Keenan syntyi baptistiperheeseen Ravennassa, Ohionosavaltiossa. Hän liittyi armeijaan vuonna 1982 ja palveli tulenjohdossa. Erottuaan armeijasta 1984 Keenan opiskeli taidetta MichiganinGrand Rapidsissä. Ennen uraansa Toolissa hän lauloi yhtyeissä Green Jellÿ ja Children of the Anachronistic Dynasty sekä soitti bassoa Tex A. N. S. -yhtyeessä.
Keenan oli kihlattuna Jennifer Fergusonin kanssa, mutta pari on sittemmin eronnut. Heillä on Devo-niminen poika (s. 5. elokuuta1995).
A Perfect Circlen kappale "Breña" levyltä Mer de Noms on nimetty Fergusonin toisen nimen mukaan ja levyllä oleva toinen kappale "Judith" puolestaan Keenanin äidin mukaan. Hänen äitinsä on ollut myös innoituksena Toolin albumin 10,000 Days kaksiosaisessa kappaleessa "Wings for Marie". Keenan toimii tällä hetkellä Toolin, A Perfect Circlen sekä Pusciferin laulajana sekä pitää viinitilaa Arizonassa.