom de l'empereur Kanmu (桓武, 桓武天皇). Plus tard, à l'époque Heian, une fois les Emishi intégrés ou confinés sur Hokkaidō (北海道), le terme « shōgun » ne fut plus utilisé dans ce sens.
Cependant, plus tard durant l'époque Heian, au cours de la guerre de Genpei, un shogun supplémentaire fut désigné.
Minamoto no Yoshinaka, après être entré dans la capitale et en avoir fait fuir les Taira avec l'empereur Antoku, fut proclamé Asahi Shogun par l'empereur retiré Go-Shirakawa. Cependant, après qu'il eut tenté de prendre le contrôle du clan Minamoto, il fut très vite éliminé par son cousin Minamoto no Yoshitsune à la demande de son frère Minamoto no Yoritomo, alors qu'il poursuivait les Taira. Par la suite, Minamoto no Yoshitsune se vit attribuer le titre de kebiishi par l'empereur retiré Go-Shirakawa, entraînant ainsi la jalousie de Minamoto no Yoritomo.
Après la défaite du clan Taira durant la guerre de Gempei en 1185, Minamoto no Yoritomo prit le pouvoir à l'empereur et devint le dictateur et dirigeant du Japon. Il établit un système de gouvernement féodal basé à Kamakura (鎌倉), où les samouraïs prirent le pouvoir politique que détenaient alors l'empereur et la cour à Kyōto.
En 1192, Yoritomo reçut le titre de seii taishōgun de l'empereur, et le système politique qu'il développa par la succession des différents shoguns devint connu sous le nom de bakufu (幕府), ou shogunat.
Pendant la restauration de Kenmu, après la chute du shogunat de Kamakura en 1333, le prince Moriyoshi, fils de l'empereur Go-Daigo reçut le titre de seii taishogun et la direction de l'armée. Il fut cependant arrêté et exécuté par Tadayoshi Ashikaga, le frère cadet de Takauji Ashikaga.
En dehors de Minamoto no Yoritomo, dont le shogunat de Kamakura dura environ 150 ans, de 1192 à 1333, seuls Ashikaga Takauji et Tokugawa Ieyasu (徳川家康), tous deux descendants des princes Minamoto, reçurent le titre de seii taishōgun et établirent leur propre gouvernement militaire bakufu. Le shogunat Ashikaga dura de 1338 à 1573, tandis que le shogunat Tokugawa recouvrit la période de 1603 à 1868.
La période Muromachi correspond à l'époque qui s'étend entre 1333 et 1573. Pendant cette période, le Japon fut contrôlé par des shoguns de la famille des Ashikaga qui étaient installés à Kyōto. Ashikaga Takauji fut le premier shogun, et Ashikaga Yoshiaki le dernier.
Les « shoguns transitoires » de 1568-1598 ne reçurent en réalité jamais le titre de seii taishōgun par l'empereur, et n'établirent pas de bakufu, mais obtinrent pendant une période donnée le contrôle de l'empereur et de la plus grande partie ou bien de l'ensemble du Japon.
En 1603, après s'être fait attribuer le titre de shogun à la suite de l'élimination de tous les clans rivaux conduisant à l'unification du pays sous son autorité, Tokugawa Ieyasu fit du village de Edo (江戸, porte de la rivière), la nouvelle capitale Edo, renommée Tokyo (« capitale de l'Est ») à partir de l'ère Meiji. Ieyasu était le premier shogun de la dynastie des Tokugawa, qui règne sur le Japon jusqu'à la restauration Meiji en 1867.
Le titre de seii taishōgun fut aboli pendant la restauration Meiji en 1868, dans laquelle le pouvoir effectif de l'empereur et ses délégués fut « restauré » (voir taisei hōkan (大政奉還)).
