Keskaju (ladina mesencephalon ) on kesknärvisüsteemiga loomadel ajutüve (truncus encephali) väike osa, mis paikneb vaheaju ja ajusilla vahel.[1]
Keskaju on inimestel ja loomadel peaaju osa.
Madudel moodustab keskaju koos rombajuga ajutüve. Teadlaste poolt uuritud kuningpüütonil (Python regius) on tuvastatud keskajus paiknevas mustaines dopamiini retseptorid.[2].
Keskaju osad on:
Keskaju läbib keskaju-veejuha (Sylviuse juha) (la aquaeductus cerebri) mille kaudu liigub pea-ja seljaajuvedelik.
Keskajus, suuraju sääre ja keskajukatendi piiril paiknevas tuumas on mustaine.[3]