Formé en , Scar Symmetry se réunit lors d'une session d'enregistrements aux Black Lounge Studios de Jonas Kjellgren par les guitaristes Jonas Kjellgren, Per Nilsson et le batteur Henrik Ohlsson[1]. Le même mois, le chanteur Christian Älvestam et le bassiste Kenneth Seil se joignent au groupe, qui enregistre une démo pour la chanson Seeds of Rebellion qui aide le groupe à se faire signer au label Cold Records (une division de Metal Blade Records)[2],[3].
En , le groupe entre aux Black Lounge Studios pour commencer l'enregistrement de l'album Symmetric in Design. Sa sortie est suivie par plusieurs festivals en Europe[4], et quelques tournées avec Soilwork, Hypocrisy, et One Man Army and the Undead Quartet[5]
En juin 2006, le groupe signe un nouveau contrat au label Nuclear Blast Records[6]. Huit mois après la sortie de Symmetric in Design, le groupe enregistre une suite, Pitch Black Progress[7]. Le groupe tourne encore une nouvelle fois, cette fois avec Communic pour la tournée Waves of Pitch Black Decay Tour 2006 en Europe, et en Amérique du Nord avec les pionniers du death metal mélodique Dark Tranquillity et The Haunted[8],[9].
Le troisième album du groupe, Holographic Universe, est publié le [12]. Malgré le bon accueil et le succès du single Morphogenesis, Scar Symmetry ne se lance pas en tournée. Le groupe annonce le le renvoi du chanteur Christian Älvestam, à cause de conflits créatifs et personnels[13]. Le , ils annoncent le replacement de Christian Älvestam : ils continueront avec deux chanteurs, Roberth Karlsson (grunts et chant clair) et Lars Palmqvist (chant clair et chœurs)[14] et le groupe tourne en soutien du nouvel album en décembre après six mois.
Le quatrième album du groupe, Dark Matter Dimensions, est publié le en Europe, et le aux États-Unis. Il s'agit du premier album à faire participer les chanteurs Karlsson et Palmqvist[15]. Malgré le remplacement du chanteur, l'album est bien accueilli. Un clip est tourné pour les chansons Noumenon and Phenomenon[16], Ascension Chamber et The Iconoclast[17].
Le cinquième album de Scar Symmetry, The Unseen Empire, est publié le en Europe. Le batteur Henrik Ohlsson explique que le titre de l'album « cherche à montrer la face cachée de l'élite qui tire les ficelles dans l'humanité dans le but de dominer le monde[22]. » L'album est le mieux vendu en Amérique en une semaine. Il compte 1 500 exemplaires vendus, ce qui l'amène à la 11e place des Billboard Heatseekers[23]. En , le groupe annonce le départ du guitariste Jonas Kjellgren[24].
Le , le groupe annonce travailler sur une trilogie d'albums, qui se concentre sur le transhumanisme. La couverture du premier opus, The Singularity (Phase I - Neohumanity), est révélée le même jour, ainsi qu'un clip d'une démo de l'album[25]. Le , Scar Symmetry annonce que Roberth Karlsson aura un enfant, et qu'ils ne tourneront pas avant fin 2015, au plus tôt. Per Nilsson and Henrik Ohlsson écriront entretemps la deuxième phase[26]. Phase II est prévu pour printemps 2017.