EHF Champions League 1999-2000 for kvinder var den syvende EHF Champions League-turnering for kvinder. Turneringen blev arrangeret af European Handball Federation og havde deltagelse af 24 hold. 16 af holdene spillede først én cup-runde (1/16-finaler). De otte vindere af 1/16-finalerne gik sammen med otte direkte kvalificerede hold videre til gruppespillet, der bestod af fire grupper med fire hold, hvorfra de fire vindere og fire toere gik videre til kvartfinalerne.
Turneringen blev for fjerde gang vundet af Hypo Niederösterreich fra Østrig, som over to kampe samlet vandt 52-45 over Kometal Djorce Petrov fra Skopje i Makedonien. Det danske mesterhold, Viborg HK, repræsenterede Danmark i turneringen og nåede gruppespillet, hvor holdet endte på fjerdepladsen i gruppe A.