Il est le coauteur des albums Fous à lier et Post-partum. Il a réalisé également de nombreuses collaborations, notamment avec la chanteuse Jil Caplan. Il possède son propre studio à Paris.
Avec Jeanne Cherhal, en 2005, il crée le groupe Red Legs où, portant des longues chaussettes rouges (qui donnent leur nom au duo), ils effectuent des reprises de classiques de la chanson, Jeanne Cherhal à la basse et J. P. Nataf à la guitare. Les Red Legs n'ont pas enregistré de disque, leur discographie officielle sous le nom Red Legs se limite à une chanson sur un disque hommage à Dick Annegarn.
En 2013 toujours, il reforme Les Innocents avec Jean-Christophe Urbain avec qui il part pour une tournée de 12 dates dont un passage à Bruxelles sur la Place des Palais lors du Brussels Summer Festival[5]. C'est le que le groupe publie officiellement son nouveau single Les Philharmonies martiennes sur son site officiel et sa page Facebook. Le , sort Mandarine, l'album du duo reconstitué, bien accueilli par la critique[réf. nécessaire].
Le , le groupe remporte une Victoire de la musique dans la catégorie « meilleur album rock ».
Toute crue (2001) de Jil Caplan. JP Nataf compose toutes les musiques, dont une avec Jil Caplan. Il arrange et réalise le disque avec Pascal Colomb.
T'choupi (2004), bande originale du film de Jean-Luc François. JP Nataf signe la musique (et cosigne les paroles) de deux chansons : Ma théorie et Ma copine l'amitié.
On Dirait Nino (2005), album hommage à Nino Ferrer, reprise de Oh ! Hé ! Hein ! Bon !
10 000 km (2010) duo sur le nouvel album de Mercedes Audras. JP Nataf chante avec Mercedes sur une chanson composée par Jean-Louis Piérot, Ton apparence éclair.
invité de Malicorne lors de leur concert aux Francofolies de la Rochelle en 2010, il interprète, accompagné du groupe, Quand je menai mes chevaux boire (prestation visible sur le DVD du concert)
En 2021, il chante en duo sur la chanson L'homme heureux sur l'album Padre Padrone, le cinquième album de Nicolas Paugam[7].