Johannes Lippius (* 24. Juni 1585 in Straßburg; † 24. September 1612 in Speyer) war ein deutscher evangelischer Theologe, Philosoph und Musiktheoretiker.
Johannes Lippius war Sohn des Pfarrers an der seit 1529 protestantischen Kirche St. Peter in Straßburg Johannes Lippius (1554–1622) und dessen Frau Susanna Klehmann. Er hatte bereits in frühester Jugend eine Ausbildung in den Sprachen und den sieben freien Künsten erhalten, so dass er schon in jungen Jahren an der Universität Straßburg zum Magister der Philosophie ernannt wurde. Bis zum einundzwanzigsten Lebensjahr hatte er Privatvorlesungen und Vorlesungen an der Universität gehalten, bezog dann die Universität Leipzig, 1606 die Universität Wittenberg, die Universität Frankfurt (Oder), die Universität Jena, wo er Adjunkt der philosophischen Fakultät wurde, und die Universität Erfurt.
An allen Hochschulen hatte er sich den theologischen Studien gewidmet und auch selbst Vorlesungen in den philosophischen Wissenschaften gehalten hatte. Nach kurzem Aufenthalt am Hof in Weimar kehrte er über die Universitäten Altdorf, Ingolstadt und Tübingen zurück in seine Heimatstadt. Dort wurde er anstelle von Philipp Marbach zum Professor der Theologie ernannt. Zur Absolvierung seiner Promotion zum Doktor der Theologie begab er sich an die Universität Gießen. Nach der Promotion am 28. August 1612 wollte er nach Straßburg zurückreisen, jedoch erkrankte er während der Rückreise in Speyer an einem hitzigen Fieber und verstarb. Sein Leichnam wurde am 25. September in Speyer beigesetzt.
Schon vor seinem frühzeitigen Tod hatte sich Lippius einen ausgezeichneten Ruf eines Philosophen und Musiktheoretikers erworben. Er versuchte vor allem auch die philosophischen Grundthemen in seine Kompositionen einzubringen. So ist er selbst zum Wegbereiter der modernen Harmonielehre geworden.