Skæbnen har dog været Borchs værker ret ugunstig. Hans hovedværker – ikke mindst Rigshospitalet – er revet ned, nogle af hans overlevende værker er stærkt ombyggede og af de resterende bygninger er næsten ingen fredede. Studentergården blev afvist som fredningsemne af Det særlige Bygningssyn i 2001,[3] og Sankt Andreas Kirke skal formentlig lukkes som kirke og afventer en uvis fremtid.
Han blev gift 28. juli1880 i Randlev med Martin Nyrops søster, Marie Henriette Nyrop (29. september 1853 på Holmsland - 10. september 1943 i København), datter af pastor Christopher Nyrop (1805-1879) og Helene Nyrop født Ahlmann (1807-1874. Martin Borch er begravet på Hørsholm Kirkegård.[1]
Hans søn, Christen Borch, blev også arkitekt. Far og søn arbejdede i en periode sammen, og sønnen overtog mange af Martin Borchs opgaver uden dog at opnå stillingen som kgl. bygningsinspektør.
Sankt Andreas KirkeForsikringselskabet Danmarks bygningØstre LandsretPostgodsekspeditionsbygningen set fra Ny ToldbodgadeArkitekttegning af Martin Borch for Mønten på Amager Boulevard 115 i København (1923-1978). Den viste arkitekttegning er ikke helt i overensstemmelse med bygningen, som den kom til at se ud. Mest iøjnefaldende er det lille tårn, som kom til at pryde den endelige bygning.
Rigshospitalet på Blegdamsvej (1905-11, sammen med Kristoffer Varming, næsten alt nedrevet 1956 ff., hovedbygningen nedrevet 1985. Sygeplejerskeboligerne og patienthotellet eksisterer endnu, men er bestemt til nedrivning)[12]
Landsarkivet for Fyn Jernbanegade 36 Odense. Arkivbygningen og arkivarboligen med læsesal samt mellembygningen (1892-93). Fredet 1984.[20]
De Danske SpritfabrikkerRoskilde. Whiskyfabrikken (1881 af Martin Borch, tilbygget 1885 og 1914). Fredet 1964. Udvidet 1990 og 2017. Ringstedgade 76 A-78 og Møllehusene 5-19] (tidl. Ringstedgade 80).[21]