Abhasian historia tunnettuna alkaa esihistoriassa jo 4000 eaa. – 3000 eaa. Maa on ollut Rooman valtakunnan, osittain Osmanien valtakunnan, Venäjän keisarikunnan, Georgian sekä Neuvostoliiton vaikutuspiirissä.
Varhaisimmat todisteet ihmisasutuksesta Länsi-Kaukasuksella ovat 4000–3000-luvuilta eaa. Nykyiset abhaasinationalistit kutsuvat näitä heimoja ”proto-abhaaseiksi”. 800–600-luvuilla eaa. Abhasian alue kuului Kolkhiksen valtioon, jonka seuraaja oli Egrisin kuningaskunta. Kreikkalaiset kauppiaat perustivat satamia Mustanmeren rannalle, ja yhdestä noista satamista (Dioscurias) kehittyi lopulta Abhasian pääkaupunki Suhumi.
Rooman valtakunta valloitti Egrisin ensimmäisellä vuosisadalla ja hallitsi sitä 300-luvulle asti, jonka jälkeen valtio pysyi Bysantin vaikutuspiirissä. Abhaasit käännytettiin kristinuskoon Bysantin keisari Justinianus I:n valtakaudella 500-luvulla. Abhasiasta tehtiin autonominen Bysantin ruhtinaskunta 600-luvulla, minkä aseman se säilytti 200 vuotta, kunnes se liitettiin georgialaiseen Imeretin kuningaskuntaan. Bysantin vaikutus keskittyi tänä aikana luultavasti lähinnä rannikolle ja heikkeni vuorille noustessa.
1500-luvulla alueen valloittivat osmanit, ja osa abhaaseista kääntyi islamiin. Georgialaiset karkottivat osmanit ja perustivat alueelle autonomisen Abhasian ruhtinaskunnan (georgiaksi Abkhazetis Samtavro), jota hallisti Šarvašidze-dynastia.
1800-luvulle tultaessa Venäjän keisarikunnan laajentuminen Kaukasiaan johti pienimuotoisiin konflikteihin venäläisten kolonialistien ja alueen alkuperäisen väestön välillä. Useita georgialaisia ruhtinaskuntia liitettiin Venäjään 1801–1864. Venäläiset saivat haltuunsa Abhasian paloittain vuosien 1829 ja 1842 välillä, mutta heidän valtansa ei ollut pysyvää ennen vuotta 1864, kunnes paikallinen ruhtinaskunta lakkautettiin ja alue liitettiin elimellisesti keisarikunnan yleiseen hallintoon. Šervašidzen suvun valta päättyi, kun marraskuussa 1864 Abhasian ruhtinas Mikael pakotettiin luopumaan vallasta ja asettumaan Voronežiin.
Vuonna 1864 Abhasia liitettiin Venäjän keisarikuntaan erikoisena Suhum-Kalen (Suhumin) sotilashallintoalueena, joka vuonna 1883 muutettiin Kutaisin kuvernementin piirikunnaksi.
Venäläisten käyttämät kovat otteet johtivat abhasialaisten muslimien laajaan maastamuuttoon Osmanien valtakuntaan, erityisesti paikallisten osallistuttua vuonna 1877 Kaukasuksen vuoristolaisten aloittamaan kapinaan. Tuloksena suuria alueita Abasiassa jäi lähes asumattomiksi ja maan väkiluku putosi huomattavasti.
Georgialaiset ja abhasialaiset historioitsijat kiistelevät, olivatko abhaasit alueen alkuperäisväestö, josta osan muuttaessa Turkkiin suuria alueita jäi tyhjäksi – vai pohjoisesta muuttaneita ja georgialasiin sekoittuneita pohjoiskaukasialaisten kansojen jälkeläisiä. 1900-luvun alkuun mennessä abhaasit muodostivat joka tapauksessa alueensa väestöstä vähemmistön. Encyclopædia Britannican mukaan vuonna 1911 Suhumin väestöstä kaksi kolmasosaa oli georgialaisia ja yksi kolmasosa abhaaseja.
Venäjän vallankumouksen jälkeen Abhasia tuli kuulumaan juuri itsenäistyneeseen Georgiaan. Abhasiasta tuli Georgian demokraattisen tasavallan (1918–1921) itsehallinnollinen provinssi 1919.
Venäjän sisällissodassa puna-armeija valloitti Abhasian maaliskuussa 1921. Joulukuussa 1921 Abhasian sosialistinen neuvostotasavalta solmi liittosopimuksen Georgian kanssa. Käytännössä kuitenkaan valtiot eivät olleet täysin tasa-arvoiset, vaan Abhasia oli osin alisteisessa asemassa. Georgian SNT:n kautta Abhasiasta tuli osa uutta Transkaukasian sosialistista federatiivista neuvostotasavaltaa 12. maaliskuuta 1922, ja edelleen osa Neuvostoliittoa 30. joulukuuta 1922.
Vuonna 1931 Abhasia muutettiin Abhasian autonomiseksi sosialistiseksi neuvostotasavallaksi ja näin virallisesti Gruusian (Georgian) SNT:n osaksi. Abhasiassa aloitettiin georgialaistamisohjelma: georgiasta tuli ainoa virallinen kieli, abhaasin kielen käyttö kiellettiin, kulttuurisia oikeuksia vähennettiin ja tuhansia abhaaseja tapettiin Stalinin puhdistuksissa. Lavrenti Berija rohkaisi georgialaisten muuttoa Abhasiaan, ja myöhemmin 1950- ja 1960-luvulla Vazgen I ja Armenian kirkko kehottivat ja rahoittivat armenialaisten muuttoa alueelle. Nykyään armenialaiset ovat Abhasian suurin vähemmistöryhmä.
Abhaasien sorto lopetettiin Stalinin kuoltua 1953, ja abhaaseille annettiin suurempi asema alueensa hallinnossa. Etnisiä kiintiöitä perustettiin tiettyihin virkoihin, mikä antoi abhaaseille väestöosuuteensa nähden jopa suhteetonta valtaa. Joidenkin mielestä tämä edusti ”hajota ja hallitse” -politiikkaa, jossa paikallisille eliiteille annettiin valtaa neuvostojohdolle annetun tuen vastineeksi. Georgialaiset kokivat järjestelmän epäreiluna syrjintänä, mikä lisäsi alueen jakautuneisuutta.
Neuvostoliiton hajotessa Georgia julistautui itsenäiseksi 1991. Abhasian tasavalta julistettiin Georgiasta itsenäiseksi 1992. Itsenäistymisjulistusta seurasi Abhasian sota (1992–1993), jossa Georgia epäonnistui yrityksessään kukistaa itsenäisyyttä tavoitelleet separatistit ja näitä tukeneet pohjoiskaukasialaiset ja venäläiset vapaaehtoisjoukot. Konflikti johti lähes koko georgialaisväestön poistumiseen Abhasiasta. Abhasian itsenäisyys ei kuitenkaan saanut kansainvälistä tunnustusta, ja se pysyi osana Georgiaa.
Kansainvälisesti yleisesti tunnustetuista valtioista ensimmäisenä Abhasian tunnusti Venäjä 26. elokuuta 2008 Georgian-Venäjän sodan taistelujen tulitauon jälkeen. Itsenäisyyden ovat tunnustaneet myös Nicaragua, Venezuela, Nauru ja vuonna 2018 mys Syyria.[1] Kansainvälinen yhteisö ei ole tunnustanut itsenäisyyttä, vaan alue katsotaan yhä osaksi Georgian valtiota.
Vuonna 2014 Venäjä ja Abhasia allekirjoittivat sopimuksen Strategisesta kumppanuudesta, mikä sai Georgian syyttämään Venäjää pyrkimyksistä liittää Abhasia itseensä.[2]