de Havilland Canada fait évoluer le DHC-3 Otter à partir de 1964 pour créer le DHC-6, plus grand et équipé de deux turbopropulseursPratt & Whitney de type PT6 sur les ailes. Comme son prédécesseur, le DHC-6 est très polyvalent et peut être équipé soit de roues, soit de skis, soit de flotteurs. Il fut produit à 844 exemplaires de 1965 à 1988.
La demande de ce type d'avion étant constante, De Havilland envisage une motorisation plus puissante, mais n'y donne pas suite. C'est finalement la société Viking Air de Victoria, filiale de l'entreprise d'investissement Westerkirk Capital, qui a racheté les liasses de certification et un certain nombre d'outils de production des séries DHC-1 à DHC-7 à De Havilland en 2007, qui a réalisé une nouvelle version : le DHC-6 Twin Otter 400.
Équipée de moteurs Pratt & Whitney PT6A-34, de flotteurs amphibies Wipline 13000 et d'une avionique modernisée Honeywell Apex, cette nouvelle version a fait son premier vol le . Viking prévoyait sa certification pour janvier 2010 au plus tard[1], et sous réserve de la certification de Transports Canada, la première livraison devait être faite à l'exploitant suisse Zimex en juin 2010[2].
Le DHC-6 Twin Otter est principalement utilisé par des petites compagnies de transport aériens pour desservir des îles ou des territoires relativement isolés.
C'est aussi un appareil discret utilisé notamment pour des missions spéciales dans de très nombreux pays.
Irak : Au moins un appareil a été identifié au cours d'une cérémonie officielle en 2017 et opérant pour les services de renseignement irakien[8].
Suisse : Un appareil est utilisé par l'Office fédéral de topographie (Swisstopo) pour des prises de vues aériennes dans le cadre de la mise à jour du modèle topographique du paysage (MTP) et de la carte nationale ainsi que de la mosaïque d’orthophotos (SWISSIMAGE).
Le , un DHC-6-300 immatriculé 5R-MGB d'Air Madagascar s'écrase au nord-est de Maroantsetra. Aucune des 19 personnes à bord ne survivra. L'épave fut retrouvée une semaine plus tard. Des conditions météorologiques très dégradées (saison des pluies) ainsi qu'un relief difficile semblent avoir été les causes principales de cet accident.
Le , à 20 h 28 (UTC), un avion DHC-6-300 immatriculé F-OGES de la compagnie Air Caraïbes, effectuant le vol TX 1501 entre les îles de Saint-Martin et de Saint-Barthélemy, part brusquement en virage à gauche à grande inclinaison, pique vers le sol et s'écrase près de l'aéroport Gustave-III à proximité d'une maison qui s'embrase[9]. Le bilan est de 20 morts dont une personne au sol. Le , la compagnie et son directeur des opérations aériennes sont jugés responsables de l'accident pour « violation manifestement délibérée », en l'espèce pour avoir associé un pilote et un copilote qui n'avaient, ni l'un ni l'autre, l'expérience suffisante pour piloter l'appareil[10].
Le , un Twin Otter 300 de Nepal Airlines s'écrase. Il n'y a aucun survivant parmi les 18 occupants de l'appareil[12],[13].
Le , un Twin Otter 400 assurant le vol Tara Air 193 s'écrase au Népal. Il n'y a aucun survivant parmi les 23 occupants.
Le , un Twin Otter DHC-6-300 assurant le vol Yeti Airlines 1199 (immatriculation 9N-AET) Pokhara - Jomsom s'écrase contre une montagne avec 22 personnes au Népal[14],[15].