Juan de Borja o Borgia, se puede referir a:
- Juan de Borja Llançol de Romaní, el mayor (1446-1503), hijo de Galcerán de Borja y Moncada y Tecla Alpicat Navarro, arzobispo y cardenal de la iglesia Católica.
- Juan de Borja Llançol de Romaní, el menor (1470-1500), cardenal español del siglo XV.
- Juan de Borja y Cattanei (1474-1497), también llamado Juan o Giovanni de Borgia, hijo natural del Papa Alejandro VI y de Vannozza Cattanei;
- Juan Borgia, probable hijo ilegítimo de Lucrecia Borgia.
- Juan de Borja y Castro (1533-1606), hijo de Francisco Borja y Leonor de Castro.
- Juan de Borja y Armendia (1564-1628), hijo de Fernando de Borja y Castro, presidente de la Real Audiencia de Santa Fe de Bogotá.
- Juan Borja y Lizarzaburu (1816-1864), jurisconsulto, político y mártir ecuatoriano.
- Juan Borja Mata (1868-1952), jurisconsulto, político y revolucionario ecuatoriano.