L'ootaxonomie est la branche de la taxonomie basée sur la morphologie des œufs. Elle est surtout utilisée chez les insectes, mais peut aussi l'être chez d'autres taxons ovipares. Elle concerne aussi bien l'étude d'un œuf intact que celle de fragments d'œufs, et se base sur des critères macroscopiques comme la taille, la densité ou la forme de l'œuf, mais aussi sur l'aspect de l'œuf au microscope.