Matemaatiline bioloogia on teadusharu, mis tegeleb elussüsteemide matemaatiliste mudelitega ehk bioloogiliste rakendustega matemaatiliste mudelite koostamise ja uurimisega.
Lähedase tähendusega on biomatemaatika, mida võib täpsemini määratleda kui rakendusmatemaatika haru, milles tegeldakse bioloogilise sisuga matemaatikaülesannete lahendamisega. Mõnes käsitluses loetakse biomatemaatika ja matemaatiline bioloogia sünonüümseteks[1].
Matemaatilist bioloogiat võib pidada teoreetilise bioloogia osaks. Matemaatilisel bioloogial on suur ühisosa ka biofüüsika ja bioküberneetikaga.
Üheks vanemaks ja laia kasutusalaga matemaatilise bioloogia haruks on biostatistika, mis tegeleb peamiselt statistiliste mudelite väljatöötamisega bioloogiliste andmestike töötlemiseks.
Väga ulatuslik ja rikaste teoreetiliste probleemidega on dünaamiliste mudelite rakendamine bioloogias. Selle peamiseks matemaatiliseks vahendiks on diferentsiaalvõrrandite süsteemid ja nende numbriline lahendamine.
Põhiliselt 1990. aastail välja kujunenud matemaatilise bioloogia haru on bioinformaatika, mis tegeleb peamiselt molekulaarbioloogiaga seotud matemaatiliste probleemidega.
Eraldi teadusharudena on välja kujunenud ka matemaatiline ökoloogia, matemaatiline populatsioonibioloogia, matemaatiline geneetika.